起屠维作噩（己酉年），尽上章阉茂（庚戌年），共二年。 安皇帝庚 义熙五年（己酉年，公元409年）
1春季，正月，庚寅朔日（初一），南燕主慕容超举行朝会，会见群臣，感叹宫廷乐队不完备，（胡三省注：义熙三年，慕容超向后秦进献宫廷歌舞艺人，所以感叹不完备。）商议掠夺晋朝百姓来补充歌舞艺人。领军将军韩说：“先帝因为旧都沦陷，在三齐（指今山东地区）收敛锋芒。（胡三省注：中山陷落，慕容德放弃邺城，保守滑台；不久又失去滑台，于是向东夺取齐地并占据那里。事情都见前面的记载。）陛下不安抚士人，让百姓休养生息，以等待北魏的可乘之机，恢复祖先的功业，却反而侵犯掠夺南方的邻国，来与敌人结怨，这样可以吗！”慕容超说：“我的计划已经确定，不和你多说。”（胡三省注：史书说慕容超刚愎自用，拒绝劝谏，招致敌寇而灭亡。）
2辛卯日（初二），晋朝大赦天下。
3庚戌日（二十一日），任命刘毅为卫将军、开府仪同三司。刘毅喜爱人才，当世的名流没有不聚集到他身边的，只有扬州主簿、吴郡人张邵不去。有人问他，张邵说：“主公（指刘裕）是当代的杰出人才，何必多问！”（胡三省注：刘裕兼任扬州刺史，所以称他为主公。）
4后秦王姚兴派遣他的弟弟平北将军姚冲、征虏将军狄伯支等人率领四万骑兵，进攻夏王刘勃勃。姚冲到达岭北（今陕西礼泉以北），谋划返回袭击长安，狄伯支不服从，姚冲才停止，于是用毒酒杀死狄伯支灭口。
5后秦王姚兴派遣使者，以隆重的礼节任命谯纵为大都督、相国、蜀王，加授九锡，允许他秉承皇帝旨意封官拜爵，完全按照帝王的礼仪。
6二月，南燕将领慕容兴宗、斛谷提、公孙归等人率领骑兵侵犯宿豫（今江苏宿迁，晋朝设置宿豫郡及宿豫县，唐代因避代宗李豫讳改为宿迁县），攻下了宿豫，大肆抢掠后离去，挑选二千五百名男女交给宫廷乐队训练。公孙归是公孙五楼的哥哥。这时，公孙五楼担任侍中、尚书、领左卫将军，专门总揽朝政，宗族亲属都身居要职，王公大臣内外上下没有不畏惧他的。南燕主慕容超评定宿豫之战的功劳，封斛谷提等人都为郡公、县公。桂林王慕容镇劝谏说：“这几个人，使百姓劳苦，军队疲惫，为国家结下怨恨，有什么功劳而受封？”慕容超发怒，不回答。尚书都令史（尚书省总领各令史的官员）王俨谄媚侍奉公孙五楼，（胡三省注：汉尚书有十八名令史，后来增加到二十一人，之后人数越来越多，设置都令史来总管。）连年多次升迁，官至左丞。国人为此编歌谣说：“想要得侯爵，去侍奉五楼。”慕容超又派遣公孙归等人侵犯济南（此为侨置在淮北的济南郡），俘虏一千多名男女后离去。从彭城（今江苏徐州）以南，百姓都修筑堡垒聚集起来自卫。朝廷下诏命令并州刺史刘道怜镇守淮阴（今江苏淮安），以防备南燕。
7乞伏炽磐到上邽（今甘肃天水）拜见后秦太原公姚懿，彭奚念趁机讨伐他。乞伏炽磐听说后，发怒，不告诉姚懿就返回，攻击彭奚念，打败了他，于是包围枹罕（今甘肃临夏）。乞伏乾归跟随秦王姚兴到平凉（今甘肃平凉）；乞伏炽磐攻克枹罕，（胡三省注：彭奚念占据枹罕。）派人告诉乞伏乾归，乞伏乾归逃回苑川（今甘肃榆中东北）。（胡三省注：乞伏乾归被后秦扣留，见上卷义熙三年。）
