宇宙重归平静的假象下，暗潮汹涌。星孩沉睡后形成的新宇宙胚胎悬浮在星核之心，散发着柔和却不稳定的光芒。林婉的晶化右手与胚胎产生共鸣，《混沌医典》自动翻开，空白书页浮现警告：“胚胎尚未完全稳定，任何剧烈能量波动都可能导致崩解。”与此同时，秦逸的银针检测到宇宙深处传来规律的齿轮转动声——虚数空间组织的残余势力仍在暗处蛰伏。
为守护来之不易的和平，林婉与秦逸联合各文明代表，在虹桥医链的废墟上搭建临时议会大厅。全息投影中，数百个文明的领袖齐聚一堂，却因利益分歧争吵不休。“我们不能让F级基因者参与决策！”一位高等文明的执政官怒拍桌子，“他们的存在就是对秩序的威胁！”话音未落，地面突然震动，望舒摸索着走到大厅中央，他的笛声化作声波，将执政官的基因烙印投影在空中——众人震惊地看到，这位口口声声维护秩序的领袖，竟偷偷进行着非法的基因改造实验。
“够了！”林婉将因果锚重重插入地面，金色光芒照亮整个大厅，“星孩用生命换来的觉醒，不是让你们继续内耗！”她展示从记忆回廊获取的《基因宣言》，逐条阐述初代道侣对平等的构想。就在讨论渐入佳境时，议会大厅的防护罩突然响起刺耳警报，虚数空间组织的标志出现在所有屏幕上。
一个经过变声处理的声音回荡在大厅：“林医生，真以为摧毁齿轮装置就能终结一切？”画面中，戴着齿轮面具的神秘人坐在由无数星图构成的王座上，他的脚下是蜷缩的机械生命体，“宇宙需要秩序，而你们所谓的平等，不过是幼稚的幻想。现在，我代表‘时之议会’发出最后通牒：立即解散所有跨文明组织，交出星孩胚胎，否则...”神秘人挥动手臂，屏幕切换至多个文明星球的实时画面，隐藏在地下的归墟炸弹逐一显现。
会场陷入死寂。一位文明领袖颤抖着开口：“你们...什么时候埋下这些炸弹的？”神秘人冷笑：“从你们诞生的那一刻起，时之议会就注视着一切。星孩的出现是意外，但也让我们看到了宇宙的脆弱——既然无法掌控，那就彻底摧毁。”他身后的齿轮装置开始运转，归墟炸弹的倒计时同步启动。
秦逸迅速用银针解析信号来源，脸色苍白：“信号经过至少十七层加密，根本追踪不到！”林婉握紧因果锚，初代道侣的残片在锚刃中疯狂躁动，她感受到一股熟悉又陌生的力量——那是比归墟更古老、更冰冷的存在。望舒突然抓住她的手腕，少年的基因烙印亮起：“我...能‘看见’那些炸弹的位置。它们被藏在时空的褶皱里，和星孩胚胎的能量频率有共鸣。”
在望舒的指引下，林婉与秦逸带领精英小队穿梭于各个星球。他们发现，每一枚归墟炸弹都连接着一个神秘的“时之锚点”，这些锚点由虚数空间组织用初代道侣的禁术制造，一旦引爆，不仅会摧毁星球，还会撕裂时空，引发连锁反应。在拆除火星的炸弹时，小队遭遇机械守卫伏击，这些守卫的攻击方式融合了林婉与秦逸的战斗特点，显然是通过分析他们的基因数据定制而成。
“这样下去不是办法！”林婉在战斗间隙查阅《混沌医典》，发现对抗时之锚点的关键在于“创造与毁灭的平衡”。她调动星孩善体的治愈之力，秦逸则用银针引动归墟能量，两种极端力量在他们手中化作稳定的调和波，成功关闭第一个锚点。但随着时间推移，他们发现炸弹的启动程序与星孩胚胎产生了更深的绑定——拆除炸弹，胚胎会加速崩解；保留炸弹，整个宇宙将被炸成碎片。
当最后通牒的倒计时进入最后24小时，神秘人再次现身：“做出选择吧，林医生。是牺牲一个胚胎，还是让全宇宙为你们的理想陪葬？”他的话语如毒蛇般渗入每个文明的心中，议会大厅里的争吵声再次响起，甚至有人提议向时之议会投降。林婉看着手中微微发烫的因果锚，突然想起初代道侣在记忆回廊中的遗言：“真正的秩序，从不是强加的规则。”她深吸一口气，做出了一个惊人的决定...