当日帮源洞中，但见尸骸堆积如山，鲜血汇流成河。经清点，斩杀方腊蛮兵二万余众，断肢残躯随处可见，血腥之气弥漫数里不散。童贯端坐马上，冷眼扫视战场，随即传令道：“举火焚宫！寸瓦不留！”那些官兵得令，四处纵火。霎时间，烈焰腾空，黑烟蔽日，龙楼凤阁在火中轰然倒塌，内苑深宫化为焦土，珠轩翠屋尽成灰烬。宋江与众头领立于高处，默默看着这场大火。待火势稍缓，宋江传令全军撤至洞口安营扎寨，立下寨栅，严加防守。唯独贼首方腊尚未擒获，宋江与童贯商议后，传下将令：命军士沿山搜捕，又张贴告示晓谕乡民，凡有拿获方腊者，奏闻朝廷，封官赐爵；知情首告者，即时重赏。然而官军与贼军交战多时，双方皆已杀红了眼。那些从贼洞中逃出的妇女，有的衣裳不整，有的竟赤裸着身子，不堪受辱，纷纷在林中自缢。山谷之间，树上悬挂的尸身比比皆是。宋江与众将巡视至此，无不唏嘘叹息。武松愤然道：“早知童贯军马如此残暴，当初就该杀了！”宋江急忙制止，命军士好生收殓埋葬，挖坑掩埋，又在坟前插上木牌为记。众军士见状，多有垂泪者。那边童贯却在帐中与王禀、赵谭饮酒庆功，对军中暴行不闻不问。赵谭谄笑道：“枢相神机妙算，此番剿匪大获全胜，回朝必得重赏。”童贯捋须微笑，忽然问道：“那宋江近日在做什么？”王禀如实禀报：“宋江正在命人收殓死难百姓。”童贯冷笑道：“收买人心！”赵谭立即附和：“这宋江处处与枢相作对，其心可诛！”王禀欲言又止，终是低头饮酒不语。
却说那南国伪主方腊，自帮源洞山顶仓皇逃命，其状甚为狼狈，龙袍被荆棘勾扯得七零八落，与丧家之犬无二。他一路跌跌撞撞，时而绊倒于树根，时而滑落于溪涧，浑身上下尽是泥污血痕。方腊边逃边将身上赭黄龙袍扯下，胡乱抛于道旁枯枝之上，又摘下金花幞头，任其滚落山涧，更将脚上朝靴踢飞，换作随身携带的草履麻鞋。这方腊腹中饥火中烧，喉间干渴似焚，却不敢稍作停留。他强撑精神，连夜翻越五座险峰。那边厢，童贯帐下小将韩世忠，正率兵搜山，这韩世忠生得虎体熊腰，惯使一杆丈二长枪，有万夫不当之勇。忽见前方灌木丛无风自动，当即勒马喝道：“何人鬼鬼祟祟？”话音未落，便见一人影自林间窜出，韩世忠目光如电，立时认出正是方腊，当即拍马挺枪，厉声喝道：“反贼方腊休走！吃我一枪！”方腊闻声魂飞魄散，慌不择路钻入一处乱石嶙峋的险径。韩世忠催马急追，怎奈那山径曲折如肠，两旁古木参天，枝桠交错，战马难以通行。他急得猛抽马鞭，那马吃痛，险些将他掀下鞍来，待稳住马匹，方腊早已不见踪影。韩世忠只得下马，拨开荆棘仔细搜寻。但见地上草叶间偶有血迹，石上残留麻鞋印痕，却始终不见方腊身影。韩世忠恨恨地将长枪插在地上，怒道：“这厮端的狡猾！竟如泥鳅入土，转眼不见！”遂令亲兵四下散开，继续搜寻。那方腊躲在石缝之中，听得韩世忠怒骂之声渐远，这才敢探头张望。他抹了把脸上血汗，暗自庆幸：“天不亡我！”
