万历六年暮春，蕲（qi）州城外，一个穿青布长衫的中年人蹲在田埂上，手里捏着株开紫花的草药，“这是‘紫花地丁’，”他抬头对身边的少年说，“叶子捣烂了能治恶疮。”
这中年人便是李时珍，此时刚过五十，少年是他的小儿子李建元，正捧着个竹编药篓，里面装着刚采的苍术、茯苓，还有几枚带着泥土的何首乌。“爹，您笔记都记了满满三箱子了，还不够吗？”李建元问道。
李时珍笑着摇头：“前朝的《本草》（指《证类本草》）错漏太多啦。就说这地丁，陶弘景（南北朝医药学家）说是‘味苦性寒’，可我试过，其实带点甘味，敷在疮上没那么刺疼。还有那‘葳蕤’，被当成‘黄精’入药，不知害了多少人。”他说着从怀里本厚厚的册子，上面密密麻麻记着草药的形状、气味、药性，连采挖的时辰都标得清清楚楚。
二十年前，那时的李时珍还是楚王府的“奉祠正”（掌管祭祀医药的官员），有天楚王的世子突发急病，上吐下泻，太医们按“中暑”来治，越治越重。李时珍瞧了瞧世子的舌苔，又闻了闻呕吐物，皱眉道：“这不是中暑，是吃了没熟透的河鲜，染上了‘湿毒’。”他开了方子，用紫苏叶配生姜煎汤，世子喝了两剂就好了。
可楚王却说他“妄议太医”，把他打发到太医院当差。这倒给了李时珍机会——太医院的藏书楼里，藏着历代的医药典籍，从《神农本草经》到唐代的《新修本草》，满满当当的书架直抵屋顶。他在那里待了三年，把几千种药材的记载抄了个遍，越抄越心惊：“原来好多药材的名字都弄混了，比如‘南星’和‘虎掌’本是一种，却被当成两种；‘百合’的根能入药，却被写成‘花有毒’。”
有天夜里，他翻到宋代《本草图经》里记载“穿山甲能水陆两栖，食蚁如牛”，第二天就托人从山里弄来只穿山甲，养在院里的缸里。他蹲在缸边看了三天，发现这东西根本不会游泳，吃蚂蚁全靠舌头舔，哪像书上说的“如牛饮水”？气得他在册子上批了四个大字：“着书者臆断！”
也就是那天，他打定主意要重修《本草》。“不能让错误一代代传下去。”他辞了太医院的差事，背着药篓就出了北京城。妻子吴氏连夜给他缝了件耐磨的麻布衣裳，连声嘱咐：“路上小心，分不清的草药别乱尝。”她知道丈夫的脾气——为了辨明“曼陀罗”的药性，他曾让徒弟们各服少许，自己则亲尝三倍剂量，结果头晕目眩，昏睡了一天一夜，醒来后赶紧记下：“曼陀罗花，相传此花笑采酿酒饮，令人笑；舞采酿酒饮，令人舞。予尝试之，饮后昏昏如醉，诸事不省，可见前人所言非虚，然其毒烈，不可轻用。”这段记载后来原原本本写进了《本草纲目》。
他这一走就是十年，足迹踏遍了大江南北。在武当山，他跟着采药人爬上悬崖，采到了传说中的“七叶一枝花”，那药能治蛇毒，当地人说“七叶一枝花，深山是我家，毒蛇见了我，绕道又搬家”。李时珍趴在崖边，仔细画下叶子的形状，连花瓣上的纹路都没放过，还让采药人演示怎么用它敷蛇咬伤，记在册子上：“凡被蛇伤，取根捣汁敷之，立愈。”
在庐山，他遇到个老和尚，用“何首乌”延年益寿，八十多岁还能挑水劈柴。老和尚告诉他，何首乌要选“赤白各半，形如鸟兽状”的，九蒸九晒后吃才有效。李时珍不信邪，专门挖了不同形态的何首乌，分别蒸煮试验，发现确实“赤者补阴，白者补阳”，并非像有些医书说的“单一药效”。他还在寺里见到一种叫“忍冬”的藤，冬天不落叶，老和尚用它的花（金银花）治好了许多风寒病人，李时珍便记下：“忍冬花，又名金银花，甘寒无毒，治一切风湿气，及诸肿毒、痈疽（yong ju）疥癣（jiè xuǎn）。”