冯翊人刘厥聚集几千人，占据万年（今陕西西安东北）作乱，（胡三省注：后秦王姚兴在平凉，所以刘厥趁机作乱。）后秦太子姚泓派遣镇军将军彭白狼率领东宫禁兵讨伐，斩杀刘厥，赦免他的残余党羽。将领们请求发布捷报，表功说斩杀了刘厥的首级。姚泓不允许，说：“主上把后事委托给我，我不能遏制贼寇叛乱，应当自责请罪，还敢夸耀功劳吗！”（胡三省注：姚泓沉溺于文义，从儒者的角度看，似乎符合儿子的本分，但不是平定乱世的人才。）
后秦王姚兴从平凉到朝那（今宁夏固原东南），听说姚冲的阴谋，（胡三省注：指想要返回袭击长安。）赐姚冲死。
8三月，刘裕上表请求讨伐南燕，朝廷商议都认为不可以，只有左仆射孟昶、车骑司马谢裕、参军臧熹认为一定能攻克，劝刘裕出兵。刘裕任命孟昶为监中军留府事（监管中军将军留府事务）。（胡三省注：谢裕是谢安哥哥的孙子。）
当初，苻氏败亡时，王猛的孙子王镇恶前来投奔，被任命为临澧令（临澧县，今湖南澧县，晋武帝太康四年设置，属天门郡）。王镇恶不擅长骑马射箭，却有谋略，善于决断，喜欢谈论军国大事。有人向刘裕推荐王镇恶，刘裕和他交谈，很喜欢他，于是留他过夜；第二天早上，对属官说：“我听说将门出将，王镇恶确实是这样。”立即任命他为中军参军。
9恒山（今河北正定北）发生山崩。
10夏季，四月，乞伏乾归到枹罕，留下世子乞伏炽磐镇守，收编部众二万人，迁都到度坚山（今甘肃靖远西，是乞伏氏祖先司繁曾居住的地方）。
11雷电击中北魏天安殿的东厢房；北魏主拓跋珪厌恶这件事，命令左校用冲车攻打东、西厢房，都把它们毁坏了。当初，拓跋珪服用寒食散，（胡三省注：晋朝人多服用寒食散，现在《千金方》中有几个方子。苏轼说：世上有服用钟乳、乌头而放纵酒色来求长寿的人，大概始于何晏。何晏年轻时就富贵，所以服用寒食散来满足自己的欲望。凡是服用的人，背上生疽、吐血的接连不断。）时间久了，药性发作，性情变得暴躁，喜怒无常，到这时更加严重。又有多次灾异出现，占卜的人多说是宫廷内部将有急变。拓跋珪忧虑烦闷，不安，有时几天不吃饭，有时通宵不睡觉，追想一生的成败得失，不停地自言自语。怀疑大臣和身边的人都不可信，每当百官上前奏事，他追记他们过去的过错，就杀死他们；其余的人有的脸色变化，有的呼吸不匀，（胡三省注：气一出一入称为息。）有的走路姿势不合礼节，有的言辞有错别字，都认为是心中怀有恶意，从外表表现出来，往往亲手杀死他们，（胡三省注：史书说北魏主拓跋珪的死期快到了。）死者都陈列在天安殿前。朝廷官员人人自危，百官只求苟且免罪，不再互相监督，盗贼公然横行，街巷之间，人口稀少。拓跋珪也知道这种情况，说：“我故意放纵他们这样，等过了灾年，再重新清理整治。”这时，大臣们害怕获罪，大多不敢请求亲近；只有着作郎崔浩恭敬勤勉，毫不懈怠，有时整天不回家。崔浩是吏部尚书崔宏的儿子。崔宏从未违背拓跋珪的旨意，也不谄媚阿谀，所以崔宏父子唯独没有被谴责。
12夏王刘勃勃率领二万骑兵进攻后秦，抢掠平凉的各少数民族七千多户，进军驻扎在依力川（在今甘肃平凉东南）。