那方腊侥幸摆脱韩世忠追捕，已是精疲力竭，腹中饥火焚烧，喉间干渴难忍，步履蹒跚如醉汉。行至一处幽深山凹，忽见岩壁之下嵌着个茅草庵堂，檐角低垂，柴门虚掩，门前青石板上还留着未干的水渍，显是有人居住。方腊暗喜，心道：“皇天不负苦心人，此处定可讨得些饭食果腹。”他整了整破烂衣衫，正要上前叩门，忽听得松树后传来一声佛号：“阿弥陀佛！”只见一个胖大和尚自树后转出，生得面圆耳大，鼻直口方，身长八尺，腰阔十围，手中提着六十二斤水磨禅杖。那和尚不待方腊开口，圆睁怪眼，喝道：“好个贼厮鸟，洒家等候多时了！”话音未落，禅杖横扫而来。方腊慌忙闪避，却被禅杖扫中肩头，顿时如断线风筝般摔出丈余，跌在雪地里动弹不得。和尚大步上前，自腰间解下一条粗麻绳，将方腊捆得似粽子一般，边捆边道：“你这厮害得洒家好找！”你道这和尚是谁？正是梁山泊好汉花和尚鲁智深。当下鲁智深提着方腊后领，如拎小鸡般拖入草庵。那草庵虽简陋，却收拾得齐整，正中供着尊弥勒佛像，佛前香炉青烟袅袅，墙角堆着柴薪，灶上铁锅尚有余温。鲁智深将方腊掷于地上，自顾自掀开锅盖，但见半锅粟米饭尚温，又取出些腌菜，盛了满满两大碗。他先递一碗与方腊，粗声道：“便是死囚也要做个饱死鬼！”方腊战战兢兢接过，也顾不得体面，狼吞虎咽起来。鲁智深见状大笑，自己亦端起一碗，就着腌菜大嚼。饭毕，鲁智深抹了抹嘴，忽然拍案道：“好教你这反王知晓，洒家在此候你多日了！洒家是宋公明帐下花和尚鲁智深！”方腊闻言大惊，鲁智深提起禅杖，在方腊面前晃了晃：“吃饱喝足，该上路了！”方腊面如土色，正待求饶，忽听庵外人喊马嘶。鲁智深咧嘴一笑：“来得正好！”一把提起方腊往外便走。
鲁智深拖着方腊刚踏出柴门，那方腊口中犹自叫骂不休，忽然林间闪出一员小将，手持丈二长枪，正是韩世忠率兵搜山至此。韩世忠见一个胖大和尚提着方腊，惊得勒马后退三步，长枪一指，厉声喝道：“那和尚是何方神圣，怎敢擅自擒拿朝廷钦犯？”鲁智深将方腊重重掷于地上，震得积雪飞溅。他拍了拍僧袍，大笑道：“洒家乃梁山泊花和尚鲁智深，现随宋公明哥哥征讨方腊。这厮自投罗网，撞到俺草庵里来讨饭吃，被俺一禅杖打翻捆了。”声若洪钟，惊得林中飞鸟四散。
韩世忠闻言，急忙滚鞍下马，抱拳施礼道：“原来是鲁大师！末将韩世忠，奉童枢密将令搜捕方腊。大师神威，末将佩服。”鲁智深上前扶起韩世忠，正色道：“此功劳合该归你。洒家早存归隐山林之志，不求富贵，你且拿去报功。”说着将方腊往前一踢。韩世忠连连摆手道：“不可不可！大师神威，某岂敢掠美？”二人正推让间，忽听山道上马蹄声急。只见一队人马飞奔而来，当先一条大汉，虽缺一臂，却威风凛凛，正是行者武松带着五六个小校前来接应。武松跳下马来，见二人争执，问道：“师兄，何事喧哗？”鲁智深指着方腊道：“武兄弟来得正好，这贼首方腊被俺拿住，俺却要让功与这韩世忠将军，他追方腊到此，却被洒家擒住。”韩世忠忙道：“原来是武都头，兄长明鉴，韩某无功焉敢受禄？”武松叹道：“师兄高义，然此乃天大功劳，不可轻让。”三人遂立草庵前叙话。