李时珍在岭南的时候听说有种叫“钩吻”的毒草，长得像金银花，常被人误采。为了分清两者，他冒着生命危险，先让兔子尝了钩吻，兔子没多久就抽搐而死；再让兔子尝金银花，兔子却安然无恙。他在册子上画了两幅对比图，特意注明：“钩吻叶尖而光，金银花叶圆而有毛，不可不辨。”
李时珍不光采草药，还格外留意民间的偏方。在浙江水乡，渔民告诉他，“海马”不是马，是鱼，用它泡酒能治肾虚；在北方草原，牧民教他用“狼毒”根杀虫，说“此药虽毒，埋在粮囤里，老鼠闻了就跑”；甚至在市井街坊，他也蹲在剃头匠旁边，看他们用“皂角”洗头，记下药性：“皂角去垢，胜于肥皂，洗头沐面，能润肌肤。”
十年后回到蕲州，李时珍带回的不只是满满二十箱药草标本和笔记，还有一脑子的故事。他把自己关在“濒湖草堂”里，开始整理这些材料。书案上堆着小山似的书稿，旁边放着个砂锅，时不时熬点草药验证药性。有次他试“巴豆”的泻下作用，吃了半粒就拉得站不住，李建元吓得要去请大夫，他却摆手：“记下来，巴豆‘辛热有毒，半粒即可致泻，过量则伤人’。”
编写到第七年，家里的钱快花光了。原来的积蓄都买了药草、请了抄书先生，连吴氏的嫁妆都当了。有天夜里，李时珍对着油灯叹气，李建元忽然说：“爹，我来抄吧，我认识字。”于是父子俩一个写，一个抄，常常到鸡叫才睡。吴氏则每天早上煮一锅稀粥，把药篓里剩下的山药、莲子加进去，笑着说：“咱们吃的都是‘本草’，强身健体。”
万历十八年，他带着书稿去南京拜访王世贞（明代文学家），这位文坛领袖翻看了几卷，拍着桌子叫好：“这部书‘博而不繁，详而有要’（广博而不繁杂，详细而有要点），简直是医家的《史记》！就叫《本草纲目》，再合适不过！”王世贞还专门写了篇序言，说读这部书“如入金谷之园，种色夺目；如登龙君之宫，宝藏悉陈”（像进入金谷园，各种花木鲜艳夺目；像登上龙王宫殿，宝藏全部陈列出来）。
可书稿写成了，刻印又成了难题。这么大部头的书，雕版就要几百块，没有书商敢接手。李时珍只好带着书稿四处奔波，直到万历二十一年，才在南京找到一家叫“胡承龙”的书坊，老板也是个懂医的，看了书稿说：“这是积德的事，我赔本也刻！”
万历二十四年，《本草纲目》初刻本终于问世，一共五十二卷，记载了一千八百九十二种药物，附了一千一百六十幅插图，还有一万一千零九十六个药方。书里不光有草药，连金石、鸟兽、昆虫都有记载，比如“铜绿”能治“恶疮顽癣”，“蜂蜜”能“益气补中”，甚至“人的头发”（血余）也能入药，说“煅成灰，能止血”。
可惜李时珍没能看到书的广泛流传。万历二十五年，他病逝在濒湖草堂，临终前还握着李建元的手说：“把书献给朝廷，或许能救更多人。”后来李建元真的把书献给了万历皇帝，皇帝看了说“善哉，此济世之书也”，下令太医院刊行。
没过几年，这本书就传到了国外。朝鲜的医官用它来修订本国的《东医宝鉴》，日本的学者把它翻译成日文，欧洲的传教士带回去，达尔文在《物种起源》里还引用过它对“鸡的变种”的记载。直到今天，在蕲州的李时珍纪念馆里，还能看到那本泛黄的初刻本。