13己巳日（十一日），刘裕从建康出发，率领水军从淮河进入泗水。五月，到达下邳（今江苏邳州南），留下船舰、辎重，步行进军到琅邪（今山东临沂北），所经过的地方都修筑城池，留下士兵防守。（胡三省注：担心南燕用奇兵截断后路。）有人对刘裕说：“燕人如果堵塞大岘（今山东临朐东南的大岘山，有大岘关）的险要，或者坚壁清野，大军深入，不仅没有功劳，还可能不能返回，怎么办？”刘裕说：“我已经考虑得很成熟了，鲜卑人贪婪，没有长远打算，前进贪图抢掠，后退吝惜庄稼，认为我们孤军深入，不能持久；不过是进据临朐（今山东临朐，汉时为朐县，属东海郡，晋时改为临朐，属东莞郡），退守广固（南燕都城，今山东青州西北），一定不能守险清野，我敢向各位保证。”
南燕主慕容超听说晋朝军队前来，召集群臣商议。征虏将军公孙五楼说：“吴地的军队轻捷果断，速战速决对他们有利，不能和他们争夺；应该占据大岘，使他们不能进入，拖延时间，挫败他们的锐气，然后慢慢挑选二千精锐骑兵，沿着海边南下，断绝他们的粮道，另外命令段晖率领兖州的军队，沿着山地东下，（胡三省注：南燕兖州治梁父，沿着梁父的山地东下。）前后夹击，这是上策。分别命令地方长官凭借险要自己固守，除了留下必要的物资储备，其余的全部烧毁，铲除禾苗，使敌人没有物资可依赖，他们这支孤军没有粮食，求战不得，一个月之内，可以坐而制服他们，这是中策。放纵贼军进入大岘，出城迎战，这是下策。”慕容超说：“今年岁星在齐地，按天道推算，不用作战自会攻克。敌我势力悬殊，按人事来说，他们远道而来疲惫不堪，势必不能持久。我占据五州之地，（胡三省注：南燕以并州牧镇守阴平，幽州刺史镇守发干，徐州刺史镇守莒城，兖州刺史镇守梁父，青州刺史镇守东莱，所谓五州。）拥有富庶的百姓，上万精锐骑兵，庄稼遍布田野，为什么要铲除禾苗，迁徙百姓，先削弱自己呢！不如放纵他们进入大岘，用精锐骑兵冲击他们，还怕不能攻克吗。”辅国将军广宁王贺赖卢苦苦劝谏，慕容超不听，退下后对公孙五楼说：“如果一定这样，灭亡就不远了！”太尉桂林王慕容镇说：“陛下如果一定认为骑兵在平地有利，应该出大岘迎战，作战不胜，还可以退守；不应该放纵敌人进入大岘，自己放弃险要。”慕容超不听。慕容镇出来后，对韩说：“主上既不能迎战击退敌人，又不肯迁徙百姓，清除田野，让敌人进入腹地，坐待围攻，太像刘璋了。（胡三省注：刘璋的事见六十七卷汉献帝建安十八年。）今年国家灭亡，我一定会死。你是中原的士人，又要成为文身的蛮夷了。”（胡三省注：古代东南的百姓断发纹身，所以慕容镇这么说。）慕容超听说后，大怒，把慕容镇关进监狱。于是撤回莒城、梁父的守军，修筑城池，整治武器，训练士兵，等待晋军。
刘裕过大岘，燕军没有出动。刘裕举起手指着天空，喜形于色。身边的人说：“您还没见到敌人就先高兴，为什么？”刘裕说：“军队已经过了险要，士兵有必死的决心；（胡三省注：指已经过了大岘的险要。）剩下的粮食在田野里，人没有缺乏的担忧。（胡三省注：指燕人没有铲除禾苗。）敌人已经在我掌握之中了。”六月，己巳日（十二日），刘裕到达东莞（今山东沂水，东莞郡治所）。