沈琅被移回乾清宫后，太医们连夜施针配药，直至次日清晨，他的呼吸才逐渐平稳，却仍未苏醒。萧怜儿守在床边，一夜未合眼，眼下的青黑清晰可见，却依旧强撑着精神，有条不紊地安排诸事。
她先是命人将赵才人“赐死”的消息低调传开，只对外宣称其“侍疾不当，惊扰圣驾”，既震慑了后宫嫔妃，又避免了“皇帝因禁药晕倒”的丑闻外泄。随后，她传召内务府总管，严令各宫加强管控，禁止任何嫔妃以“探病”为由靠近乾清宫，同时将宫中所有涉及“驻颜”“助兴”的药材、补品悉数封存，防止再出纰漏。
朝堂之上，谢危按照萧怜儿的嘱托，联合几位心腹大臣，以“陛下偶感风寒，需静养调理”为由，暂时代批日常奏折。对于涉及军事、边境的重要事宜，则由谢危整理后，每日入宫向萧怜儿禀报，再由二人商议后定下处置方案，确保朝政不陷入停滞。
可没过两日，被禁足长乐宫的薛姝便听闻了沈琅病危的消息。她虽被严密看守，却仍通过之前收买的小太监，暗中向外传递消息，试图联络薛家势力，想趁乱夺权——她知道，若沈琅驾崩，太子沈瑾年幼，唯有掌控朝政，才能保全自己。
这日午后，谢危入宫禀报边境事宜时，特意带来了一封密信：“娘娘，薛远在京郊集结，似有异动，且暗中联络了几位对陛下不满的宗室王爷，恐想借‘国无长君’为由，干预储君之事。”
“谢大人，此事需快刀斩乱麻。你即刻调派京营精锐，暗中监视薛远与宗室王爷的动向，若他们敢有实质行动，直接拿下，不必请示。另外，传本宫旨意，让太子太傅每日入宫，教导太子熟悉朝政礼仪，对外则宣称‘陛下有意让太子提前接触国事，为将来铺路’，断了旁人觊觎之心。”
谢危领命离去后，萧怜儿走到沈琅床边，轻轻握住他冰凉的手，低声道：“陛下，你放心，我定会守住你的江山，护住瑾儿，等你醒来。”话音刚落，沈琅的手指竟微微动了一下，虽未睁眼，却让萧怜儿心中燃起了一丝希望。
与此同时，太医院院判也带来了好消息：“娘娘，陛下体内的毒素已逐渐排出，今日脉象虽仍虚弱，却比昨日平稳了许多，臣估摸着，三日内或许便能苏醒。”
薛远三天前就收到薛姝和薛太后传递的“沈琅病危、后宫动荡”消息后，认为夺权时机已到。他迅速集结京郊私兵与暗中勾结的官员势力，以“清君侧，诛妖妃”为幌子，谎称萧怜儿“勾结外臣、意图挟幼主掌政”，于次日凌晨率领数千人马围攻皇宫，将宫门团团围住，喊杀声震彻宫墙。
宫内守卫虽奋力抵抗，但薛远兵力占优，宫门西侧的防御逐渐吃紧，形势危急。此时，萧怜儿早已按之前部署，命人将秘密研发的二十杆火铳运至宫门城楼，又调派训练过火器的禁军精锐操控。她亲自登上城楼，望着城下叫嚣的薛远，面色沉静，高声喝道：“薛远！陛下尚在静养，你却私聚兵力、围攻皇宫，分明是谋逆叛乱！今日若肯束手就擒，本宫尚可饶你薛家亲眷不死，否则，休怪本宫无情！”
薛远以为宫中只有刀枪弓箭，根本不惧，大笑道：“妖妃休要虚张声势！今日我若不拿下你，誓不为人！兄弟们，冲！拿下皇宫，赏银万两！”说罢，便下令士兵架梯攻城。
