洪武三十一年（1398年）的冬天，北平（今北京）燕王府，朱棣却仍在书房查看地图。地图上应天府（今南京）的位置，被朱砂笔圈了个刺眼的红圈。
这年夏天，七十一岁的朱元璋在南京皇宫驾崩，遗诏里写着\"皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位\"。朱允炆登基时刚满二十二岁，脸上还带着未脱的稚气，朱棣记得四月朝觐时，这位新皇帝在文华殿召见诸王，特意让侍臣朗读《治安策》里\"削藩以安天下\"的段落。
建文元年（1399年）正月，朱允炆的诏书送到北平，要将燕王府的护军精锐调往广西。朱棣拖着病体（据说当时正患风痹bi，即风湿）登上城楼，看着那些曾随他北伐蒙古的老兵背着行囊走过，有人抬头望见他，偷偷抹了把脸。当晚，王府长史葛诚被密诏召回南京，临行前朱棣握着他的手说：\"我与你同饮北平水二十载，莫负初心。\"可三个月后，从南京逃回的旧部带来消息：葛诚在御前揭发燕王\"阴养死士，图谋不轨\"。
北平城里开始流传奇怪的传闻。有卖菜的老汉说，半夜经过燕王府后墙，听见院里有铁石相击之声，还夹杂着马嘶；药铺掌柜则说，近来王府采购的当归、红花是往常的十倍，像是在囤积治刀伤的药材。这些话传到应天，朱允炆立刻派工部侍郎张昺（bing）、北平都指挥使谢贵前来\"辅佐\"燕王，实则监视。两人到任后，把燕王府周围的客栈都换成了自己的亲信，连卖豆腐脑的摊点都安插了眼线。
朱棣决定演场戏。七月的一天，北平布政司衙门的官吏们正在议事，忽然听说燕王疯了。众人赶到王府，只见朱棣穿着件破烂龙袍，在庭院里抢夺下人手里的西瓜，啃得满脸汁水，还对着太阳大喊：\"天热！我要冰块！\"张昺让人把他扶到书房，刚说要汇报政务，朱棣突然倒在地上抽搐，嘴里吐出白沫。《明史纪事本末》里记载这幕时写：\"王盛夏围炉，呼寒甚，宫中亦杖而行。\"（燕王在盛夏围着火炉，大喊寒冷，在宫里也要拄着拐杖走路）。
可这场戏没能演太久。谢贵在燕王府侍卫里安插的眼线密报，说王爷每天深夜都在密室里与道衍和尚议事。道衍就是姚广孝，这位披着袈裟的谋士据说曾对朱棣说：\"臣奉白帽着王\"（\"王\"字加\"白\"为\"皇\"），此刻正拿着一幅星象图劝他：\"紫微星犯北斗，此乃易主之象。\"八月，朱允炆密令张昺逮捕燕王府官属，谢贵则率卫队包围王府。
八月癸酉日，张昺和谢贵带着三千士兵来到燕王府，说是\"奉旨查验府库\"。朱棣在端礼门设宴招待，席间忽然拍案：\"如今奸臣当道，构陷亲王，你们难道也要助纣为虐？\"话音刚落，埋伏在屏风后的朱能、张玉等人冲了出来，将两人按在地上。朱棣亲自拔剑，剑锋却在张昺颈前停住——这人曾是他麾下的百户，跟着他在漠北砍过蒙古人的脑袋。可想起葛诚的背叛，他还是咬着牙挥了下去。
鲜血溅在\"靖难\"的大旗上，这面旗是道衍连夜让人缝制的，青缎为底，金线绣着\"奉天靖难\"四个大字。朱棣站在王府台阶上，对着聚集的将士们高喊：\"太祖皇帝有训，'朝有奸佞，亲王可以举兵清君侧'！如今齐泰、黄子澄蛊惑皇上，削我手足（指周、湘、代、岷诸王已被废黜），我今日起兵，非为夺权，只为清君侧，复祖制！\"
消息传到南京，朱允炆正在文华殿和方孝孺讨论《周礼》，听到北平失守，手里的玉圭掉在地上摔出个缺口。黄子澄上前道：\"陛下勿忧，臣举荐李景隆为帅，定能平定叛乱。\"这位李景隆是开国功臣李文忠的儿子，长得仪表堂堂，却从没打过仗。朱棣听说朝廷派他来，笑着对诸将说：\"李景隆膏粱子弟，只会纸上谈兵，咱们这下可以睡个安稳觉了。\"
建文元年冬天，李景隆带着五十万大军包围北平，架起云梯攻打张掖门。当时朱棣正在永平（今卢龙）作战，守城主将是他的长子朱高炽。这位后来的洪熙帝身有残疾，走路一瘸一拐，却极有韧性。他让人在城墙上泼水，寒冬腊月里，城墙瞬间冻成冰壳，敌军爬上去就打滑。有天夜里，朱高炽选了三百勇士缒（zhui，用绳子拴住人或物从上往下送）城而下，摸到南军大营放了把火，李景隆吓得从床上跳起来，光着脚跑出中军帐，连靴子都跑丢了一只。
