德川幕府的败局已经无法挽回，这一点德川赖宣、井伊直孝、酒井忠清、真田信之等人都心知肚明。他们深知继续抵抗下去只会带来更多的灾难和损失，于是决定跳过年轻的小将军德川家纲，主动寻求与明军的接触。
六月二十日，德川赖宣等人派遣使者前往信浓，与刚刚占领该地区的明军主将尚可喜会面。这是双方就德川幕府向大明帝国臣服事宜进行的首次接触，对于双方来说都具有重要意义。
尚可喜是一位性格耿直的将领，他并没有过多的废话，而是直接拿出了战前朱由校下达的最后一封旨意。这封旨意的内容非常简单明了：德川幕府必须无条件投降，德川家的直系、旁系乃至远亲都必须全部切腹自尽，全国各藩藩主则要彻底交出兵权，并携带家眷前往京都，向征东将军府投降。
这样苛刻的条件，无疑是对德川幕府的一种严厉惩罚，几乎没有人能够接受。德川赖宣原本还抱着一线希望，希望通过祈求投降来保住自己和家族的性命，但看到如此苛刻的条件后，他彻底断绝了投降的念头。
七月初一，第十集团军、第十一集团军、第十三集团军在郭平安、加藤忠广、竹田茂的率领下，攻入了越后国。除了新发田藩沟口家这样的外样藩直接举藩投降，其余的如村上藩内藤家、长冈藩牧野家、高田藩松平家等谱代藩都在明军优势兵力的迅猛攻势之下，都没能坚守超过五日，便全部被攻灭。
同月，上野国和甲斐两国在明军的猛烈攻击下，防线崩溃，最终被明军成功攻克。这一胜利使得明军士气大振，乘胜追击，继续向其他地区推进。
八月初，大明帝国数十万大军如汹涌的洪水般涌入武藏国，势不可挡。他们迅速攻占了武藏国的多个重要据点，给当地的守军带来了巨大的压力。
八月末，明军的攻势愈发猛烈，相模和下野两国也相继被明军攻占。这一系列的胜利让明军的战线不断向前延伸，对幕府的最后防线构成了严重威胁。
九月末，常陆成为了明军的下一个目标。经过一番激烈的战斗，明军成功攻占了常陆，而常陆水户藩德川赖房为代表的德川家族的命运则异常悲惨。从上到下，无论是藩主还是普通士兵，都被明军杀得一个不剩，彻底消灭了这一支势力。
十月中旬，上总、下总、安房等国也纷纷落入了大明帝国的手中。至此，除了北部地区的出羽、陆奥以及江户城所在的武藏之外，日本的其他领土全部被明军占领。
经过长达七十余日的艰苦战斗，明军终于在十月中旬完成了对孤城江户城的包围。江户城四面受敌，且每日都要遭受明军陆军的猛烈炮火轰击，城内的守军和百姓们生活在水深火热之中。
由于长期的围困和粮食短缺，江户城内开始出现了人吃人的惨状。人们为了生存，不得不采取极端手段，这种绝望的场景让人不忍直视。
在十一月初这个寒冷的时节，江户城突然陷入了一片混乱之中。真田信之、真田信政和真田信重这父子三人，竟然煽动了城中数万百姓，发动了一场大规模的一揆。
与此同时，刚刚抵达江户城外的大明帝国征东大将军卢象升，眼见城内局势失控，当机立断地下达命令，让五十万明军展开最后的猛攻。这场被后世史书称为“江户之冬”的战役，就这样正式拉开了帷幕。
江户城，这座从庆长十一年（公元1606年）便开始大规模建造的城市，历经了近半个世纪的建设，终于在宽永十三年（公元1636年）完工。它东西长约5.5公里，南北宽约4公里，四周环绕着内壕和外壕，外壕周长约16公里，形成了一道坚固的防线。
江户城不仅有城廓两重，而且内廓的总面积达到了惊人的264万平方米。城内的建筑气势恢宏，有高耸的望楼20座，宽阔的城门36个，还有本丸、二之丸、三之丸、西之丸等宏伟的宫殿。
整座城池宛如被护城河环绕的孤岛一般，被紧紧地围困其中。城中屯兵三十万之众，其中最为精锐的当属将军亲卫三万、赤备骑兵五千以及火枪兵两万。此外，还有三十余万民众生活于此。
自八月初明军如狂风骤雨般攻入武藏地区以来，德川赖宣当机立断，下达了将军令，将数个郡内所有能够利用的物资全部紧急运往江户城。然而，尽管如此，数十万军民的巨大消耗仍然如同一头凶猛的巨兽，无情地吞噬着好不容易聚拢起来的物资。短短数月间，江户城便已陷入了内无粮草、外无援兵的绝境，成为了一座名副其实的孤城。
十一月初，在真田父子的鼓动下，以及城内百姓因饥饿而不得不易子而食的惨状刺激下，一场惊天动地的一揆终于爆发了。令人意想不到的是，大约有六万余江户本地的守军竟然也纷纷加入了反叛者的行列，这无疑给本就摇摇欲坠的德川家带来了沉重的一击。
十一月初八，局势愈发失控，越来越多的守军如决堤的洪水一般，源源不断地涌入反叛者的阵营。城外的明军见状，立刻抓住这千载难逢的良机，迅速展开了新一轮凶猛的攻势。
城外外壕、内壕都很快在守军的配合下落入了明军手中。
十一月初十，十余万城中军民与幕府军展开了激烈的死战，顿时城中血流成河。
士气低落的守军，很快便丢失了外城廓。
胜利在望的明军自然不会给守军一个喘息的机会。
十二日，数十万明军攻入内城廓，但凡还站立的日本人全部被明军列入了必杀名单。
城廓内，幕府军、起义军、明军三方这是一顿乱杀。很快，真田父子找到大将军卢象升并向其投降之后，残余的四万多起义军便成了最好的带路党，他们带领着明军挨家挨户的搜索躲起来的幕府军以及将领。
杀戮还在持续。
到十六日清晨，躲入内城的幕府军残军大势已去，最终守军打开了内城的平川门、半藏门。
明军蜂拥而入，一片面积超大的空地上，井伊直孝率领着赤备骑兵五千余骑，就这样孤零零的列阵于前。
不肯投降的他最终对进入内城的明军发动了决死冲锋。
明军仆从军在付出了两万余人的代价下，终于全歼了这股骑兵。
十七日，二丸、三丸失守。十八日，德川家光的遗孀鹰司孝子，抱着年仅六岁的末代将军德川家纲，以及四岁的德川纲重、两岁的德川纲吉以及十岁的长女德川千代姬自焚于天守阁。
自此，仅存在了四十七年的德川幕府正式灭亡。