鲁智深将六十二斤水磨禅杖重重杵地，沉声道：“今日这事，须得听洒家主张！”韩世忠急忙拱手：“大师擒获贼首，此乃不世之功，末将岂敢僭越？”鲁智深大手一挥：“且听洒家细说缘由！”遂将前事娓娓道来：“洒家自在乌龙岭上万松林里厮杀，追赶那夏侯成入深山去，吃洒家一杖结果了性命。一时贪战贼兵，直赶入乱山深处。转辗寻路时，在琳琅山遇个白须老僧，将洒家引到此处茅庵。那老僧嘱付道：柴米菜蔬俱备，只在此间等候。若见个长大汉从松林深处来，便捉住他。”鲁智深灌了口酒，抹须续道：“夜来望见山前火起，红光冲天，洒家坐庵中看了一夜。今早天光微明，正见这贼爬过山来，俺便一禅杖打翻，就捉来绑缚！”韩世忠听得目瞪口呆，武松却抚掌叹道：“师兄洪福，天赐奇功。”韩世忠亦拜服：“圣僧指引，果有神助。”鲁智深却将禅杖一横：“这功劳洒家不要！”指着武松空袖，“武兄弟失了一臂，合该受此功！”又拍韩世忠肩甲，“小将军追剿辛苦，也该分功！”三人争论不休，韩世忠忽提议道：“不若这般，就说末将追剿方腊至草庵，武都头断臂埋伏。”鲁智深哈哈大笑：“正合洒家心意！”武松还要推辞，鲁智深已提起禅杖道：“今日划地为誓！这功劳就是武兄弟的！”月上山巅时，三人终于议定：功记韩世忠追赶、武松擒获。
宋江见众军士押得方腊前来，喜不自胜，急步向前问道：“武都头，这厮如何被擒？”武松叉手答道：“小弟伏于草庵多时，待其不备，一跃而出，遂擒此贼。”韩世忠亦上前禀道：“末将韩世忠，童枢密帐下，领兵追赶，将方腊驱入埋伏之处。”后世人言方腊被擒之事，众说纷纭。有言韩将军奋勇追擒者，有言武都头独臂擒拿者，亦有言鲁提辖独力生擒者。此皆因当日三人互相推让，不肯居功之故。韩世忠道：“若非武都头埋伏，贼首岂能就擒？”武松则曰：“若无韩将军驱赶，小弟安能得手？”鲁智深更是摆手道：“洒家不过凑个热闹，功劳都是他二人的。”次日，天色微明，鲁智深披着袈裟，手提禅杖，大踏步走入宋江营帐。宋江正与众将议事，见鲁智深到来，连忙起身相迎，执其手道：“如今方腊已擒，我等不日将班师回京。待面见天子，奏明大师功劳，朝廷必当重赏。大师何不趁此机会还俗为官？若得个一官半职，在东京城里安家立业，娶妻荫子，光耀门楣，也好报答父母养育之恩。” 鲁智深闻言，摇头道：“洒家这颗心早已如死灰槁木，哪里还图什么功名利禄？但求寻个清净去处，了此残生，便是造化了。” 宋江见他不肯，又劝道：“大师若执意不肯还俗，小弟亦不强求。只是大师立此大功，朝廷必有封赏。不如请旨住持京师名刹，做个一寺之主，弘扬佛法，显耀宗门，亦不负父母生养之恩。” 鲁智深听罢，浓眉倒竖，高声叫道：“洒家什么都不要！金银财帛、名位权势，皆是虚妄。只要这副皮囊囫囵入土，便是天大的福分！”宋江见他心意坚决，只得默然不语，心中却暗自不乐。当下命人清点本部将佐，打造陷车，将方腊囚禁其中，准备押解进京。三军整顿完毕，宋江传令启程，率领众将离开帮源洞清溪县，径回睦州而去。
