h组第二轮另一场比赛在日本大分体育公园综合竞技场进行，突尼斯与比利时1:1战平。日本1胜1平4分、俄罗斯1胜1负3分、比利时两连平2分、突尼斯1平1负1分第四，最后一轮才能决出胜负。
6月11日，A组最后一轮进行，仁川文鹤体育场的丹麦与法国的比赛中，2:0取得完胜！丹麦2胜1平7分小组第一晋级，法国作为卫冕冠军，3场比赛1平2负1分垫底被淘汰！水原体育场，乌拉圭则与塞内加尔打出一场经典比赛！双方拼抢激烈，共拿到12张黄牌，塞内加尔上半场就连下三城，乌拉圭下半场则绝地反击，连扳三城追平比分！这样塞内加尔1胜2平5分小组第二爆冷晋级，乌拉圭2平1负2分第三出局。
E组最后一轮同天进行，日本静冈小笠山综合运动公园体育场，德国2:0完胜喀麦隆，克洛泽一射一传，先助攻博德进球，自己接巴拉克助攻破门锁定胜局，双方拿到16张黄牌与2张红牌，德国后卫拉梅洛第40分钟就两黄变一红被罚下，喀麦隆前锋帕特里克·苏福第53分钟替补登场，第77分钟拿到第二张黄牌被罚下……
在日本横滨国际综合竞技场，爱尔兰3:0大胜沙特阿拉伯，罗比·基恩、加里·布林和达米安·达夫各进一球。这样德国2胜1平7分小组第一、爱尔兰1胜2平5分第二双双晋级，喀麦隆1胜1平1负4分、沙特阿拉伯3连败0分被淘汰。
6月12日，b组最后一轮进行，南非在韩国大田体育场与西班牙打起对攻战，劳尔开场4分钟就补射建功，南非随后扳平比分，上半场结束前，门迭塔直接任意球破门再度领先，下半场南非第二次追平比分，又是劳尔头球得分打入制胜球！在韩国的西归浦济州体育场，斯洛文尼亚与巴拉圭交手，第20分钟，巴拉圭的波尔图中场帕雷德斯就领到第二张黄牌被罚下，上半场结束前斯洛文尼亚率先进球，下半场巴拉圭替补奇兵建功，连进三球完成逆转，第81分钟，斯洛文尼亚第62分钟替补登场的前腰纳斯佳·切赫被红牌罚下。这样西班牙3连胜9分强势晋级，巴拉圭与南非均1胜1平1负4分，巴拉圭多进一球小组第二惊险出线！南非与3连败0分的斯洛文尼亚一起出局。
F组也完成最后一轮比赛，英格兰在日本大阪市长居陆上竞技场与尼日利亚互交白卷，阿什利·科尔、费迪南德、坎贝尔、斯科尔斯与贝克汉姆首发，谢林汉姆替补登场。与此同时，日本宫城仙台体育场，瑞典与阿根廷进行生死战，巴蒂斯图塔为阿根廷首发出战，但是他的搭档前热刺前锋卡尼吉亚上半场结束前被红牌罚下，下半场瑞典南安普顿中场安德斯·斯文森直接任意球破门，阿根廷终场前获得点球，洛佩斯主罚被考文垂门将海德曼扑出，不过替补登场的克雷斯波补射命中扳平比分！伊布拉希莫维奇为瑞典替补登场，最终双方1:1战平。这样英格兰与瑞典1胜2平5分携手出线，瑞典多进一球小组第一，阿根廷1胜1平1负4分，与1平2负1分的尼日利亚一起回家。
6月13日，华夏与土耳其在韩国首尔体育场生死相搏，米卢派出3-5-2阵容：江渡，吴继玉、杜慑、李玉山，杨玉、肇英知、李钢、徐风虎、李云鲲，杨曦、郝洋西。然而想赢怕输的华夏一开场就进退失据，第6分钟，哈桑·萨斯就破门得分！3分钟后，又是萨斯助攻后卫布伦特·科尔克马兹头球得分扩大领先优势！第28分钟，郝洋西左路强行突破传中，杨曦飞身凌空右脚外脚背弹射中柱入网追回一球，2:1！
