蜀地有座瓦屋山，山高林密，云雾缭绕。山中多奇花异草，也藏着不少精怪传说。当地采药人皆知，林深处有个“迷魂凼”，进去容易出来难，故而寻常人不敢深入。
李三勺是山外小镇上的厨子，本名李实，因做菜总爱精准放三勺秘制酱料而得名。他年过三十，相貌平平，却有一手好厨艺，在小镇开了间“三勺饭铺”，生意不温不火。这年春天，老母病重，大夫说需瓦屋山深处的“七叶还魂草”做药引方能治愈。李三勺是个孝子，二话不说便背上药篓进了山。
深山老林果然不是好闯的，李三勺转了三天，草没找到，反倒误入了迷魂凼。正焦急时，忽闻一阵细微呜咽声。循声找去，见一只小兽被捕兽夹夹住后腿，鲜血淋漓。那小兽模样奇特：通体碧绿，大耳圆眼，鼻似樱桃，正泪汪汪地望着他。
李三勺心软，虽不识此兽，仍小心掰开兽夹，取出随身金疮药为它止血包扎。小兽似通人性，蹭了蹭他的手心，一瘸一拐消失在林深处。
当晚，李三勺露宿山洞。梦中见那小兽前来，口吐人言：“恩公救我，无以为报。我乃味蕾精，特赠味蕾石一枚。此石能尝万物本味，助您知食中真谛。”说罢吐出一颗莹白如玉的小石子，仅指甲盖大小。
李三勺醒来，以为南柯一梦，不料手中真攥着那枚石子。更奇的是，他当即发现不远处就有株七叶还魂草。
回镇后，老母服药病愈。李三勺想起味蕾石，试着一舔，顿时目瞪口呆——普普通通的白水竟尝出清甜层次，一块糙饼吃出了麦香本真。他恍然大悟：这石子真能品出食物最原始的味道！
于是李三勺开始用味蕾石创新菜肴。他发觉镇东老王家的豆腐其实豆香最浓，便专去那里买来做“鸡汁豆腐”，实则半滴鸡油未加，全靠火候与豆腐本味，食客却都说吃出了鸡汤鲜味。他又发现刘婶种的青菜自带清甜，便简单清炒，竟比肉还受欢迎。
最绝的是他做的“开水白菜”。看似一碗清汤中浮着几片白菜，实则用味蕾石品出山中野菌、春笋、野芹等十二种鲜物本味，精心调配熬汤，滤得清澈见底，却鲜得让人舌根发颤。这道菜一出，三勺饭铺名声大噪，连百里外的富商都慕名而来。
人红是非多。镇上最大酒楼“醉仙楼”的老板钱万贯盯上了李三勺。这钱老板五十多岁，胖得流油，唯利是图。他派人打探，得知李三勺有件“宝物”，便欲重金购买。李三勺婉拒：“不是甚么宝物，只是祖传的调味石罢了。”
钱万贯不死心，暗中观察，发现李三勺每做菜前必用一白色小石尝味，断定那就是宝物。一日深夜，他雇了两个毛贼潜入饭铺偷窃。李三勺被惊醒，与贼人扭打间，味蕾石不慎落地，裂为两半。
贼人只抢走一半石子逃之夭夭。李三勺捧着半颗味蕾石，心凉了半截。一试，仅能尝出食物缺点，再品不出完整本味了。
钱万贯得了半颗石子，如获至宝。可他无论怎么试，都只能尝出食材瑕疵：肉有腥、鱼有泥、米有陈味...搞得他厨子都不会做菜了。醉仙楼菜品越改越差，生意一落千丈。钱万贯怒极，认定需要完整石子才行，于是又生毒计。
时值知府大人巡访小镇，钱万贯重金贿赂师爷，诬告李三勺用妖术惑人。知府下令拘捕李三勺，要他交出“妖石”。
公堂上，李三勺百口莫辩。正当知府要动刑时，门外忽然传来阵阵异香。众人望去，见一群乡民捧着各色菜肴涌入衙门，领头的竟是李三勺的老母。
“大人明鉴！”老母跪禀，“我儿不是妖人。他用的不是妖石，是善心换来的福报啊！”于是将儿子救小兽得石之事娓娓道来。
此时，堂外百姓纷纷开口： “大人，三勺师傅用那石子帮俺尝出井水有问题，让俺们挖了新井，再也不拉肚子了！” “他帮俺找出地里最适合种啥菜，今年收成好着呢！” “他教俺怎么存粮不坏，俺家娃今年没饿过肚子...”
原来李三勺不仅用味蕾石做菜，还帮乡邻解决了许多难题。
知府听得惊疑不定，命人取来那半颗石子。刚入手，忽见一只碧绿小兽窜入公堂，冲石子叫唤不止。在众人惊愕目光下，小兽吐出一颗同样大小的石子，与那半颗味蕾石合二为一，完好如初！
“是味蕾精！”李三勺惊呼。
小兽竟口吐人言：“大人明察，味蕾石乃天地灵物，唯心怀善念者能发挥其效。心术不正者，只得其反！”说罢跃上公案，直视钱万贯：“你强取豪夺，只能尝世间瑕疵；而他，”它指向李三勺，“以善心待人，故能品万物本真。”
知府大惊，知遇异事，不敢妄断。令钱万贯退还石子，重打四十大板，醉仙楼罚银三百两赈济贫民。
经此一事，李三勺恍然大悟：原来最好的味道不在山珍海味，而在人心善恶。他当堂将味蕾石还给小兽：“这宝物该回归山林了。”
小兽却摇头：“你已得至味真谛，石留无益。”化作青烟散去，石仍留在案上。
李三勺回饭铺后，手艺不减反增。虽无石相助，但他多年研习，早已深谙调味之道。更重要的是，他悟出了“至味”的真谛——那不是技巧，不是奇珍，而是做菜人的心意与食客的情感交融。
后来，三勺饭铺成了百年老店，传承五代而不衰。那枚味蕾石被供在店堂中央，旁书八字： “至味在人间，何须问神仙？”
瓦屋山的迷魂凼依旧让人迷路，但采药人偶尔会在林间见到一只碧绿小兽，引领迷途者找到回家的路。有人说，那兽身边总跟着个拿锅铲的虚影，仿佛在林中寻找最新鲜的食材。
而镇上孩子都学会了一首童谣： “瓦屋山，高又高，里面有只味蕾妖。不偷金银不害命，只取饭菜香味道。你若好心帮助它，它赠石子报恩情。尝出世间真味道，至味不在舌尖绕，在人心中慢慢熬...”
这大抵便是味蕾精与厨子故事的最终结局——最好的滋味，永远来自用心。