童枢密在睦州城中大会诸将，都督刘光世按剑立于左首，张招讨扶案端坐右侧，从、耿二参谋手持簿册侍立两旁。忽闻小校来报：“宋先锋已擒得方腊，正押解来州。”张招讨闻言大喜，急令大开城门，亲率众官出迎。只见宋江引卢俊义并一干头领，风尘仆仆而至。宋江当先跪禀道：“末将等赖朝廷洪福，托招讨虎威，幸不辱命。”张招讨双手扶起，不由叹道：“将军自征辽以来，转战南北，先平田虎，再灭王庆，今又擒获方腊，其间折损多少兄弟，本帅尽知。”宋江却道：“想当年梁山聚义，一百单八位兄弟何等快活。如今十停去了七停，叫宋江有何颜面回见山东父老？”言未毕，已是哽咽难言。旁立吴用、关胜等将，亦皆低头掩面。张招讨道：“宋先锋何出此言？岂不闻生死有命，富贵在天？又道是有福之人送无福之人。今将军立此不世之功，朝廷必有重赏。他日衣锦还乡，封妻荫子，方不负众兄弟舍命相随之意。”童枢密道：“宋将军且放宽心，待回朝复命，少不得加官进爵。”宋江这才收泪拜谢，转身号令众将整顿军马。张招讨又命人在中军帐设宴，为众将庆功，席间但闻觥筹交错，众官纷纷向宋江道贺。
次日，童枢密端坐中军帐内，将令旗重重拍在案上，沉声道：“传本帅军令，生擒贼众除方腊解京问斩外，余者尽数押赴睦州市曹正法！”正午，市曹刑场四周早已围满百姓，但见那贼囚一个个面如土色，被按跪在青石板上。监斩官高呼行刑之声未落，鬼头刀寒光闪过，血溅五步，观者无不拍手称快。衢州、婺州等处残存贼官，闻得方腊被擒，有的连夜收拾细软逃往深山，更有那识时务的，自缚双手来至睦州城下，跪地高呼：“罪臣愿降！”张招讨亲自出城受降，温言道：“既肯归顺，便是我大宋良民。”遂命人取来花名册，一一登记在案。童枢密又命书吏撰写安民榜文，遣快马分送各州县。榜文上书：“凡随从贼众，未曾杀伤人命者，准其自首免罪，各还本业。”不数日，各处百姓扶老携幼而归，官府按册发还田产。只见那新收复的睦州、歙州城内，商铺重开，酒旗高挂；清溪、帮源等地，农夫荷锄于野，渔夫撒网于溪，端的是一派太平景象。各处关隘要道，俱已派官军把守，日夜巡视，保境安民。
且说宋江在睦州营中，每念及阵亡众将，便觉心如刀绞。这日夜深人静，独坐帐中，望着壁上悬挂的众兄弟画像，不由得潸然泪下。次日清晨，便唤来军师吴用商议道：“众兄弟随我出生入死，今日太平，不可不超度亡魂。”吴用颔首道：“哥哥所言极是，当设罗天大醮，以慰英灵。”宋江遂于睦州城内择一清净宫观，高悬七丈长幡，设下三百六十处醮坛。请来四十九位高功法师，昼夜诵经。但见那主坛上供奉“阵亡将士长生禄位”，左右排列一百单八盏明灯，每日三次击鼓鸣钟，众将轮流上香祭拜。醮事方毕，宋江又命人备办三牲祭礼，率吴用、卢俊义等众将，亲至乌龙神庙祭奠。庙前早已打扫洁净，摆开全猪全羊，宋江亲手焚香，跪拜祝祷道：“感蒙大王护佑，使我等得胜回朝。今备薄礼，伏惟尚飨！”众将依次上香，但见香烟缭绕，直上九霄。回营后，宋江命人将阵亡将士尸骨，有亲属者送归故里，无亲者就地安葬。每至一处坟茔，必亲奠三杯水酒，含泪道：“兄弟慢行，他日泉下再会。”安葬已毕，便与卢俊义整点军马，随张招讨班师。临行前，令裴宣将众将功劳细细登记，造册进呈。又命神行太保戴宗先行赴京递送表章。但见三军将士，收拾行装，陆续启程。旌旗招展处，正是归京路途。
