公元26年的春天正月，天象发生了日食。
就在这个时候，刘恭看出赤眉军肯定会失败，于是就偷偷教弟弟刘盆子把皇帝的玉玺绶带给还回去，还让他练习推辞当皇帝的话。到了大年初一，大家聚会的时候，刘恭就开口说：“大家拥立我弟弟当皇帝，这份恩情我们兄弟无以为报！但是我弟弟当皇帝都快一年了，天下却越来越乱，这样下去肯定干不成大事，恐怕还会白白送了性命，所以我想让弟弟辞去皇帝，当个普通的老百姓，大家不如另选一位有本事的人当皇帝，希望大家好好考虑考虑！”听罢，樊崇等人就赶紧道歉说：“这都是我们的错呀。”刘恭又坚持要让弟弟退位，这时有人就说：“这事轮得着你宁式侯管吗？”刘恭被吓得赶紧起身离开了。
紧接着，刘盆子就从座位上下来，他先是解下玉玺绶带，然后一边磕头一边说：“现在虽然有了皇帝，但大家还是像土匪一样烧杀抢掠，因此天下人都怨恨我们，也不再信任我们了，这都是因为皇帝没选好。现在我想回家当老百姓，把位置让给有本事的人去当！要是非得杀我来抵罪，我也没地方躲！”说完就哭得停不下来。樊崇和在场的几百人看了，都特别的同情他，全都离开座位磕头说：“都是我们不好，辜负了陛下！从现在起，我们再也不敢胡作非为了！”然后大家就一起抱住刘盆子，重新给他戴上了玉玺绶带，刘盆子又哭又叫的不愿意，可他也没办法。等散会后，大家就都回到营寨里，不再出去捣乱了。看到赤眉军如此听话，长安周边的人都夸赞皇帝聪明，老百姓都争着回长安，城里一下子又热闹了起来。可才过了二十多天，他们又出营抢劫，变得和以前一样。
这个时候，刁子都被他的手下杀死了，他的残部和其他贼寇在檀乡汇合，叫檀乡贼，他们到处在魏郡、清河一带抢劫。而魏郡大官李熊的弟弟李陆，想当内应把檀乡贼引进来。有人就把这事告诉了魏郡太守铫期，铫期把李熊叫来问话，李熊赶忙磕头认罪，说愿意和老母亲一起死。可是铫期却说：“要是当贼比当官开心，你就带着老母亲去找你弟弟吧！”还派人把他送出了城。随后，李熊就找到李陆，并带他到邺城西门，李陆觉得太羞愧，就自杀谢罪了。铫期听闻这个消息，就叹了口气，最后按礼节安葬了他，同时还恢复了李熊的官职。这下，魏郡的人都特别佩服铫期。就在铫期处理完李陆的事情后，刘秀就派吴汉带着王梁等九个将军，在邺城东边的漳水边去攻打檀乡贼，并把他们打得大败，剩下的十多万残兵败将都投降了。刘秀又派王梁和杜茂去安抚魏郡、清河、东郡的百姓，并把这些地方的贼窝都端了，这三个郡总算是太平了，而且交通也畅通了。
到了庚辰那天，刘秀就给所有有功的大臣封了侯，还给梁侯邓禹、广平侯吴汉都封了四个县的地盘。博士丁恭却反对说：“以前封诸侯，地盘都不会超过百里，这是为了让朝廷强大，地方弱小，好管理国家。现在给他们一下封四个县，这不符合规矩。”刘秀说：“以前国家灭亡，都是因为皇帝无道，从没听说过功臣地盘大就亡国的。”阴乡侯阴识是阴贵人的哥哥，因为立了军功，本来该给他增加封地的，他却磕头推辞说：“如今天下刚刚安定，立战功的将军那么多，我要是因为和宫里沾亲带故就增加封地，这实在不能给天下人做榜样，这不就成了亲戚受赏，其他人却要靠立功才能得好处吗。”刘秀听了觉得有道理，就同意了。