慕容超先派遣公孙五楼、贺赖卢及左将军段晖等人率领五万步兵骑兵驻扎在临朐；听说晋军进入大岘，亲自率领四万步兵骑兵前去会合，让公孙五楼率领骑兵进据巨蔑水（今山东弥河，《国语》称具水，袁宏称巨昧水，《水经》称巨洋水，发源于朱虚县泰山北，流经临朐东）。前锋孟龙符与他们交战，打败了他们，公孙五楼退走。刘裕用四千辆战车作为左右翼，（胡三省注：乘，绳证翻。）并行缓慢前进，与燕军在临朐以南交战，太阳偏西，（胡三省注：日过中为向昃。）胜负还未分。参军胡藩对刘裕说：“燕军全部出兵作战，临朐城中留守的兵力一定很少，希望用奇兵从小路夺取城池，这是韩信打败赵国的方法。”（胡三省注：韩信的事见九卷汉高帝三年。）刘裕派遣胡藩及谘议参军檀韶、建威将军河内人向弥暗中出兵到燕军后面，进攻临朐，声称轻装部队从海路到达了。向弥身披铠甲先登上城墙，于是攻克临朐。慕容超大惊，单骑到城南投奔段晖。（胡三省注：慕容超从临朐城中出城南投奔段晖。）刘裕趁机指挥士兵奋勇攻击，燕军大败，斩杀段晖等十多名大将，慕容超逃回广固，晋军缴获了他的玉玺、车辇及豹尾（古代帝王车驾最后一辆车悬豹尾，象征权力）。（胡三省注：服虔说：大驾属车八十一辆，排成三行，尚书、御史乘坐，最后一辆，悬豹尾，豹尾以前都为省中。《晋志》：法驾属车三十六辆，最后一辆车悬豹尾。）刘裕乘胜追击到广固；丙子日（十九日），攻克广固的外城。慕容超收编部众进入内城固守。刘裕修筑长墙包围他们，墙高三丈，挖掘三道壕沟；（胡三省注：高，古号翻。重，直龙翻。）安抚接纳投降归附的人，选拔贤才俊杰，汉族、夷族百姓都很高兴。于是利用齐地的粮食储备，全部停止长江、淮河的漕运。
慕容超派遣尚书郎张纲向后秦请求援兵，赦免桂林王慕容镇，任命他为录尚书、都督中外诸军事，召见他，向他道歉，并且询问计策。慕容镇说：“百姓的心意，寄托在君主一人身上。现在陛下亲自率领军队，战败逃回，群臣离心，士人百姓灰心丧气。听说秦国人自己有内患，（胡三省注：指后秦内部有赫连勃勃的祸患。）恐怕来不及分兵救援别人。逃散回来的士兵还有几万人，应该拿出全部金银布帛来引诱他们，再决一死战。如果天命帮助我们，一定能打败敌人；如果不是这样，战死也是美事，比起闭门等死，不还强些吗！”司徒乐浪王慕容惠说：“不是这样。晋军乘胜而来，气势百倍，我们用战败的士兵去抵挡他们，不是很困难吗！秦国虽然与勃勃相持，不值得担忧；而且与我们分别占据中原，形势像唇齿一样相依，怎么会不来救援！只是不派遣大臣就不能得到重兵。尚书令韩范被燕、秦两国看重，（胡三省注：事见上卷义熙三年。）应该派遣他去请求援兵。”慕容超听从了他的建议。
秋季，七月，加授刘裕为北青、冀二州刺史。（胡三省注：晋朝南渡后，在淮南设立南青、冀二州，在齐地设立北青、冀二州。）
南燕尚书略阳人垣尊及其弟京兆太守垣苗翻墙前来投降，刘裕任命他们为行参军。（胡三省注：垣氏子孙后来成为南朝的边将，建立功名。）垣尊、垣苗都是慕容超所信任的亲信。
