当天夜里，李定国来到张君泽跟前让他给朱由渠写一份认罪书，可张君泽怎么都不肯写。见他一副大义凛然的样子，李定国也不着急，于是不慌不忙道：“你说如果我把你交给秦家人会怎么样了？”一听这话，张君泽瞬间不淡定了，如今秦家人已经被全部逮捕，现在定然是愤慨万千。若是自己被交给秦家人，那么他们还不把气都撒到自己头上啊，自己会多惨，简直不敢想象。而现在李定国不就是想在陛下面前邀功嘛，一个认罪书而已，写就写了。想到这里，他赶紧摆了摆手道：“别别别，李兄，看在多年同朝为官的份上，饶了我吧，我写还不成吗？”说完便拿起桌上的笔写起了认罪书。拿到认罪书后，李定国便找来了城中的书法高手，让他们临摹张君泽的字迹给张君明和南京朝廷写了封求援信。经过对十几个版本的校对后，李定国选了一封最满意的，然后让人带着张君泽的玉牌前往了南京。
几天后，张君明收到了这封信后，赶紧找来了张氏族人商议，经过大家的鉴定，都觉得这封信是真的，况且还有族长随身携带的玉牌。最后张氏族人决定，既然李定国同意加入，并且已经出兵武昌了，那么他们也确实该帮一帮。第二天一早，张君明便点齐了人马，向西而去。就在张君明的大军到达九江后，李定国早就布好了口袋在这里等他。见面后，张君明问李定国道：“李兄，我大哥了。李定国笑道：“张大人马上就过来。你我兄弟好久不见了，走，我们里面叙话。”张君明见大哥不在，于是有些警惕道：“不了，有什么话就在这里说吧。”李定国随即带着责备的语气道：“张兄这是信不过我呀，我们可是多年的兄弟了，你这样做让兄弟很寒心呀。”说完李定国便转过身去假装生气。这话让张君明都有些不好意思了，于是迎了上去，边走边解释道：“这…我不是那个意思，你别…”话没说完，只觉一个东西顶在了腰上。多年的经验告诉他，这是个枪口。张君明瞬间紧张起来，准备去摸腰间的手枪，却听到一声喝斥：“别动！把手举起来！”李定国边说边转过身来。张君明慢慢的举起了手，他是知道李定国的本事的，在他手里别想玩歪心思。只是不解的问道：“李兄何意？”随后便冲出来了很多士兵，将张君明的部队缴了械。李定国拔出张君明腰间的手枪道：“当年张兄，劝我投降陛下，我听了你的劝。如今我也劝张兄投降陛下，希望张兄也能听劝。”随后向一旁的士兵挥了挥手，张君明便被带走了。
十天后，李定国带着张氏兄弟，来到南京城外，然后让陈玄礼上前喊话。来到城墙下，陈玄礼对城内喊道：“快开城门，张将军西征德胜回来。”城楼上的守将拿起望远镜朝远处的人群看了看，发现张氏兄弟果然在阵前。但他看不到的是，他们的背后顶着一把手枪。而且一旁还有很多达官贵人被绑着，虽然大部分不认识，但秦历民他是认识的。这下守将深信是张君明西征德胜回来了，随即便打开了城门。第二军团的士兵便蜂拥而入，顺势占领了南京城。自此，宣武朝廷就此覆灭。李定国在对南京的军队进行整编后，便给朱由渠上书汇报了事情的经过。
当朱由渠巡视完大明在西域的领土后，便收到了李定国的奏报。看完奏报后，朱由渠一巴掌拍在桌子上，“好！好啊！”随后将奏报递给李岩，然后兴奋到：“李定国真是个干才，这叛乱让他兵不血刃就处理完了。”李岩看完奏报后也笑道：“定北侯处理叛乱确实有一套，当年处理汉中叛乱时，他可也是秋风扫落叶般就处理完了。定北侯后真乃大明的定海神针啊。”“对对对，先生说的极是。既然国内已经平定，那我们明日便启程回去。”“陛下不可。”正当朱由渠为此高兴时，李岩赶紧制止道：“陛下何故如此冲动。”朱由渠一脸疑惑的看着李岩道：“为何？”“陛下，定北侯的忠心固然可信，但任何时候做好完全准备是必须的。如今大明国内军队几乎被他控制，定北侯手里的实力，足以在南京立国，只要他愿意，他随时可以控制汉地十三省。若是陛下现在回去，以您手里的实力能镇的住他吗？说个大不敬的话，如果陛下在南京遭遇不测，定北侯将边境一锁，那么我们在海外的军队必然会裂土自立。到那时，陛下打下的这万里江山瞬间就付之东流。还望陛下三思。”听完李岩的分析，朱由渠瞬间吓出了一身冷汗。虽然李定国在历史上是忠臣，但面对这样的诱惑，难道他就真的不会动心吗？想到这里，朱由渠随即问道：“那依先生之见，如何应对。”李岩思虑片刻道：“如今刘文秀的第四军在倭国，定北侯手里只有第五军和第六军，外加张君明的第八军，还有秦拱民的第十二军，黄德功的第十军，他手里少说也有十五万主力。因此，我们应该等待第一军完成对莫卧儿的攻略后，让第一军团跟随陛下由西域东归进入陕西，让沐天波带领第五军团由南面东归进入广东。然后让李定国到西安见陛下，他若肯来，陛下便封赏于他，他若不来，那就只能开战了。”听完李岩的部署，朱由渠只觉一股寒意从脚底板直冲天灵盖。若真是那样，大明的百姓不又要受苦了吗？随后朱由渠问道：“要不现在就让他来西域见朕，不就知道他是什么意思了吗？”“不可，如果陛下现在过早的暴露自己的意图，若是定北侯真有此想法，必然打草惊蛇。所以现在要一切照旧，等莫卧儿的战事结束后再做定夺。反正第一军团要回大明，就是辛苦第五军团来回跑一下，耗费些粮草罢了。为了大明的未来，这点粮草算不得什么。”朱由渠认可的点了点头。
由于叛乱的结束，整个南直隶又回到了安宁。可被毁的基础设施和工业体系，却不是一朝一夕能恢复的。看着满目疮痍的南直隶和如雪花般飘来的各地损失奏报，孙焕之不禁落下了眼泪，这都是他多少年的心血呀，就这么毁了。难过之后，他又开始以内阁的名义，发布政令，让各地开始战后重建。他希望等朱由渠回来后，能看到一个跟当初走时差不多的南直隶。