这时刘秀就让将军们自己挑想要的封地，大家都选好地方，只有河南太守丁綝想要自己老家那块地。有人问他为啥，他说：“我本事小、功劳少，能有个小地方就知足了！”刘秀就随了他的心愿，封他为新安乡侯。刘秀让郎中冯勤负责给诸侯分地盘，冯勤根据每个人功劳的大小，封地离京城远近，土地肥沃还是贫瘠，安排得那是明明白白，大家都挺满意。刘秀觉得他特别能干，后来就把很多尚书的事都交给他管。这在以前，尚书郎都是从干得久的令史里选择，从这时候开始，皇帝就开始用孝廉来当尚书郎了。
最后，刘秀下令在洛阳建了高庙，又按春夏秋冬祭祀汉高祖刘邦、汉文帝刘恒、汉武帝刘彻；在宗庙右边建了祭祀土地和五谷的社稷坛；在城南建了祭天的祭坛。
这时，长安城里已经没粮食吃了，赤眉军就把能抢的宝贝都抢走，然后一把大火烧了宫殿和集市，还到处杀人抢劫，把长安祸害得没人敢待了。抢劫完之后，他们就带着号称百万的大军往西走，一路上从南山开始，只要见城就抢，一直打到安定和北地。这边邓禹带着军队南下来到长安，他把军队驻扎在昆明池，还专门去拜祭了高庙，又把西汉十一位皇帝的牌位收集起来，派人送到洛阳；完了又去巡查各个皇陵，并安排官员和士兵进行守护。
这时的真定王刘杨就瞎编了一句预言说：“‘赤九’之后，长瘿瘤的刘杨当老大。”刘杨脖子上长了个大瘤子，他就想用这话来忽悠人，还和绵曼的贼寇勾结在一起。看他这么调皮，刘秀就派骑都尉陈副和游击将军邓隆前去收拾他，结果刘杨把城门一关，不让他们进城。没办法，刘秀又派前将军耿纯带着符节去幽州和冀州，表面上是去慰问王侯，实际上却秘密下令让他抓住刘杨。耿纯到了真定后，就住在驿馆，并邀请刘杨见面。因为耿纯也是真定刘家的人，所以刘杨并没起疑心，而且他觉得自己兵多势众，再加上耿纯的态度也很温和，就带着随从去了，然后他又安排他的几个兄弟带着轻装骑兵守在门外。等刘杨进去后，耿纯先是客客气气的接待他，还把他兄弟也叫了进来，然后就突然关上门，以迅雷不及掩耳之势把刘杨兄弟几个全杀了，杀完人后，耿纯就带兵走了。这可把真定的人都给吓傻了，一时间都没人敢乱动。刘秀觉得刘杨谋反的事儿还没闹大就被杀了，实在有点可怜，就封了他儿子当新的真定王。
到了二月，刘秀就去了修武溜达。
而鲍永和冯衍在确定更始帝死了以后，就开始给更始帝办丧事，还把之前抓起来的储大伯这些人都放了，又上交了官印，还把自己的军队都解散了，头上戴着头巾就去了河内。刘秀见到鲍永后，就问他：“你的手下都哪去了？”鲍永离开座位磕头说：“我给更始帝办事，却没保住他，心里觉得特别愧疚，所以就把军队解散了。”刘秀嘴上说“你做得对”，其实心里很不高兴。后来鲍永因为立了功被重用，冯衍却一直没得到任用。鲍永就劝冯衍说：“当年汉高祖刘邦赦免了季布的罪过，却杀了立过功的丁固；现在咱们遇到了英明的皇帝，你还担心啥！”可冯衍却说：“以前有个人去撩拨邻居家的媳妇，年纪大的那个把他骂了一顿，年轻的那个却回应了他。后来她们丈夫死了，这人就娶了年纪大的那个。有人就问他：‘这媳妇不是骂过你吗，你为什么还娶她？’他说：‘她是别人媳妇的时候，我希望她回应我；当他成了我媳妇时，我就希望她拒绝别人！’老天爷的心思不好猜，但做人的道理却很清楚，坚守道义的臣子，还怕死吗！”
