按照黄明远的计策，杨广一方面对江南世家示之以恩，这一次更是选拔了数百江南世家的子弟为官；另一方面则用军队震慑，驻军深入各州，双重其下，迅速使得地方上开始安定下来。
若是按照既定政策实行，数年之后，江南地区还真可能成了杨广稳固的大后方。
杨广和黄明远重视江南世家，但其他朝臣并不这么认为。
泗州刺杀天子事件之后，杨广命令大臣彻查此案，并下旨江南各地追剿万安堂余孽，捉拿刺驾之贼子。又命各地取缔天师教，缉拿妖人。
这件事本来是对南陈余孽一次有计划的清洗，其目标性也很明确，就是反对势力。在杨广看来，此事并不会对江南的局势有太大影响。
这朝野内外，最忌讳谋反之事，一有风吹草动，朝廷往往捕风捉影，见风是雨。
而且这皇权社会，尤其是在皇帝下达对案件的指示后，司法官员往往极力迎合君上心理，将嫌疑人犯屈打成招，把鸡毛蒜皮之事办成大案要案，然后大肆株连，揪出一撮又一撮的谋逆案犯。
因此负责查办此案的大理寺少卿上仪同三司于士澄在江南大肆追查刺客，其本着“宁可错抓千人，不可使一人漏网”的态度，只要稍有嫌疑，就抓起来严刑拷打。重刑之下，抓捕的人越来越多，竟然有数百人人被迫承认自己是刺客，而涉及到的万安堂余孽达数万人之多，俘囚满狱。
本来一场有限度的追剿活动，最后竟有漫延之势，成了一场对江南势力的大清洗。
刚开始第一茬案犯报到杨广这里，杨广还并不以为意，大手一挥，“并令同日斩决”，下令将这数百人同日处死。
但之后案犯越来越多，连杨广看了都满是错愕。
虽然诛恶务尽，但若是这样杀下去，怕是整个江南的官吏、士绅都要杀光了。还怎么拉拢江南世家。
杨广命大理寺和刑部要严格复核这些案件。大理丞张元济觉得此事颇为奇怪，这些被指控为万安堂余孽的案犯涉及到方方面面，若是真的全是万安堂余孽，对方早就能一举掌控江南了，何必继续蛰伏待机。
张元济调阅了相关的文书档案，发现大多数人的罪状都是似是而非。
但于士澄在大理寺本就威望很高，且此次是天子下令的查案，本着杀错不能放过的想法，龙威之下，司法部门竟没有一个人敢触逆鳞，这事便成了定案。
于士澄在江南大肆株连，每日被杀者无数。被抓获的叛逆越来越多，最后竟然达到满衙皆贼的地步。到了这种局面，于士澄也是大吃一惊，不过他骑虎难下，容不得后退，只得硬着头皮将这个案子查下去，坐实了众人的附逆之罪。
终于，江南的士庶终于无法忍受了。
十月四日，万安堂余孽谢异、王褒、顾子元等人在吴州昆山（治所在今上海市青浦区东南）杀死县令，扯旗造反。
吴州刺史刘权忙调集兵马镇压昆山的叛乱，但此时江南士庶被于士澄的暴虐所激起的愤怒早就填满胸膛。这时有人带头，江南豪强一呼百应，纷纷举旗反隋，声势浩大。再加上万安堂余孽的鼓动，整个江南立刻乱了起来。这些反隋武装“执县令，或抽其肠，或脔其肉食之，”手段残忍，影响恶劣，严重动摇了大隋政府在江南的统治基础。
到了这个时候，别说再继续清洗了，若是不能镇压叛乱，江南怕是要乱了。这场动乱实际上是一场无妄之灾，若不是地方官员为了政绩为凌虐百姓，也不会引发这么大的骚乱。
杨广听闻消息之后大怒，立刻命各地清剿匪患，安定地方。
为了彻底镇压各处盗匪，杨广以黄明远为吴州道行军大总管，江南安抚大使，率领禁军和淮南府兵征讨江南叛逆。杨广授予了黄明远便宜行事的权利，江南四品以下官员可任由黄明远处置。而实际上整个江南也没有几人是四品以上的官吏，黄明远事实上成了江南官员的太上皇。
临别之际，杨广拉着黄明远的手说道：“江南之地，本就人心不附，此次贼乱，正是彻底清理这些叛逆的好机会。卿切记要将叛逆攘除干净，勿使江南再次为乱。”
杨广性格有时候的确太刚了，难道不知道若是如你这般，这仇恨便要深重，江南人心更不附了。杨广做的很多事情再后人看来都得不偿失，不是他没有理智，而是他觉得不必在乎。
黄明远当然不会像杨广要求的这样。虽然到了吴州之后，一阵大杀四方，也能很顺利地平定叛乱，到时候赚得一堆封赏更是易事，但为天下计，解决问题不是这么做的。
虽然平乱之事很急迫，黄明远仍前往大理寺和刑部，将各处谋反案的卷宗都带上了。大理丞张元济这一次将自己对这些案件的审核全部交给黄明远，看着这一件件触目惊心的案子，黄明远也不禁皱眉。这于士澄真是找死，若不是知道于士澄乃是天子的心腹，甚至黄明远都觉得于士澄在故意制造混乱。
十月十五日，黄明远带领六千禁军和扬州本地官军万余人从江都港渡河，直扑大江以南的延陵（即京口，今江苏省镇江市）。
延陵为江南之要隘，控南扼北，为兵家必争之地。
此时不过半个月的时间，吴州的动乱已经蔓延到延陵等地。虽然延陵城并未被叛军所攻占，但延陵各地，大批暴民肆虐，官府在此的统治不复存在。
黄明远命右领军将军麦铁杖率领步骑三千直奔延陵城，沿途暴民，尽皆击溃之。
等到麦铁杖率军到了延陵城下，竟有数千暴民围城。这些暴民虽然有一些大族私兵裹胁，但本身没有组织。麦铁杖一击之下，便将其击溃。贼军四散溃逃，这时延陵之围乃解。
解了延陵之围，大军才有了一个安全的前进基地，而江北的物资也能顺利的运到大江以南。
黄明远顾不得留在延陵安抚百姓，只留下左武侯大将军郭衍率兵五千在延陵继续安抚士庶，清理叛军残余，其余部队继续南下。