黄明辽一直在等薛延陀部偷袭西突厥牙帐的消息，西突厥军一退，黄明辽便清楚薛延陀部的突袭怕是成功了，于是命秦琼、蒙跃二人各率一支骑兵缒在西突厥军队之后，不断骚扰、攻击其部。射匮可汗急于撤退，也顾不得身后隋兵，后来实在不其烦，只得留一部断后。
这当然是有去无回，隋军猛攻，其部全军覆灭。
于是隋军再追，斩首西突厥军队数千，追击上百里乃还。
不是黄明辽不想继续向西追击，但此时若亡了射匮可汗，便宜的是薛延陀部，若是薛延陀部能将射匮可汗的目标引向天山以西，则远比覆灭射匮可汗更有意义。
射匮可汗回到三弥山，眼看毁于一旦的牙帐，心中愤怒，又听闻突袭牙帐的薛延陀部向碎叶川而去，便驱赶军队追击，誓要诛灭薛延陀部。
而黄明辽则命部队南下，兵进焉耆。
焉耆是个古国，在两汉的时候便存在了。期间不知道更换了多少个王朝，但一直以焉耆为名。
焉耆国也叫乌耆，《西游记》中的乌鸡国便是以此国为原型。
焉耆国王自魏晋的时候便姓龙，北魏的时候，因为国王龙鸠尸卑那恃地多险，颇剽劫中国使，北魏派遣成周公万度归西征，灭亡焉耆国，置鄯善镇。之后不久，焉耆先后被柔然、高车控制，又被厌哒破灭。后来，焉耆王族重新执政，焉耆国重新振兴。
现在焉耆国的国王名龙突骑，都城方二里。国内有九城，胜兵千余人。
此时焉耆国信奉佛教，至于习俗，则和中原王朝差不多。
焉耆国是西突厥的一个属国，不过在射匮可汗兵败之后，黄明辽把第一个目标放在这里，除了因为这里离着轮台较近，还因为焉耆国的自然条件，在整个西域，也是顶级的。
焉耆国位于天山南麓，丝绸要道，境内有广阔的敦薨浦（博斯腾湖），盛产黍、麦等农作物，种植棉花，甚至还有丰富的渔盐资源。史书曾记载，“国王龙熙率群下四万人肉袒降于前凉沙州刺史杨宣”、“国王龙鸠尸卑那以四五万人出城守险以拒北魏军”，虽然其人数记载未必可信，但从侧面也证明了，焉耆能够养活大量的人口，其九城之地，养万户五万人口，还是没有问题的。
其国土如此丰饶，水资源还丰富，苦于土地、粮食不足的黄明辽，如何不对这里垂涎三尺。
于是黄明辽以焉耆国依附西突厥，攻打宗主国为名，命令秦琼为将，攻打焉耆。
焉耆国不敌，连连兵败。
面对隋军的攻击，此时跟着射匮可汗在遏索山大败的龙突骑几乎没有反手之力。当然小国也有自己的生存之道，龙突骑很快派人向隋军投降。
面对焉耆国的投降，隋军之中有两个态度。
李节认为，可以接受焉耆国的投降，将之拉拢到大隋阵营，按照两汉、魏晋经营西域的模式，保留其政府，并在此驻军，大大减少隋军的行政压力。
但黄明辽却认为此策不可行。
这些西域国家，完全是墙头草，到了关键时候，根本不能相信，反而还要防着。毕竟西突厥还在身侧，对西州也保持着优势，谁敢说焉耆不会再次倒向对方。
而且保留这些国家，大隋便不能大规模对其移民，获取其土，如此隋军后勤压力，还是不好解决。
李节觉得，这些西域小国传承数百年，占尽人心，当初北魏灭掉焉耆，还是让焉耆王室复国。若是真灭亡了焉耆，往后怕是要陷入没完没了的叛乱之中。
但黄明辽却是觉得，现在麻烦一些，总胜过以后麻烦。
“李长史若是担心焉耆国人成为隐患，大不了我屠灭焉耆，总不会再有人反叛了吧。”
李节无话。
于是黄明辽决定灭亡焉耆，设立郡县。
黄明辽先是下令秦琼占领焉耆国全境，并以令龙突骑前往轮台请罪的名义带走其国主，然后对焉耆国境内进行清洗。
凡心向西突厥，或者是忠于王室的，尽被清洗。
黄明辽于是下令将焉耆国分为员渠（即焉耆都城）、尉黎、危须（今新疆和硕县境）三县，并置焉耆军镇，以秦琼镇之。同时分设于术、张三城、铁门关等镇。
焉耆国中，果然反抗激烈。龙氏统治焉耆数百年，影响已经深入到整个焉耆国的一草一木。
于是焉耆一地，烽烟四起，到处都是造反复国之辈。
黄明辽乃命秦琼强力压之。
柳驴城（今新疆焉耆回族自治县西南）据城造反，秦琼率部攻破之后，屠城筑京观，于是焉耆之地民众畏惧，虽心向龙氏，但再无人敢造反。
焉耆毕竟小国，人数不多，面对隋朝大军，也翻不起大浪来，于是焉耆之地乃平。
秦琼又奉命继续向西攻破龟兹国的乌垒城（今新疆巴州轮台县境内），复置乌垒县，又设立乌垒镇。
乌垒之地，隶属于龟兹，其地人口虽少，但处在西域的中心位置，西域都护府治所还在此地设置过。秦琼占据此地，离着三弥山不过三百里，随时可以威胁到西突厥牙帐。
同时占据乌垒，将隋军在天山以南的战线推进至西域腹地，依靠图伦碛，虽然战线前移，但防御难度反而大幅下降，只要以乌垒一点，便可阻挡西突厥全军。
为了进一步威胁到西突厥的腹地，黄明远又命契苾部前出鹰娑川，返回祖地。
鹰娑川，也就叫应娑，为西突厥泥撅处罗可汗所立小可汗驻地。泥撅处罗可汗居无恒处，然多在乌孙故地，于是为了方便统治，复立二小可汗，分统所部。一在石国北，以制诸胡国。一居龟兹北，其地名应娑。
后来鹰娑川在西突厥泥撅处罗可汗东逃后为铁勒契苾部所占据，只是契苾部也没能守住此地。
鹰娑川就是后来的巴音布鲁克草原，天山之中的一个小盆地，其在三弥山以东北，土地肥沃，牧草丰美，地理位置优越。占据了此地，便能从侧翼威胁到三弥山，而且从鹰娑川往南，便是乌垒州。两地一在三弥山东北，一在三弥山东南，像两支大钳子一般，钳制住西突厥。