大司空王梁老是不听刘秀的命令，这可把刘秀惹得极为恼火，于是就派尚书宗广拿着符节到军队里去杀王梁；结果宗广只是把王梁关进囚车，然后押回了京城。等到了京城后，刘秀又赦免了他，还让他当了中郎将，去镇守箕关。
壬子这天，刘秀就让太中大夫、京兆人宋弘当上了大司空。随后，宋弘就给刘秀推荐了沛国的桓谭，而桓谭直接被任命为议郎、给事中。这时刘秀让桓谭弹琴，他很喜欢他弹出的那种复杂多变、华丽悦耳的曲调。宋弘听说后，心里就很不高兴。等桓谭从宫里出来后，宋弘就穿着正式的朝服坐在府上，然后派人把桓谭叫过来。桓谭到了之后，宋弘却不让他坐下，而是对他一顿批评，还说：“你是打算自己改正，还是非要我按律法举报你？”这把桓谭吓得赶紧磕头认错，过了好一会儿，宋弘才让他走。
后来，刘秀召集大臣们聚会时，又让桓谭弹琴来活跃气氛。桓谭一看到宋弘在场，弹琴时就紧张得没了平时的水准。刘秀觉得很奇怪，就问他是怎么回事，这时宋弘离开座位，摘下帽子谢罪说：“陛下，我推荐桓谭，是希望他能用忠正的道理引导陛下。可他却让陛下沉迷于低俗的音乐当中，这是我的过错呀。”刘秀听了也赶紧认错。
这时的湖阳公主刚刚守寡，刘秀就和她聊朝廷里的大臣，想看看她看上了谁。公主说：“宋弘的风度、品德和才能，大臣里没人能比得上。”刘秀说：“这我得想想办法才行。”后来刘秀就召见宋弘，刘秀则让湖阳公主躲在屏风后面，然后问宋弘：“俗话说‘人一富贵就换朋友，一有钱就换老婆’，这是人之常情吧？”宋弘说：“我只听说过，贫穷卑贱时结交的朋友不能忘，一起共患难的妻子不能抛弃。”听到他这么说，刘秀回头就跟公主说：“这事办不成了！”
刘秀当初讨伐王郎的时候，彭宠不仅派精锐骑兵帮忙打仗，还不断的运送粮食。等刘秀追击铜马军到了蓟地，彭宠就觉得自己功劳大，就盼着能得到丰厚的回报。可刘秀给的待遇没达到他的预期，他心里就特别不爽。等到刘秀登基后，吴汉、王梁等人都当上了三公，而彭宠却啥封赏都没有，这就让他更郁闷了，还抱怨说：“照这么说的话，我也该封王啊！难道陛下把我忘了？”当时北方各州都被战乱破坏得不成样子，只有渔阳还算完好，而且渔阳有以前的铁官，彭宠靠做生意，也攒下了不少粮食和财宝，日子倒是越过越富足。
幽州牧朱浮年轻有才，他想整顿社会风气，拉拢人才，就把州里有名望的人和王莽时期俸禄二千石的旧官吏都召到自己幕府里，还从各郡仓库拿粮食供养这些人的家眷。彭宠觉得天下还没安定，战事不断，所以不应该养这么多的官员来浪费资源，所以就就不听朱浮的安排。朱浮这人脾气急躁又很自负，而彭宠却很倔强，这就导致两人的矛盾越来越深。朱浮还多次诬陷彭宠，有时秘密上奏说彭宠囤积粮草，恐怕有不轨的企图。刘秀还故意把这些消息透露给彭宠，想吓唬吓唬他。
后来，刘秀就下诏书召彭宠进京，彭宠上奏说希望能和朱浮一起被召见，但是刘秀没同意，彭宠心里就更犯嘀咕了。他老婆性格强势，受不了被人这么欺负，就劝他别去，还说：“如今天下还没平定，到处都有人称王称霸。咱们渔阳是大郡，又拥有精良的兵马，干嘛要因为别人的诬告就离开这儿！”彭宠又找来亲信商量，大家都很讨厌朱浮，却没人劝他进京。看到他迟迟不动身，刘秀就派彭宠的侄子子后兰卿去劝他，结果彭宠就把侄子给扣下了，直接起兵造反了。随后，他就任命了将领，还亲自带着两万多人去蓟地攻打朱浮。而彭宠觉得自己和耿况都立过大功，却都没得到多少赏赐，就多次派人去拉拢耿况，可耿况根本不搭理他，还把他派去的使者给杀了。