就在攻城梯即将搭上城楼之际，萧怜儿一声令下：“开火！”二十杆火铳同时轰鸣，铅弹呼啸着射向城下叛军。火铳威力远超弓箭，前排叛军瞬间倒下一片，后续士兵见状惊恐不已，攻城之势顿时停滞。薛远也被这从未见过的武器震慑，一时愣在原地。
萧怜儿抓住时机，又命人将预先准备好的滚石、热油从城楼抛下，同时让禁军在城楼上高呼：“薛远谋逆，罪该万死！降者免罪，顽抗者格杀勿论！”叛军本就多是被胁迫而来，见火铳威力骇人，又听闻降者免罪，纷纷扔下兵器投降。
薛远见大势已去，想要策马逃跑，却被禁军将领盯上，几个回合下来，便被挑落马下，当场被俘。
薛远被俘后，萧怜儿即刻命人将其打入天牢，同时传旨彻查薛家残余势力与参与谋逆的宗室官员。谢危按照部署，率领京营精锐逐一搜捕涉案人员，短短半日便将所有主谋抓获，未让一人漏网。
处置完叛乱事宜，萧怜儿第一时间前往天牢提审薛远。面对铁证，薛远仍试图狡辩，声称自己是“受薛姝与薛太后蛊惑，一时糊涂”。萧怜儿冷笑一声，命人呈上薛姝暗中传递消息的密信与小太监的供词：“你薛家野心昭然若揭，从觊觎后位到谋逆夺权，桩桩件件皆是死罪。如今证据确凿，再狡辩也无济于事。”薛远见状，终于瘫软在地，再也无话可说。
薛远谋反被擒后，张遮即刻提审所有涉案人员，连夜整理出薛家数十年间贪腐军饷、勾结外敌、暗中培养私兵及此次谋逆的完整罪证，附上人证口供与书信凭证，于次日清晨呈交至朝堂。
朝会之上，张遮当众宣读罪证，将薛家“借军需之名克扣粮草、私通大月贵族换取利益、意图趁皇帝病危夺权”等桩桩恶行公之于众。文武百官听闻后无不震怒，纷纷上奏请求严惩薛家，以正国法。沈琅虽刚苏醒不久，仍强撑病体亲赴朝堂，看着案前堆积如山的罪证，面色冷厉，当庭下旨：
薛远犯谋逆、贪腐、通敌三罪，判凌迟处死，于三日后午时行刑，以儆效尤；
薛家直系男丁流放璜州苦寒之地，永世不得回京；旁系亲属剥夺所有官职爵位，贬为庶民，迁至边境垦荒；
3. 薛太后纵容家族谋逆，失却太后本分，废黜其太后封号，遣回皇陵守墓，终身不得离开，非死不得出皇陵半步。
旨意宣读完毕，满朝文武无一人反对。薛远被押赴刑场那日，百姓纷纷围在街道两侧，对其唾骂不止，可见薛家早已失尽民心。
而被囚禁在长乐宫的薛姝，得知家族覆灭的消息后，彻底崩溃。她挣脱禁军束缚，疯癫般冲向乾清宫，却在宫门外被拦下。见沈琅的銮驾经过，她死死抓住车辕，哭喊着求饶：“陛下！臣妾知错了！当年臣妾父亲曾助您登基，您怎能如此绝情？求您看在往日情分上，饶臣妾一命！”
沈琅掀开车帘，眼神里没有半分波澜，只冷冷道：““朕与你从未有过‘情分’，你薛家利用这份‘情分’谋夺江山、残害忠良时，怎没想过今日？你设计害朕、挑拨后宫、助薛远谋逆，你薛家所做之事，桩桩件件皆是死罪。朕若饶你，何以面对天下百姓，何以告慰被薛家迫害的忠臣？”
薛姝见求饶无望，竟转而破口大骂，言语极尽恶毒。沈琅不愿再与她纠缠，命人将其拖回长乐宫，随后传下旨意：“薛姝罪大恶极，赐骨醉之刑，让她在痛苦中偿还所有罪孽。”
行刑当日，长乐宫传出凄厉的惨叫，而后彻底归于沉寂。随着薛姝伏法，盘踞大乾朝堂与后宫数十年的薛家势力，终于被彻底清除。