因果回廊崩塌后的第三十日，阿笠博士实验室的空气里依然弥漫着紧张的气息，量子监测设备持续发出轻微的嗡鸣，仿佛宇宙尚未平复的心跳。灰原哀如往常一样专注地调试多维扫描仪，银灰色的发丝随着动作轻轻晃动。突然，仪器爆发出刺目的强光，尖锐的警报声撕裂了实验室的寂静，屏幕上的数据流如同沸腾的岩浆般剧烈翻涌。
全息投影中，一道前所未有的能量波动自宇宙边缘扩散开来。不同于以往威胁的冰冷紫色或黑暗熵能，这次的波动呈现出一种近乎神圣的金色辉光。光芒逐渐凝聚，勾勒出一棵参天巨树的轮廓——树冠如同一顶璀璨的华盖，蔓延至整个银河系，每片树叶都闪烁着无数平行世界的缩影，仿佛将多元宇宙的奥秘都浓缩在这细微之处；根系则深深扎入虚无的混沌，根须间缠绕着星辰与时空的碎片，散发着古老而神秘的气息。
“这是...量子圣树。”灰原哀的声音不自觉地颤抖，她的瞳孔中倒映着巨树的影像，镜片后的眼神充满敬畏与不安。她快速操作着控制台，将图像不断放大，“传说中连接所有维度的世界之树，它的觉醒意味着宇宙正处于最危险的临界点——熵寂之主的残余力量正在侵蚀树的根基。”话音未落，实验室的地板突然裂开细密的纹路，金色与黑色的能量如同两条纠缠的巨蟒从中涌出，在墙壁上交织成古老的符文，符文闪烁着诡异的光芒，仿佛在诉说着宇宙诞生与毁灭的秘密。
现实世界随即被奇异的征兆笼罩。喜马拉雅山脉的雪峰间，一道璀璨的量子光桥凭空浮现，光桥散发着柔和的光芒，却又带着一种令人不敢直视的威严，桥的另一端连接着未知的维度，隐约可见云雾缭绕中神秘的轮廓；南极冰川下传来低沉而厚重的心跳声，如同远古巨兽的苏醒，冰层中封印的远古生物开始量子化苏醒，它们的身体在虚实之间转换，每一次颤动都引发冰川的剧烈震动；而在米花市，这座承载着无数故事的城市，街道上的建筑表面浮现出树状的金色脉络，仿佛整座城市都成为了量子圣树的一部分。行人的影子逐渐化作半透明的量子态，在地面上扭曲、延展，仿佛即将被吸入某个神秘空间。
少年侦探团的通讯频道里，光彦的声音带着兴奋与恐惧：“柯南！我们发现城市地下有巨大的根系在生长，那些根须...好像在吸收所有的记忆！刚才我看到自己小时候的画面从根须里闪过！”元太的惊呼紧接着传来：“而且这些根须还在发光，照得地下室亮堂堂的，但总感觉有点吓人！”步美则带着哭腔说道：“我们会不会被这些根须带走啊...”
柯南的侦探徽章泛起灼热的光芒，徽章表面浮现出树状纹路，仿佛在呼应量子圣树的存在。国际刑警组织传来绝密情报：世界各地的天文台观测到，银河系边缘出现了一片暗紫色的星云，其形态与熵寂之主的能量波动完全一致。星云正以超光速向量子圣树逼近，所过之处，恒星如被掐灭的烛火般熄灭，行星在强大的引力下崩解成宇宙尘埃，时空结构如同破碎的玻璃，扭曲、变形，直至彻底坍塌。
两人没有丝毫犹豫，驾驶着经过量子圣树能量共鸣改造的穿梭舰，向着宇宙边缘进发。穿梭舰启动的瞬间，引擎喷射出金色的量子火焰，划破大气层，直冲云霄。穿越重重维度壁垒时，舷窗外的景象宛如创世神话的再现：无数个宇宙在他们眼前诞生与毁灭，新生的星系散发着耀眼的光芒，如同婴儿的啼哭宣告着希望；而走向终结的宇宙则在黑暗中坍缩，化作虚无。时间化作流淌的液态光，在虚空中蜿蜒，时而加速，时而停滞；空间折叠成克莱因瓶的形状，将他们的穿梭舰包裹其中，仿佛置身于一个无尽的迷宫。