中场休息的时候，吴继玉被邵善始换下，徐风虎回撤后防线，邵善始坐镇中场，可惜第58分钟，因为背后铲球被红牌罚下！第73分钟，米卢连换两人，郝洋西与杨曦双双下场，曲浪与于本雄上阵。换人也起到了立竿见影的效果，第75分钟，曲浪禁区前接到于本雄直塞，直接起脚远射中的，2:2！华夏扳平比分！若是比分保持到终场，华夏将1胜1平1负4分直接小组出线！可惜第85分钟，又是桑斯送出致命传球，达瓦拉禁区右侧迎球怒射打中左立柱内侧入网，2:3！华夏遭遇绝杀！
另外一场比赛在韩国水原体育场进行，毫无压力的巴西迎战哥斯达黎加，上半场13分钟，罗纳尔多就梅开二度，埃德米尔森随后接到帕尔马左后卫儒尼奥尔助攻破门将分差拉开到三球！不过万乔普1分钟后进球扳回一城，下半场罗纳德·戈麦斯头球建功，分差缩小到一球！但是又是儒尼奥尔站了出来，先助攻里瓦尔多进球，接着自己接到埃德米尔森投桃报李的传球得分将比分定格在5:2！随后卡卡被换上场替下里瓦尔多，首次在世界杯赛场亮相。最终巴西3连胜9分小组第一，土耳其1胜1平1负4分小组第二双双晋级，华夏1胜2负3分、哥斯达黎加1平2负1分双双淘汰。
G组最后一轮同时进行，厄瓜多尔与克罗地亚在日本横滨国际综合竞技场背水一战，最终厄瓜多尔1:0获胜！但是墨西哥与意大利在日本大分体育公园综合竞技场1:1战平，墨西哥由博尔格蒂回头望月进球取得领先，终场前意大利的蒙特拉传球，德尔·皮耶罗头球得分完成绝平！这样墨西哥2胜1平7分，意大利1胜1平1负4分携手出线，克罗地亚与厄瓜多尔均1胜2负3分出局！
6月14日，d组最后一轮进行，韩国在仁川文鹤体育场与葡萄牙对决！结果韩国疯狂对葡萄牙球员进行凶狠的铲球，然而阿根廷主裁判对此视而不见，反而是第27分钟，葡萄牙前锋平托中场背后铲倒朴智星被红牌罚下！第66分钟，当贝托拦截时，李荣杓飞身而起摔倒在地，主裁判向贝托出示第二张黄牌将其罚下！葡萄牙仅剩9人作战，第70分钟，李荣杓左路传中，朴智星禁区右侧胸部停球，右脚挑球过掉孔塞桑，接着左脚凌空抽射破门打入全场比赛唯一进球！韩国1:0击败葡萄牙。另外一场比赛，韩国大田体育场，波兰打出自己的气势，3:1大胜美国，要不是弗里德尔扑出对方点球，分差将更大。最终韩国2胜1平7分、美国1胜1平1负4分一起出线，葡萄牙与波兰1胜2负3分泪别。
h组中，日本在大阪市长居陆上竞技场2:0完胜突尼斯，比利时则在日本静冈小笠山综合运动公园体育场苦战，3:2险胜俄罗斯！日本2胜1平7分、比利时1胜2平5分一起晋级，俄罗斯1胜2负3分、突尼斯1平2负1分终止本届世界杯。本届世界杯十六强分别是：丹麦、塞内加尔、西班牙、巴拉圭、巴西、土耳其、韩国、美国、德国、爱尔兰、瑞典、英格兰、墨西哥、意大利、日本和比利时！欧洲9支、南美洲2支、中北美洲2支、亚洲2支和非洲1支。