宋江升坐中军帐，令军校点燃一百单八盏明灯，却见大半灯座空悬无主。他取出一卷镶金边花名册，手指抚过那些朱笔勾画的名字，喉头滚动数下，方才开言：“今日点将，现存者听令！”帐下众将按刀而立，鸦雀无声。“现存将佐共计三十六员。”宋江深吸一口气，开始唱名：“呼保义宋江、玉麒麟卢俊义、智多星吴用、大刀关胜、豹子头林冲、双鞭呼延灼、小李广花荣、小旋风柴进、扑天雕李应、美髯公朱仝、花和尚鲁智深、行者武松、神行太保戴宗、黑旋风李逵、混江龙李俊、活阎罗阮小七、浪子燕青、神机军师朱武、镇三山黄信、病尉迟孙立、混世魔王樊瑞、轰天雷凌振、铁面孔目裴宣、摩云金翅欧鹏、火眼狻猊邓飞、锦豹子杨林、出洞蛟童威、翻江蜃童猛、鬼脸儿杜兴、铁扇子宋清、铁臂膊蔡福、一枝花蔡庆、小尉迟孙新、母大虫顾大嫂、鼓上蚤时迁。外有河北降将拔山力士唐斌。”每念一个名字，便有一将抱拳应一声“在”。念至最后，宋江停顿片刻，补充道：“青面兽杨志、船火儿张横尚在病中，留在苏州、杭州。”帐中烛火摇曳，映照着众将或带伤病或憔悴的面容。吴用见宋江神色黯然，上前劝道：“哥哥且宽心，众兄弟在天之灵，必佑我等平安回京。”宋江默然点头，将花名册郑重卷起，收入怀中。
次日清晨，三军整装待发，宋江披挂整齐，正待上马，忽见一队官兵押着囚车缓缓而来。那囚车用碗口粗的铁栅制成，四角挂着铜铃，车轮碾过青石板，发出刺耳的声响。囚车中锁着的正是方腊，只见他蓬头垢面，却仍昂首挺胸。方腊一眼瞥见宋江，突然放声大笑：“宋公明！好一个替天行道的及时雨！”宋江勒马驻足，沉声道：“方腊，你祸乱江南，今日伏法，还有何话说？”方腊将铁链晃得哗啦作响，冷笑道：“你以为擒了我便是功臣？可笑！赵家老儿昏庸无能，何曾真心待你？不过是要你梁山好汉，与我这江南反贼两败俱伤罢了！”他猛地扑到栅栏前，眼中射出凶光：“宋江，你且记住，今日我这般模样，便是你来日的下场！”李逵闻言大怒，抡起板斧就要劈砍囚车：“直娘贼！死到临头还敢胡言！”宋江急忙喝止：“铁牛住手！”转头对方腊道：“宋某一心报效朝廷，问心无愧。你且安心上路，莫要再逞口舌之利。”方腊仰天长笑，笑声凄厉：“好个问心无愧！待鸟尽弓藏之日，莫要后悔！”说罢，竟自盘腿坐下，闭目不语。宋江面色阴晴不定，吴用在旁低声道：“哥哥不必理会这疯言疯语。”宋江挥手叫军士押解囚车先行。待囚车远去，卢俊义策马近前：“兄长，此人妖言惑众，不必放在心上。”宋江勉强笑道：“贤弟说的是。”随即传令三军启程。军至杭州城外，张招讨早已遣人相迎。因张招讨军马驻在城中，宋江便命大军屯驻六和塔下，众将暂歇六和寺。