有人对刘裕说：“张纲有巧妙的构思，如果能得到张纲让他制造攻城器具，广固一定可以攻克。”恰逢张纲从长安返回，太山太守申宣抓住他，送给刘裕。刘裕把张纲升到楼车（古代攻城用的登高望远的车辆）上，（胡三省注：杜预说：楼车，车上的望楼。）让他围着城池呼喊：“刘勃勃大败秦军，没有军队来救援。”城中人无不惊慌失色。江南每次发兵及派遣使者到广固，刘裕总是暗中派兵在夜里迎接，第二天，张旗鸣鼓而来，（胡三省注：董卓进入洛阳，计策也出于此。）北方的百姓拿着武器、背着粮食归附刘裕的，每天有上千人，包围城池的攻势更加猛烈。张华、封恺都被刘裕擒获。慕容超请求割让大岘以南的土地作为藩臣，刘裕不答应。
后秦王姚兴派遣使者对刘裕说：“慕容氏与我们相邻友好，现在晋朝进攻得很急，秦国已经派遣十万精锐骑兵驻扎在洛阳；晋军不返回，我们将长驱直入。”刘裕叫来后秦使者说：“告诉你家姚兴：我攻克燕国之后，休整军队三年，就会夺取关中、洛阳；现在你们能自己送上门来，就可以快来！”刘穆之听说有后秦使者，骑马进来见刘裕，而后秦使者已经离去。刘裕把所说的话告诉刘穆之。刘穆之责怪他说：“平时事情无论大小，您一定让我参与谋划，这件事应该好好措辞，为什么突然这样回答他！这话不足以威慑敌人，恰恰会激怒他们。如果广固没有攻下，羌人（指后秦）突然到来，不知道怎么对付他们？”刘裕笑着说：“这是军事机密，不是你所明白的，所以不告诉你。用兵贵在神速，他们如果真能赶来救援，一定害怕我们知道，怎么会先派遣使者，说这种话！这是自我夸大的言辞。晋朝军队不出兵，已经很久了。羌人看到我们讨伐齐地，恐怕会内心恐惧，自保都来不及，怎么能救援别人呢！”
14乞伏乾归重新登上秦王之位，大赦境内，改年号为更始，公卿以下官员都恢复原来的职位。（胡三省注：乞伏乾归之前降免公卿将帅为僚佐偏将，见一百十二卷隆安五年。）
15慕容氏在北魏的有一百多家，谋划逃走，北魏主拓跋珪把他们全部杀死。
16当初，北魏太尉穆崇与卫王拓跋仪埋伏武士，谋划刺杀北魏主拓跋珪，没有成功；拓跋珪爱惜穆崇、拓跋仪的功劳，保密而不追究。到拓跋珪生病，杀死了很多大臣。拓跋仪怀疑自己会被杀害而出逃，被追上抓获。八月，赐拓跋仪死。
17封融到刘裕那里投降。（胡三省注：封融投奔北魏，见上卷义熙二年。北魏杀死慕容氏，所以封融归附刘裕。）
18九月，加授刘裕为太尉；刘裕坚决辞让。
19后秦王姚兴亲自率领军队进攻夏王刘勃勃，到达贰城（今陕西黄陵西北，贰县的城池，在杏城西北、平凉东南），派遣安远将军姚详等人分别督运粮草。刘勃勃乘虚突然到来，姚兴害怕，想轻装骑马到姚详那里去。右仆射韦华说：“如果陛下一动，众人心中惊骇恐惧，一定会不战自溃，姚详的军营也未必能到达。”姚兴与刘勃勃交战，后秦军队大败，将军姚榆生被刘勃勃擒获，左将军姚文崇等人奋力作战，刘勃勃才退走，姚兴返回长安。刘勃勃又进攻后秦的敕奇堡、黄石固（今甘肃平凉北，《地形志》载原州长城郡有黄石县，隋大业初改为百泉县）、我罗城，都攻克了，迁徙七千多家到大城（今内蒙古杭锦旗东南），任命他的丞相右地代兼任幽州牧，镇守那里。
