南京留都，古称金陵，因战国楚威王熊商于石头城筑金陵邑，金陵之名源于此。又有秣陵、建业、建康等别称。自古便是江南富庶之地，尤其太祖定都在此，越发集市兴隆，商贾云集。便是成祖北迁，南京依旧作为留都，保持六部九卿、五军都督以及守备太监的建制。与北京驿道、运河，来往便利。等到李闯围城，消息传到南京，一时纷纷扰扰，各地宗室、藩镇无不紧张注目京师动向。
先前木魃穆函未与赵坤元一齐前往煤山，而是领了掌教命令，在城南运河附近觅得一艘官船，因赵坤元怕太子、公主二人羸弱，不堪高空罡气凛冽，故预先作此安排。等与穆函汇合，乃施法掩蔽了形迹，沿着运河破浪而行。一路上遇着散落的宫人、婢女、官属，择其良善之辈选用在侧。
一路上太子朱慈?r满腹忧虑，默默无言。他毕竟是个十来岁的孩子，又长于深宫妇人之手，所教导的老师多是一帮腐儒，能有多大见识？赵坤元思来想去，盘算日后明室再兴还是要靠这个人的旗帜，只得耐着性子，劝导于他。
不过坤兴公主倒是颇有些气量，先前见了木魃穆函猿猴般的外貌，毫不慌张，便是断了一臂，面上也毫无忧色，只静静端坐一旁，听赵坤元二人叙话。果然不愧是日后能成为江湖有名的独臂神尼。
赵坤元想成全于他，仔细打量公主的根骨，半晌乃道：“公主殿下，贫道观你骨骼清奇，纯**体，乃是上佳的修道良才。贫道有心收你作个记名弟子，一来不辜负你这般根骨，二来修习道法，在太子殿下周边也可担当护卫，共赴国难，不知意下如何？”
坤兴公主忙近前跪下道：“昔日宫中传闻有位护国真人，道法通玄，当时便有倾慕请教之心，可惜仙凡远隔，未曾得见，深以为恨。奴虽生在帝王家，却厌倦红尘，早有出世修行之念，因怕冲撞真人，不敢说出心中夙愿。如今真人金口亲开，怜我凄惨，弟子愿意拜在真人门下，伏请恩许！”
赵坤元默默颔首，受了她三跪九叩的拜师大礼。
太子朱慈?r见状也同求出家修道，为赵坤元婉拒，一面劝道：“殿下乃是万民所仰，如今神州涂炭，亟需殿下顺天应人，登基继位。诸多人世因缘岂能抛弃，国仇家恨岂可忘却？殿下乃是大明中兴之主，自然有神灵庇佑，英杰效命，何须自己亲自修行？”
赵坤元再三劝说，方止住了朱慈?r出家的念头。不过怕他心中有怨，乃传他一套内家养气的心法，令其早晚用功，强建体魄大有裨益。另外寻了僻静舱室，将一些上清入门的道法传授坤兴公主，又赐下几样护身的符咒，令其研习揣摩。
船行甚速，不一日便到了扬州邗沟，出了六圩渡口，又直奔白下，停在南京城外一处僻静的江岸，方才止住行程。
穆函过来禀报，问道接下来如何处置？赵坤元叫他莫急，道：“先前已令你师傅陪着万妙仙姑来此布置，且等上片刻，自有计较！”乃焚了一道传音符咒，召许飞娘与火无害前来汇合。
不一刻，半空剑啸声起，金红剑光闪映，落下二人，正是先前往南京的许飞娘与火无害。诸人一齐到舱中叙话。
许飞娘禀道：“日前来至留都，拆看掌教锦囊，按计行事。至今日方才将几家文武大臣家宅拜访完毕，将来意说明，或有怀疑，然俱答应到时太子亲临必往拜见，在南京继位，身等大宝，再行北伐，报此国仇家恨！”
赵坤元乃道：“陛下殉难消息还要一些时日方至南京，不到那时太子殿下暂不露面，免受非议。只暗中先将继位忠贞之士，悄悄带到此处君臣见上一面，提早准备。”
当即由许飞娘、火无害亲自往来飞行，将留守南京附近的史可法、张慎言、高弘图、姜曰广、刘宗周、徐石麒、瞿式耜及留守太监韩赞周、卢九德等一班文武大臣，悉数接来。等众人齐到，方请朱慈?r升座，出示崇祯手书及玉玺诸物。
诸人本已惊骇赵坤元、许飞娘等仙家道法，不敢他想。又有原总督京营太监卢九德跪拜确认，对众人道：“奴婢提督京营时，常入内廷，就近与会太子，确是本人。且现有太子殿下老师大学士王铎在南京修养，令其当面见驾更无流言蜚语了！”
赵坤元冷笑道：“王铎此人只写得一笔好字，可惜是贪生怕死之辈，并非纯臣。今日在座诸位俱是贫道拣选忠义之士，事属机密，还需暗中布置，勿要声张！”
