经过差不多一月的清查，移交军籍，都门禁军的老底算是彻底揭开了，一共二十四万员额的都门禁军，实有士卒不过十六万，经过三衙、枢密院和台谏的点验后，裁汰了近六万老弱，实际都门禁军现下不到十万员额，赵佶暗道还好，还有十万人，二十多年后，偌大的汴梁城，连三万可战之兵都没有。
清军的结果令举朝震惊，连最不同意在都门禁军置将操练的台谏都纷纷上疏，要求严查三衙和管军武帅，作为台谏主官的苏辙甚至亲自上劄子——乞定差管军臣僚札子，要求对管军武帅严格考核，按照国朝旧例配置管军武帅。
赵佶这才发现，本朝的都门禁军管军武帅不是六人，而是八人。按照本朝制度，置马步军龙卫、神卫四厢都指挥使捧日、天武于焉并建与殿前、侍卫马步军都副指挥使及都虞候凡八员通号管军。也就是说按制度，都门禁军的管军武帅应该是：殿前司捧日天武四厢都指挥使、侍卫司龙卫神卫四厢都指挥使、殿前都指挥使、殿前副都指挥使、殿前都虞侯、侍卫亲军司都指挥使、侍卫亲军司副都指挥使、侍卫亲军司都虞侯，这八位武帅构成了禁军的最高指挥层。
但是随着侍卫亲军司的裁撤，侍卫亲军司一分为二，变成侍卫亲军马军司和侍卫亲军步军司，为了方便枢密院执掌禁军，宋廷有意不设管军武帅，或者将管军武帅的职务变作边境武臣的加衔，尤其是陕西诸将，不少人都带着管军武臣的职务，变相架空两司三衙。
这样做的后果是枢密院固然直接掌握兵柄，但是缺乏管军武帅管理禁军，都门禁军当然被勋臣控制，下面的中下级军官没有约束，放开手脚贪墨军饷，吃空额、喝兵血，役使士卒都是常事。苏辙建议按制度重新选任管军武帅，严明军纪，枢密院和台谏负责监督，都门禁军再置将操练，要一改都门禁军的颓势。
赵佶将苏辙的劄子批转政事堂，要求政事堂举荐管军武臣，补足差遣，同时就眼下的十万人分配问题，责成枢密院拿出方案来。从清军的结果来看，殿前司还是好于侍卫马步二司，上四军的满员率又在殿前司中最好的，赵佶觉得还是要优先补充上四军。按照之前的置将法，要求枢密院拿出方案来。
章惇来到垂拱殿，向赵佶汇报置将方案。
章惇行礼后说道：按之前方案，都门禁军共置三十六将，其中马军二十将，步军三十六将，上四军捧日天武四厢和龙卫神卫四厢置马军八将、步军八将，殿前司置马军四将步军八将，侍卫步军司置步军二十将，侍卫马军司置马军八将。
赵佶问道：各军军号可定好了？
章惇点头说道：上四军军号不变，仍为捧日、天武、神卫、龙卫。殿前马军军号为：拱圣、神骑，殿前步军军号为：虎翼、广勇、宣武、神射。侍卫马军军号为：云翼、广锐、蕃落、横塞。侍卫步军军号为：宣毅、振武、忠节、雄武、桥道、飞虎、清塞、制胜、威武、清戎。
章惇顿了一下说道：此外，臣还拟定了殿前水军军号：靖海、平海、宁海、澄海四军，各军先置一将操练。此外关于管军武臣，政事堂商议可调整为十一人，即：殿前都指挥使，殿前副都指挥使，殿前都虞候，侍卫亲军马军都指挥使，侍卫亲军马军副都指挥使，侍卫亲军马军都虞候，侍卫亲军步军都指挥使，侍卫亲军步军副都指挥使，侍卫亲军步军都虞候，捧日天武四厢都指挥使，龙卫神卫四厢都指挥使，除原横班武臣外，尚缺四人。
赵佶说道：命两制以上大臣举荐，管军武臣必须经历实战，年六十以下。赵佶决心这次借机重建都门禁军，从西军中抽调一批精锐和将领补充进都门禁军中，要让都门禁军成为一支可战之兵。
章惇问道：官家，现今都门禁军缺员严重，官家之前招募的两万多新军，不若编入都门禁军，充实都门禁军力量。赵佶笑道：都门禁军现下缺额高达十数万，新军区区两三万人，如何济得事？枢密院对于招募士卒，有什么方略吗？
章惇说道：按惯例，禁军招募士卒，要么直接从百姓中招募，要么自厢军中挑选精锐而来，臣意两法并行，一面在诸路招募精壮之士，一面令诸路厢军选拔精锐，升入禁军中，可以尽快补充都门禁军，同时诏令西军，选拔一批精锐校尉，到都门禁军中充任十将、都头等职务，以期尽快成军。
赵佶点头说道：如此就将新军优先补入上四军和殿前司吧，那不若以种师道为权捧日天武四厢都指挥使，何灌为权龙卫神卫四厢都指挥使，侍卫马步二司都虞侯，再从西军中择能臣名将前来，目下都门禁军军器战马到底缺少多少？
说道这个，连章惇都有些无奈，说道：军器其实缺损不多，就是有所缺少，军器监内也有库存，足够都门禁军装备，但是战马缺少，确是难题。
赵佶也知道，大宋缺乏战马，从西南获取的马匹大多矮小，不能充作战马，真正能用作战马的，主要是与契丹、西贼取得的战马，还有在熙河路换取的战马，不过这几十年以来，宋军的重心都在陕西，禁军中的的马军不断被调往陕西，与契丹榷场贸易取得的战马也多调给了西军，不过西军最近连番大胜，倒是缴获了不少战马，与西夏现在开榷场能够市马，西夏岁贡马匹五千，禁军的战马应该能够逐渐解决。
赵佶沉吟一番，说道：这样，去信章宣抚，询问西军多余的战马能否先调数千匹来东京，还有熙河路的榷场，看看能否换取更多的战马。
说罢想起了与西贼的榷场，赵佶吩咐道：还有询问陕西宣抚司，与西贼的榷场开在何处，三司与枢密院要妥为监管，还有敕令陕西宣抚司，严厉打击走私，敢有走私者，必置之重典！
章惇这才退下。