当初，姚兴派遣卫将军姚强率领一万步兵骑兵，跟随韩范到洛阳与姚绍会合，合兵救援南燕，到被刘勃勃打败后，追回姚强的军队返回长安。韩范感叹说：“上天要灭亡燕国了！”南燕尚书张俊从长安返回，投降刘裕，趁机劝刘裕说：“燕人所依仗的，是认为韩范一定能请来秦军，现在得到韩范让他们看看，燕国一定会投降。”刘裕于是上表推荐韩范为散骑常侍，并且写信招降他。长水校尉王蒲劝韩范投奔后秦，韩范说：“刘裕从平民崛起，消灭桓玄，恢复晋朝，现在起兵讨伐燕国，所向披靡，这大概是上天授予他的使命，不是人力能做到的。燕国灭亡，接下来就是秦国了，我不能再受屈辱。”于是投降刘裕。（胡三省注：汉李陵投降匈奴，霍光、上官桀派他的老朋友任立政招他回国，李陵说：“大丈夫不能再受屈辱。”）刘裕带着韩范绕城一周，城中人心离散沮丧。有人劝南燕主慕容超诛杀韩范的家人。慕容超因为韩范的弟弟韩尽忠不贰，连韩范的家人一起赦免了。
冬季，十月，段宏从北魏投奔刘裕。（胡三省注：段宏投奔北魏见上卷义熙三年。）
张纲为刘裕制造攻城器具，用尽各种奇巧的方法；慕容超发怒，把张纲的母亲吊在城墙上，肢解了她。
20西秦王乞伏乾归立夫人边氏为王后，世子乞伏炽磐为太子，仍然命令乞伏炽磐都督中外诸军、录尚书事。任命屋引破光为河州刺史，镇守枹罕；任命南安人焦遗为太子太师，参与商议军国大事。乞伏乾归说：“焦先生不仅是名儒，还是辅佐帝王的人才。”对乞伏炽磐说：“你侍奉他应当像侍奉我一样。”乞伏炽磐在床前拜见焦遗。焦遗的儿子焦华极其孝顺，乞伏乾归想把女儿嫁给她。焦华推辞说：“凡是娶妻，是想和她一起侍奉父母。现在以王女的尊贵，下嫁给我这平民，实在不匹配，我担心她不能做好家务，（胡三省注：《易·家人》六二说：在中馈。说以阴应阳，居中得正，尽妇人的本分，负责家中饮食，顺从罢了。馈，食物。）不是我的愿望。”乞伏乾归说：“你的行为，是古人的做法，我的女儿不配勉强你。”于是任命他为尚书民部郎。（胡三省注：北魏尚书郎有民曹，晋初分设左民、右民，江左以后，省右民郎，有左民郎。民部郎到这时才在《通鉴》中出现。）
21北燕王高云自认为没有功德却身居高位，内心怀有恐惧，常常蓄养壮士作为心腹、爪牙。宠臣离班、桃仁专门掌管禁卫，赏赐的财物数以万计，衣食起居都和他们一起，但离班、桃仁贪得无厌，还有怨恨。戊辰日（十三日），高云到东堂，离班、桃仁怀揣宝剑，拿着纸张进入，（胡三省注：笺，与纸同，通俗的书写用品。）声称有事情启奏。离班抽出剑刺向高云，高云用几案抵挡，桃仁从旁边攻击高云，杀死了他。（胡三省注：高云凭借勇力发迹，侥幸居于君位，自认为没有壮士作为护卫就不能保全自身，怎知小人难以供养。所以古代的缀衣虎贲、左右侍从，一定要用贤良的人，他们防备祸患确实深远。高云得到燕国见上卷义熙三年。）
冯跋登上洪光门观察局势变化，帐下督张泰、李桑对冯跋说：“这两个小子能有什么作为，请让我们为您斩杀他们！”于是持剑冲下，李桑在西门斩杀离班，张泰在庭院中杀死桃仁。众人推举冯跋为主，冯跋让给他的弟弟范阳公冯素弗，冯素弗不接受。冯跋于是在昌黎（今辽宁义县）登上天王之位，（胡三省注：《载记》：冯跋，字文起，长乐信都人，他的祖先是毕万的后代；毕万的子孙有采食冯乡的，于是以冯为姓。）大赦境内，下诏说：“陈氏代替姜氏，不改变齐国的国号，（胡三省注：周师尚父开始封在齐，是姜姓。