灰原哀的监测仪发出急促的警报声，红色的警示灯不停闪烁。数据显示，圣树的根系正在与熵寂能量激烈对抗，每一根金色的根须都在奋力吞噬黑色的熵能，但树根的末端已开始腐化，黑色的斑点如同瘟疫般蔓延，威胁着圣树的根基。
当穿梭舰抵达量子圣树的核心区域，眼前的景象震撼人心。圣树的树干贯穿所有维度，仿佛是支撑起多元宇宙的脊梁；树冠托起无数个平行世界，那些世界在树叶间闪烁，如同璀璨的宝石；而树根则扎根在一片被称为“终焉之墟”的混沌空间，那里弥漫着浓重的黑暗，不时有闪电划过，照亮空间中漂浮的破碎星辰与扭曲的时空碎片。
熵寂之主的身影在墟中若隐若现，他的身体已与暗紫色星云融为一体，周身散发着令人窒息的压迫感。他伸出由熵能构成的巨大锁链，缠绕在圣树的根部，每一条锁链都闪烁着冰冷的黑色光芒，仿佛要将圣树的生命力彻底扼杀。“愚蠢的蝼蚁，”熵寂之主的声音如同宇宙的终章，冰冷而无情，“量子圣树的力量来自所有平行世界的希望，而我将切断这份希望的源泉。当树倒之时，就是所有现实坠入永恒熵寂的开始。”
随着他的挥手，无数黑色锁链收紧，圣树的金色光芒开始黯淡，树冠上的平行世界出现裂痕，仿佛随时都会破碎。柯南射出量子足球，试图斩断锁链，然而球体在接触熵能锁链的瞬间被分解成量子泡沫，消散在虚空中。灰原哀启动终极版希望方程式，设备表面的晶体迸发出耀眼的光芒，但在熵寂之主的压制下，能量如风中残烛般摇曳，随时可能熄灭。
危急时刻，灰原哀突然感受到圣树传来的共鸣——树的核心处，有一团与母亲量子密钥同源的光芒在闪烁。那光芒虽微弱，却充满了温暖与希望，仿佛是母亲跨越时空的呼唤。与此同时，地球上的“希望灯塔”计划进入最终阶段。全球人类将意识完全同步，从白发苍苍的老人到牙牙学语的孩童，从平凡的上班族到伟大的科学家，所有人都闭上眼睛，将生命中最珍贵的记忆、最坚定的信念，化作金色的意识洪流。这股洪流如同一头苏醒的巨龙，顺着圣树的根系涌入核心。
金色的意识洪流与灰原哀的希望方程式产生了强烈的共振，光芒大放异彩。在意识与熵能的终极对决中，量子圣树的树冠爆发出耀眼的光芒，金色的树叶化作无数希望的种子，带着人类的信念与爱，飞向所有平行世界。圣树的根系开始逆向生长，金色的根须如同利剑，将黑色的熵能锁链一一粉碎。
熵寂之主发出愤怒的咆哮，他的身体在光芒中逐渐崩解，化作无数暗紫色的碎片。但在消散前，他留下了最后的诅咒：“宇宙终将归于熵寂，这是不可逆转的宿命！”随着一声震耳欲聋的轰鸣，终焉之墟开始崩塌，时空在剧烈的震动中扭曲、破碎。量子圣树的根系重新扎根于纯净的混沌，树冠托起新生的平行世界，光芒再次照亮了整个宇宙。
当穿梭舰重返现实，米花市的街道已被金色的量子藤蔓覆盖，每一片叶子都闪烁着希望的光芒。藤蔓缠绕在建筑上，为城市增添了一层梦幻的色彩。行人的脸上洋溢着劫后余生的喜悦，他们的影子恢复了正常，充满了生机。灰原哀检测到宇宙中残留的熵能正在急速消退，但在某个超越维度的黑暗角落，一丝暗紫色的能量仍在蛰伏，如同一只隐藏在暗处的毒蛇，等待着再次出击的机会。
柯南握紧侦探徽章，望向重新焕发生机的天空，眼神坚定而明亮：“只要希望存在，我们就不会停止战斗。无论敌人多么强大，我们都会守护这片来之不易的光明。”而在量子圣树的树冠顶端，一片特殊的叶子中，倒映着黑衣组织首领若隐若现的笑容。那笑容充满了阴谋与恶意，预示着新一轮的危机正在悄然酝酿，等待着柯南、灰原哀和所有守护者去面对。