当即君臣洒泪而别，各去安排，等到崇祯皇帝死讯传来，方准备仪仗，到江岸将太子并公主一齐接到南京城内，简略修整宫室，在武英殿登基。
原本南明因为弘光帝得位不正，难服众望，诸多宗室各怀鬼胎，争权夺位；藩镇悍将，拥兵自重，各自为战，故而虽有百万军兵，难于协同，为满清一一攻破。如今太子朱慈?r名正言顺，众人齐力同心，形势慢慢好转起来。
朱慈?r按着赵坤元吩咐，来年改元隆武。也许是修习内家养气心法的缘故，如今越发显得英姿勃勃，精神矍铄。又有赵坤元时常耳提面命，悉心指教，渐渐有了中兴之主的气概。当即宣旨，移驾浦口，扎营而居，不着朝服，以孝服代之，时刻准备北伐中原，克复旧帮。
历史依旧次第发展，吴三桂本想引清兵报仇，结果引狼入室，反为其所制，虽将李闯驱逐出北京，却为满清趁虚而入，鹊巢鸠占。满蒙八旗势如破竹，一路上斩关夺将，不出数月淮河以北，大半疆域为其霸占。吴三桂见清兵强悍，无可抵敌，只得归降，作了千古汉奸。
李、张民军也远不是清军敌手，纷纷败退。李自成于湖北九宫山死于暗箭，张献忠也忽然病死。明末义军一时间没了首脑，多有降于满清者。其余部属纷纷四散。
赵坤元自有火无害等人往来传递军情，乃与南明君臣商议，请其招降李、张旧部，赦免罪责，将满蒙鞑虏驱除华夏。朝中多有大臣反对，以为李、张俱是君父死仇，无可宽恕。赵坤元反复劝说讲解，分析利害，最后不得已又召来崇祯帝亡魂现身，乱哄哄搅闹多日，方才下场。乃由朱慈?r颁旨，大赦天下，号召协力抗清。
先前李闯部将、制将军李岩，因为赵坤元提醒，免于内部倾轧，保存了性命，听到南明大赦天下的消息，乃纠集部将，率先投诚归顺。一时间南北诸多义军纷至沓来，江北淮南之地，军兵糜集，几达百万之众。
清兵所占之地过于广大，一时间感到兵力匮乏，也渐渐按住兵锋，与南明在淮河一线对峙。
赵坤元即刻成了南明朝廷的主心骨，拜为国师，统领百官，煊赫无比。世人均谓其乃是姜尚再世、伊尹重生。然其内心颇为不安，越发谨慎。因他自度非是济世安邦之才，管理朝政非其所长，不过仗着道法玄妙，又有前世记忆，故能事事预知。好在一帮文臣效命，武将亦不敢自专，局面也慢慢稳固下来。
赵坤元又按着前世的记忆，将那一帮降清贰臣，渐次剥离要害权位，或以贪赃论罪，或以虚名遣散，内里几个善能掌兵的，也严厉警告，并派眼线时刻监视。至于史可法、张慎言、高弘图、姜曰广、刘宗周、徐石麒、瞿式耜等人自然信任有加。还广泛搜罗能臣干吏，于朝中听用。一时间顿有中兴气象。
得空赵坤元还命人找来夏允彝、夏完淳父子并陈子龙等人，甫一见面，夏、陈二人大惊，没想到这国师便是当年夏完淳满月宴席上游戏风尘的那位高人，不禁感叹仙道并非渺茫，虔诚礼拜不已。赵坤元对三人勉励一番，均委以重任，令在军中效力。
转眼到了来年，便是隆武元年，接到军情禀报，清兵移师南征，大举南下。南明朝廷忙调集各部军马，布防淮河南岸。
赵坤元虽担着国师之名，毕竟是个修道之人，怎能上阵杀敌？只不过用其名望，邀制诸军，协同作战。他看重李岩帅才，有心命其统领各部军马，奈何碍于他昔日身份，原本明军部将悉数反对，只得命史可法督师淮安，掌领中军，李岩所率领李张旧部，在上游驻扎；左良玉等部在蚌埠驰援。
也是天意使然，赵坤元有些大意，并未多想。哪知军情急转直下，忽然接到军报，淮河一线为清军所破，兵锋直逼扬州城下。顿时大惊失色，忙掐指一算，方明白前因后果，不由恼恨，切齿道：“想不到这帮贼子如此丧心病狂，违逆天道。如此莫怪道爷亲自下场，将尔等打落深渊！”
即刻传书四方，命门人弟子，齐聚扬州，又广邀同道前来助拳。这才有了一番三教斗法扬州城的后话。
（今日一更，最近这几张少了仙侠的味道，但是情节过渡，无法避开，接下来会尽快脱离反清复明的窠臼，回到仙侠斗剑的线索上去。恳请诸位点击收藏，如今已到40万字，回想起来颇为感慨，可惜成绩惨淡，叫人欲哭无泪！）