第二年春天，朱棣回师北平，在白沟河与李景隆展开决战。南军的火器营很厉害，火箭像蝗虫一样飞来，燕军的战马吓得连连后退。朱棣亲率精骑冲击，坐骑却被流矢射中，换了三次马，头盔都被砍掉了一角。危急关头，他次子朱高煦带着数千骑兵杀到，这人勇猛得像头豹子，挥着槊（shuo，古代兵器，长矛的一种）大喊：\"父王莫怕，儿来了！\"据说他杀得兴起，连铠甲都脱了，光着膀子在阵中横冲直撞。
这场仗打了三天三夜，白沟河的水都被染红了。南军大败，李景隆骑着快马往南逃，沿途丢弃的粮草器械堆成了山。有个叫马三保的燕军小校，在清理战场时捡到一面南军的帅旗，旗角绣着\"平燕将军\"四个字，他偷偷把旗角撕下来塞进怀里——多年后，他会以郑和的名字名扬四海。而在南京，黄子澄捶着柱子哭：\"臣荐人不当，罪该万死！\"朱允炆却只是呆呆地看着地图，上面燕军的箭头正一点点向南推进。
战争打了两年，燕军虽然胜多负少，却始终没能突破山东防线。济南守将铁铉（xuàn）是个硬骨头，不仅多次击退燕军，还在城头挂出朱元璋的画像，让朱棣投鼠忌器。有次朱棣差点被铁铉的伏兵活捉，只带着三个护卫逃出重围，沿途靠吃野果充饥。道衍和尚在北平为他占卜，说\"直取南京，不必恋战\"，这句话成了战局的转折点。
建文四年（1402年）正月，朱棣绕过济南，率军直扑徐州。四月在灵璧大败南军主力，俘虏了平安等三十七员将领。这些将领大多是朱元璋的旧部，见了朱棣纷纷下跪，有人哭道：\"王爷，咱们都是跟着太祖爷打天下的，何苦自相残杀！\"朱棣扶起他们，解下自己的披风给平安披上：\"弟兄们，我不是要反朝廷，是要清君侧啊！\"
六月初三，燕军抵达浦口，与南军最后的精锐隔江对峙。朱棣望着滔滔江水，想起四年前从北平出发时的情景，那时身边只有八千人，如今已是数十万大军。可他心里清楚，只要过了这江，就再无回头路。当晚，江面上刮起南风，燕军的战船借着风势直冲南岸，南军的水师一触即溃。有个叫王景的小官，本来是奉命来劝降朱棣的，见燕军势大，当场脱下官服换上燕军的铠甲。
六月十三日，燕军兵临南京城下。金川门守将是谷王朱橞（hui）和李景隆，这两人一个是朱棣的弟弟，一个是前南军统帅。李景隆站在城楼上，看着燕军阵列里飘扬的\"靖难\"大旗，忽然让人打开城门。朱棣拍着他的肩膀说：\"李将军识时务，将来必有大用。\"
燕军入城时，百姓们躲在门后偷看，只见这些士兵虽然衣衫破旧，却纪律严明，没人敢抢东西。
皇宫里早已乱作一团。朱允炆在奉天殿来回踱步，齐泰、黄子澄劝他逃往浙江，徐达的儿子徐辉祖则跪在地上请战：\"陛下，臣愿死守宫门！\"片刻后，宫里烧起了大火。火是从坤宁宫烧起来的，据说朱允炆带着皇后和太子，在火海里自焚了。也有人说，他从地道逃了出去，换上僧衣，往云南方向去了。朱棣进城后在灰烬里找到一具烧焦的尸体，分不清男女，只能对着尸体哭道：\"侄儿啊，你怎么就这么想不开！\"
三天后，朱棣在群臣的\"劝进\"下登基，改元永乐。
许多年后，南京城里还流传着关于这场变故的传说。有人说，朱棣进城那天，看见一个穿龙袍的少年从皇宫里跑出来，转眼间就消失在秦淮河的雾气里。还有人说，每年六月十三日，金川门的门轴会自己转动，像是在迎接什么人。
而在山东济南的大明湖畔，铁铉的雕像矗立了数百年。雕像里的将军怒目圆睁，仿佛还在守卫着这座他曾用生命扞卫的城市。当地百姓说，每逢阴雨天，就能听见雕像里传出叹息声，像是在感慨世事无常。
这场持续四年的\"靖难之役\"，让明朝的皇位从朱元璋的长孙传到了四子手里，也让这个王朝的命运拐了个弯。朱棣或许没想到，他当年为了证明自己继位的合法性所做的种种努力——编修《永乐大典》、派遣郑和下西洋、迁都北京——会成为后世铭记的功绩。而那个在大火中消失的朱允炆，则成了明史里一个永远解不开的谜。