就在彭宠起兵的时候，延岑又造反了，他直接派兵把南郑包围了起来。然后就去攻打汉中王刘嘉，很快延岑就占领了汉中，接着又向武都进军，结果被更始帝的柱功侯李宝给打败了，最后逃到了天水。公孙述又派将领侯丹拿下了南郑。而刘嘉则开始收拢那些逃散的士兵，很快就聚集了几万人，他又让李宝当丞相，然后从武都出兵向南去攻打侯丹，但是没打下来，就退到了河池、下辨，在这里又和延岑打了一仗，延岑没打过，就向北撤退，一直进了散关，最后到了陈仓，刘嘉追上去又把他打败了。这时，公孙述又派将军任满从阆中出兵前往江州，向东又占据了扞关，这下公孙述就完全控制住益州地区了。
三月，刘秀宣布大赦天下。
那时候，更始帝手下还有不少大将在南方，不肯向刘秀投降。有一回，刘秀把将领们召集起来商量军事，一边用檄文敲着地一边问：“郾城的敌军实力最强，然后就是宛城，谁愿意去攻打？”贾复马上站出来说：“我请求去攻打郾城！”刘秀就笑着说：“有执金吾贾复去攻打郾城，我还担心啥呢！大司马就去攻打宛城吧。”于是刘秀就派贾复去攻打郾城，很快就把郾城攻破了，守将尹尊投降。贾复又向东进军，攻打更始帝的淮阳太守暴汜，暴汜也投降了。
这年四月，虎牙大将军盖延带着驸马都尉马武等四位将军去攻打刘永，结果把刘永打得落花流水，然后把他围困在了睢阳。就在这时，原来更始帝的将领苏茂造反了，他杀了淮阳太守潘蹇，又占据了广乐，随后就向刘永称臣。刘永封苏茂为大司马、淮阳王。
吴汉率军去攻打宛城，宛王刘赐则带着更始帝的老婆孩子跑到洛阳向刘秀投降，刘秀就封刘赐为慎侯。这时，刘秀的叔父刘良、族父刘歙、族兄刘祉也都从长安赶来投奔。甲午那天，刘秀就封刘良为广阳王，刘祉为城阳王；还封了自己哥哥刘演的儿子刘章为太原王，刘兴为鲁王；更始帝的三个儿子刘求、刘歆、刘鲤也都被封为列侯。
就在刘秀把自家儿子侄子封了王之后，邓王王常也来投降了，刘秀见了别提有多高兴了，还说：“我见到王廷尉，南方就不用担心啦！”随后就任命王常为左曹，封他为山桑侯。
五月，刘秀又封族父刘歙为泗水王。
刘秀觉得阴贵人性格宽厚仁慈，就想立她当皇后。但阴贵人考虑到郭贵人已经有了儿子，说啥都不肯接受。到了六月，刘秀只好立郭贵人为皇后，立郭贵人的儿子刘强为皇太子，还下令大赦天下。
到了丙午日，刘秀又封泗水王刘歙的儿子刘终为淄川王。
秋天的时候，贾复就向南进军，前去攻打召陵、新息，很快就把这两个地方打下来了。后来，贾复手下的一个将领在颍川杀了人，颍川太守寇恂就把这人抓起来关进了监狱。当时国家刚刚建立，军队里犯法的人大多都被从轻处理，可寇恂却直接把这人拉到集市上砍了头。可贾复觉得这事儿太丢脸了，等他回军路过颍川的时候，就对手下说：“我和寇恂都是朝廷大将，他却故意让我难堪，今天要是见到他，我非得亲手宰了他不可！”
