熵能反应堆平稳运行的第三百年，宇宙边缘的「寂静深渊」突然泛起诡异的涟漪。这片曾被视为宇宙尽头的虚空，竟开始规律性地脉动，仿佛某种沉睡的巨兽正在苏醒。零的万象中枢监测到异常的量子潮汐，其波动频率与当年熵晶矩阵的核心频率高度吻合，更令人不安的是，潮汐中夹杂着若有若无的暗熵韵律，如同古老的丧钟在虚空中回荡。
艺术之城的先知们通过「星语水晶」观测到了前所未有的天象：无数星辰组成巨大的齿轮状阵列，在天幕中缓缓转动。水晶表面浮现出古老的预言：“熵潮再起，命运轮转，当齿轮咬合的刹那，世界将迎来终焉与新生。”吟的量子共鸣琴自发震颤，琴弦上凝结出细小的冰晶，每根冰晶都折射出破碎的未来景象——文明在暗熵洪流中湮灭，守护者们的身影支离破碎。
星穹协奏会紧急召开全宇宙峰会，机械文明展示的最新研究成果令人震惊：“寂静深渊的量子潮汐正在重塑宇宙的能量网络，暗熵粒子的浓度以几何倍数增长。更可怕的是，这些粒子似乎具有自我意识，正在选择性地侵蚀文明的核心科技。”零调出万象中枢的深度分析报告，屏幕上的数据流勾勒出一幅恐怖的图景——暗熵粒子如同病毒般侵入各个文明的量子计算机，篡改着维系文明运转的底层代码。
新守望小队与灵韵学院的新生代守护者组成「熵潮特遣队」，携带由多元文明联合研发的「熵能中和装置」前往寂静深渊。当他们的星舰接近深渊时，舰体周围的空间开始扭曲成螺旋状，所有导航系统失去作用。洛卡的空间感知能力剧烈刺痛，他勉强维持着空间稳定：“这里的空间结构被某种超维力量改写，我们就像被困在巨大齿轮中的蝼蚁！”
就在众人陷入困境时，吴仙的灵识以数据流的形态显现。他的轮廓由金色符文与暗紫色熵能交织而成，手中托着一个不断旋转的微型齿轮：“寂静深渊是宇宙命运齿轮的轴心，而暗熵潮汐是齿轮转动的润滑油。混沌古神虽已消亡，但其设下的终局之局仍在运转。”他将微型齿轮抛向特遣队，齿轮化作万千流光融入众人的意识，“想要阻止齿轮咬合，必须找到散落在不同时空的「命运枢轴」。”
特遣队循着吴仙的指引，踏入被暗熵笼罩的时空裂隙。他们首先来到了「机械纪元」的平行时空，这里的机械文明早已被暗熵同化，城市沦为由齿轮与暗熵晶体组成的钢铁坟场。守护者们遭遇了诡异的「齿轮傀儡」，这些傀儡的身体由精密机械与暗熵触手构成，每一次攻击都带着致命的时空切割力。艾琳发现，这些傀儡的行动规律与星穹协奏会监测到的量子潮汐频率一致，她立即通过灵韵通讯向队友传递信息：“它们的弱点在关节处的熵能连接点！”
在激烈的战斗中，零破解了齿轮傀儡的控制代码，发现它们的核心指令竟是“加速命运齿轮的转动”。当特遣队摧毁傀儡群的中枢控制器时，一座由暗熵能量凝聚的巨型齿轮从地底升起，齿轮表面刻满了混沌古神的诅咒符文。吴仙的灵识及时提醒：“这是第一个命运枢轴，用熵能中和装置打乱它的运转频率！”
特遣队默契配合，吟的歌声化作音波锁链缠绕齿轮，雷欧的光焰道纹灼烧着符文，洛卡用空间扭曲扰乱齿轮的咬合，零则将熵能中和装置嵌入齿轮核心。在剧烈的能量碰撞中，齿轮发出刺耳的轰鸣，表面的符文逐渐崩解，最终停止转动。但特遣队还未来得及松口气，万象中枢便传来警报——其他时空的命运枢轴正在加速运转，试图弥补这里的“缺失”。
随着探索的深入，特遣队相继闯入了「魔法文明的末日战场」与「灵能纪元的废墟」。在魔法文明的时空，守护者们遭遇了被暗熵腐化的元素精灵，它们操控着失控的元素之力，将天空撕裂成碎片；在灵能纪元，整个星球的灵能网络被扭曲成吞噬生命的巨网，守护者们必须直面自己内心的恐惧才能突破防线。每摧毁一个命运枢轴，特遣队都能感受到寂静深渊的量子潮汐愈发汹涌，仿佛宇宙命运齿轮在愤怒地咆哮。
当特遣队抵达最后一个命运枢轴所在的时空时，他们看到了令人心碎的景象——这里是吴仙千年前陨落的战场，无数守护者的残骸被暗熵包裹，组成了最后的防线。吴仙的灵识在此刻变得前所未有的清晰：“这是我最后的意识锚点，也是命运齿轮最坚固的枢纽。想要摧毁它，需要付出巨大的代价...”
此时，寂静深渊的量子潮汐达到顶峰，暗熵洪流如海啸般席卷而来。特遣队别无选择，他们将所有力量注入熵能中和装置，同时发动各自的最强能力。吟以燃烧生命为代价，奏响了融合所有文明力量的终章之歌；雷欧将光焰道纹燃烧至极致，化作一道贯穿时空的光刃；洛卡强行撕裂空间，制造出足以吞噬一切的时空旋涡；零则将万象中枢与命运枢轴的核心代码绑定，进行最后的数据对抗。
在震耳欲聋的轰鸣声中，命运枢轴终于崩解。吴仙的灵识在光芒中微笑：“谢谢你们...让我看到了文明真正的力量...”他的身影化作万千金色光点，融入宇宙的每一个角落。而寂静深渊的量子潮汐也逐渐平息，那些失控的暗熵粒子开始重新凝聚，形成了全新的能量循环体系。
战后，星穹协奏会在各个时空建立了「命运守望者」组织，专门监测宇宙能量的异常波动。艺术之城建造了一座名为「轮回之舞」的纪念碑，碑身由不断变化形态的熵能晶体与齿轮构成，永远诉说着这场跨越时空的战斗。但零在清理万象中枢时，又发现了吴仙留下的神秘代码——这次的代码组成了一个不断旋转的问号，仿佛在提醒着守护者们，宇宙的谜题永远没有真正的答案。
而在宇宙的某个维度夹缝中，一枚未被发现的命运齿轮正在悄然转动，它的表面刻满了新的预言，等待着下一批守护者前来揭开新的篇章...