《寺社诸法度》是新政的重要一环，纵然遇到障碍，也绝不可能改弦易张。
宗教势力决不允许自行其是，“僧俗分离”是必须坚持的原则。最终在天正十年（1585）的末尾，幕府派出了非正式的交涉人员。
尽管纱织无子，平手义光还是非常重视的，看在这位正室夫人的份上，给予亲家开出的条件是——只要本愿寺放弃宗教权力，让出石山和长岛，令各地僧侣和门徒服从幕府统治，即可让子孙受封越前、加贺两国共计一百一十二万石的土地，成为领地与德川家康相当的大藩。同时另一支子孙可以依旧保持宗门的领导权，只要二者承诺永不再次合并即可。
对此岳母如春尼表示同意，作为公卿三条家的女儿她认为这是好事；岳父显如上人虽然不是完全的赞成但也承认补偿足够有诚意了。两位老人并无意制造争端。
倒是幕府内部，将军大人对这个条件很不满意，甚至讲了“崽卖爷田不心疼”之类的重话，是二代目苦苦哀求，坚持不懈，才勉强同意的。
另外“年寄众”当中最积极管事的小西行长，尽管被赋予“辅佐少主把持国政”的重任，这次却全程被排除在决策圈子之外，直到方案出台才第一次听说。而本多正信、细川藤孝、前田玄以等人却都丝毫惊讶，显然早有耳闻。
如此区别对待，或许是源于小西行长几个月前两面欺瞒行为而产生的后果。他私下与亲信们相处，已经自居为“笔头执政”，今可谓颜面大失，风光不再。
而在石山那边，现在掌权的，是平手义光的大舅哥本愿寺教如。
这位执拗的大舅哥，不愿意听从父母的劝告，执意坚守石山，断然拒绝幕府的要求。他也得到了下间赖廉等坊官的支持。
大病初愈的纱织大小姐，为此特意前往石山进行劝说未果，却遭到了冷遇，被蛮横地驱逐出去，为此又气又恨，身子复又恶化。
平手义光因此甚为恼火，派遣旗本二万在京都聚集以示威慑，同时命令各地军民做好征伐的准备。
而本愿寺教如全无惧意，反而发出正式文书，要求所有的坊官、门徒上下一心，听从号令，武装保卫僧产。
剑拔弩张，一触即发，只因显如和如春尼还在竭力调解，方才没有马上开战。
谁知，就在天正十一年的年初，东海地方发生百年一遇的强烈地震，伊势、尾张、三河遭到严重灾害，数个驿站被毁，道路全部阻断，难民失去控制，正在老家祭拜祖先的征夷大将军平手泛秀，一时安危未知，各地流言四起。
听闻此事，自觉前途灰暗的小西行长，忽然叛逃来到石山，宣称“公方大人已死，世代又将改变！”
同时他“保护”着足利义昭的儿子，法号“宗净”的年轻和尚，从京都妙心寺逃脱了而出，到达石山本愿寺，打出“匡扶室町幕府”这个旗号来。
原本坊间传闻已经很多了，但百姓们只是将信将疑。这下幕府排名前几的重臣出来站台，可信度一下子翻了几倍。
瞬间扶桑六十六国，陷入人心惶惶的局面。
平手义光立即反驳了将军的死讯，派人抓捕造谣生事者，发令集结幕府旗本，并征调诸侯联合进攻，打算先发制人。但并不是所有的外藩都积极响应了号召，许多人的动作极其缓慢。
而石山和尚那边，忽然凭空冒出一大堆奇奇怪怪的友军。
九州的相良、伊东，西国的波多野、恒屋，近畿的伊贺忍者余孽，关东的小田、千叶，奥羽的大崎、和贺……许多貌似已经被剿灭和降伏的势力站了出来。有的是被幕府处罚没收领地的，有的是请求幕府恢复领地未果的。
其中有半数左右在当地捣乱，企图夺回原领，这倒是不足为惧，那些地盘基本都封出去了，新的大名就算对幕府没什么忠诚，为了自身利益也会拼命作战镇压叛乱的。
但更多藏匿乡间的落魄武士们，是成群结队地逃窜到石山附近，带着武具和干粮，加入本愿寺教如的军队。这才是最令人头疼的地方。
奥羽有德川家康，北陆有平手秀益，关东则是正在巡检御料所的井伊秀直临时节制，骏河今川秀氏也颇为果决，东部地区明显是支持幕府的声音占了上风，仅在下野、上总两国出现较大规模的暴乱。也没有大量浪人涌向京都的情况。
可是京都以西却完全不一样了。日向、因幡、备中三地的亲藩并不足以稳定局势，武田、毛利、岛津等势力不知道是无力还是心有别念，反应皆十分迟钝，长宗我部元亲奉命率兵出战结果被乱军击败，后面完全是不可收拾了。
最意外的是，荒木村重、别所长治、十河存保等人本来是响应征召的，但据说是半路上遭到各自军队中为数众多的一向宗信徒所裹挟，以至于有的被迫改变立场，有的被下克上杀掉。以至于近畿同西国的联系被切断。
接着又有传言说，三好长逸还活着，浅井长政逃脱，北条氏政未死，甚至织田信长复生，来找平手泛秀复仇的。
当然这些人不可能站出来露面。唯一真正被确认的是，着名武将柴田胜家出现在石山，但这也足够成为一向宗信徒们心中的主心骨了。
长岛、近江、加贺的门徒也同时发力，让东部地区的外藩无法及时到京都支援，或者说，有理由不到京都支援了。
最终，原本打算调集十五万人的平手义光，一个月时间内，仅仅只得到了七万六千人的部队。
而石山本愿寺却已经聚集了超过五万反抗军。
形势一度非常不明朗。
平手义光指挥着装备精良的幕府旗本军取得野外遭遇战的胜利，将乱兵围困于石山，又令水军切断港口，断绝补给，但面对坚固的墙壁一时没有办法。
更无暇抽身去解决全国各地的种种争端。
一时之间，平手幕府竟似乎面临极大的危机。虽然不至于覆没，但看上去有可能过往的政权那样，逐渐失去各地的实际控制权，政令不出京畿。