寇恂听说了贾复的打算，就不想和他碰面。寇恂的侄子谷崇却说：“我是武将，可以带剑在您身边保护您，要是贾复敢动手，我能对付他。”寇恂却说：“不行，当年蔺相如连秦王都不怕，却对廉颇一再忍让，那是为了国家大局。”于是，寇恂就让颍川下属各县准备了丰盛的酒菜，贾复的军队要是进入颍川境内，那么每个士兵就能得到双份食物。寇恂出城去迎接贾复，可是刚见了面就借口生病回去了。贾复本想带兵去追寇恂，可手下将士们吃好喝好都喝醉了，就只能作罢。
随后，寇恂就派谷崇把这件事报告给刘秀，刘秀马上就召见寇恂。等寇恂到了之后，就去见刘秀，当时贾复也在。贾复一看寇恂来了，就想起身躲开。可是刘秀却说：“现在天下还没有完全平定，你们俩可不能像两只老虎一样私下争斗！今天我来给你们调解。”在刘秀的调和下，两人并排而坐，聊得特别开心，最后还同坐一辆车出宫，成了好朋友才分开。
到了八月，刘秀就亲自率兵前去征讨五校。丙辰日，刘秀大军就到了内黄，然后在羛阳大败五校，又降服了五万人。
就在刘秀大军取得胜利的时候，他又派游击将军邓隆去帮朱浮攻打彭宠。邓隆把军队驻扎在潞南，朱浮的军队在雍奴，两人派使者向刘秀汇报情况。刘秀看完报告后，就气得不行，就对使者说：“这两军相隔百里，怎么互相支援？等你回去，邓隆的军队肯定已经败了！”果然，彭宠派轻装部队突袭邓隆，把邓隆打得大败，朱浮因为离得太远，根本来不及救援。
而盖延在把睢阳围了好几个月后，终于是打下来了。刘永兵败后就逃到了虞地，虞地的人倒戈，杀了他的老妈和老婆。刘永又带着几十个手下逃到了谯地。这时，苏茂、佼强、周建带着三万多人来救刘永，盖延在沛西跟他们打了一仗，结果把他们打得落花流水。刘永、佼强、周建就逃到了湖陵，苏茂逃回了广乐，盖延则趁机平定了沛、楚、临淮这些地方。
这时刘秀就派太中大夫伏隆带着符节出使青州和徐州，劝各郡国投降。青州和徐州的盗贼听说刘永完蛋了，直接被吓得够呛，纷纷表示愿意投降。张步就派手下孙昱跟着伏隆到朝廷上书，还献上了鳆鱼。伏隆是伏湛的儿子。
就在青州和徐州投降的时候，堵乡人董欣又在宛城造反了，他还把南阳太守刘驎给抓了。随后，扬化将军坚镡又去攻打宛城，等宛城打下来后，董欣又逃回了堵乡。
这边董欣刚被打败，吴汉却干了件让人意想不到的事。他在南阳各地巡查的时候，走到哪儿都要干一些抢劫施暴的事儿。等破虏将军邓奉请假回到新野老家后，一看吴汉把自己家乡抢得不成样子了，顿时就是火冒三丈，直接出兵打败了吴汉的军队，然后在淯阳驻扎下来，还和其他盗贼勾结在一起，你说吴汉干的这是什么事？
本年九月，陕地的盗贼苏况打下了弘农，刘秀就派景丹前去征讨，结果景丹突然去世，这可整尴尬了。随后刘秀就派征虏将军祭遵接着去打弘农、柏华、蛮中的盗贼，最终把这些地方都平定了。
这时的赤眉军想往西去陇地，隗嚣就派将军杨广前去迎击，结果把他们打得落花流水，还在乌氏、泾阳之间追着打。等赤眉军走到阳城番须中时，恰好碰上大雪天，山谷全被雪填满了，好多士兵都冻死了。他们只好往回走，路上还挖开各种陵墓，把里面的宝贝都抢走了。那些用玉匣装殓的尸体大多保存得挺好，盗贼们甚至还侮辱了吕后的尸体。这时邓禹又派兵在郁夷攻打赤眉军，结果没打赢，就只好退到云阳。随后，赤眉军又进了长安。此时的延岑把军队驻扎在杜陵，赤眉军将领逢安就去攻打他。邓禹则趁着逢安的精锐部队在外的时候，带兵去偷袭长安，结果遇到谢禄赶来支援，邓禹只好败退。而延岑反过来攻打逢安，把赤眉军打得那是惨不忍睹，死了十多万人。赤眉军在这边吃了败仗后，廖湛就带着十八万赤眉军前去攻打汉中王刘嘉，刘嘉在谷口迎战，又把赤眉军打得大败，刘嘉还亲手杀死了廖湛，然后跑到云阳去找吃的。刘嘉妻子的哥哥来歙是新野人，也是刘秀的姑表兄弟。所以刘秀就让邓禹劝刘嘉投降，刘嘉则是通过来歙向邓禹投降了。但是刘嘉的手下李宝态度太傲慢，直接被邓禹给杀了。做人还是低调谦逊一点的好，不然会给自己或者家人带来大麻烦的。
到了十一月，刘秀就任命廷尉岑彭为征南大将军。在一次大会上，刘秀指着王常对大臣们说：“王常带着下江的将领们辅佐汉室，忠心耿耿，真是大忠臣！”当天就任命王常为汉忠将军，让他和岑彭带着建义大将军朱祜等七位将军去打邓奉和董欣。岑彭他们先攻打堵乡的董欣，邓奉赶来救援董欣。结果朱祜的军队吃了败仗，朱祜自己也被邓奉给俘虏了。
就在这时，铜马、青犊、尤来这些残余盗贼一起拥立孙登当皇帝。结果孙登的部将乐玄杀了孙登，带着五万多人投降了。
自从冯愔叛变后，邓禹的威望那是大不如前，又加上军队缺粮，还打了好几次败仗，那些原来归附他的人也慢慢散了。这时的赤眉军和延岑在三辅地区到处作乱，郡县的那些大家族各自拥兵自保，邓禹根本管不过来。看到这种情况，刘秀就派偏将军冯异代替邓禹去平乱，还亲自把冯异送到河南，并叮嘱他说：“三辅地区经历了王莽、更始帝的混乱，又遭到了赤眉军和延岑的祸害，老百姓日子苦得那是没法说。你这次去讨伐乱党，要是有敌人投降，就把他们的头领送到京城来；把普通百姓遣散回家种地；还要把他们的营寨拆了，别让他们再聚到一块儿。我们打仗不是为了抢地盘、屠城，关键是要平定叛乱、安抚百姓。那些将领不是不会打仗，就是太爱抢劫。你向来擅长管理军队，一定要管好手下，别再让郡县的百姓遭殃了！”冯异磕头领命，随后就带兵西进，他每到一处都树立起了威信，很多盗贼都投降了。
司马光说：以前周人歌颂周武王的德行说：“铺陈时政，思考安定。”意思是王者的军队，目的是展示威德、安抚百姓。看看刘秀平定关中的做法，就是这个道理，这多好啊！
此外，刘秀还下诏把邓禹召回来，说：“千万别和走投无路的敌人硬拼！赤眉军没吃的了，肯定会向东撤退。咱们以饱待饥、以逸待劳，收拾他们易如反掌，这事儿不用你们操心，别再轻易出兵了！”
刘秀又任命伏隆为光禄大夫，让他再去见张步，封张步为东莱太守，还让他和新任命的青州牧、郡守、都尉一起向东出发，还允许伏隆自行任命县令、县长以下的官员。
到了十二月，刘秀就下诏恢复那些被王莽废除封国的汉室宗亲列侯的地位。
这个时候，三辅地区却闹起了大饥荒，又出现了人吃人的景象，导致城里空荡荡的，田野里全是白骨。而那些侥幸活下来的百姓只能聚在一起建造营寨，同时坚壁清野。赤眉军抢不到东西，只好向东撤退，这时他们还有二十多万人，不过一路上人越走越少。刘秀就派破奸将军侯进等人在新安驻扎，建威大将军耿弇等人在宜阳驻扎，拦住赤眉军的退路，还下令给将领们说：“要是贼军向东撤，宜阳的军队就去新安会合；要是贼军向南撤，新安的军队就去宜阳会合。”冯异在华阴和赤眉军碰上了，双方对峙了六十多天，打了几十仗，最后冯异收降了五千多赤眉军。