战国时，齐太公田和，是陈敬仲的后代，篡夺姜氏的国家后，仍然国号叫齐。）应该就用国号为燕。”改年号为太平，追谥高云为惠懿皇帝。冯跋尊奉母亲张氏为太后，立妻子孙氏为王后，儿子冯永为太子，任命范阳公冯素弗为车骑大将军、录尚书事，孙护为尚书令，张兴为左仆射，汲郡公冯弘为右仆射，广川公冯万泥为幽、平二州牧，上谷公冯乳陈为并、青二州牧。冯素弗年轻时豪爽侠义，放荡不羁，曾经向尚书左丞韩业求婚，韩业拒绝了他。到担任宰辅后，对待韩业更加优厚；喜欢提拔旧族，（胡三省注：好，呼到翻。）谦虚恭敬，节俭朴素，以身作则，百官都畏惧他，议论的人赞美他有宰相的气度。（胡三省注：司马光作《通鉴》，即使是小国的辅臣，如有一点善行，必定依据旧史加以表彰，来说明辅政的艰难。）
22北魏主拓跋珪将要立齐王拓跋嗣为太子；北魏旧例，凡是立嗣子就先杀死他的母亲，于是赐拓跋嗣的母亲刘贵人死。拓跋珪召见拓跋嗣告诉他说：“汉武帝杀死钩弋夫人，是为了防止母后干预朝政，外戚作乱。（胡三省注：事见二十二卷汉武帝后元元年。）你将要继承皇位，我特意效仿古人，（胡三省注：蜀本作“故吾”。）为国家长远考虑罢了。”拓跋嗣生性孝顺，悲痛哭泣不止。拓跋珪发怒。拓跋嗣回到住处，日夜哭泣，拓跋珪知道后又召见他。身边的人说：“皇上非常愤怒，进去会有不测，不如暂且躲避，等皇上怒气消了再进去。”拓跋嗣于是逃到外面躲藏，只有帐下代人（鲜卑族的一支）车路头、（胡三省注：车焜氏，是拓跋氏的远亲，到后魏孝文帝时改为车氏。）京兆王洛儿两人跟随他。
当初，拓跋珪到贺兰部，见到献明贺太后的妹妹很美，（胡三省注：拓跋珪的父亲拓跋寔，是魏昭成帝拓跋什翼犍的嫡子，先于昭成帝去世，追谥献明皇帝。贺太后跟随丈夫的谥号。）对贺太后说，请求娶她。贺太后说：“不行。她太漂亮了，一定有不好的地方。（胡三省注：《左传》：晋叔向想娶申公巫臣的女儿，他的母亲阻止他说：“太漂亮的人一定有太坏的地方。”这话和它类似。）而且她已经有丈夫，不能强夺。”拓跋珪秘密派人杀死她的丈夫，娶了她，生下清河王拓跋绍。拓跋绍凶狠无赖，喜欢在街巷里闲逛，抢劫行人取乐。拓跋珪发怒，曾经把他倒悬在井中，快要死了，才放出来。齐王拓跋嗣多次教诲责备他，拓跋绍因此与拓跋嗣不和。
戊辰日（十三日），拓跋珪责备贺夫人，把她囚禁起来，将要杀死她，恰逢日落，没有决定。贺夫人秘密派人告诉拓跋绍说：“你怎么救我？”身边的人因为拓跋珪残忍，人人恐惧。拓跋绍十六岁，夜里，与帐下及宦官宫女几人合谋，翻墙入宫，到达天安殿。身边的人呼喊：“贼寇来了！”拓跋珪惊醒，寻找弓箭刀枪没有找到，于是被杀死，时年三十九岁。（胡三省注：明元帝永兴二年，上谥号为宣武皇帝，庙号烈祖；泰常五年，改谥号为道武。）
己巳日（十四日），宫门到中午还没打开。拓跋绍声称有诏书，召集百官到端门前，（胡三省注：宫门的正南门叫端门。）面向北站立。拓跋绍从门扉间对百官说：“我有叔父，也有哥哥，公卿们想跟随谁？”众人惊愕失色，没有人回答。过了很久，南平公长孙嵩说：“跟随大王。”众人才知道皇帝去世，但不知道原因，不敢出声，只有阴平公拓跋烈大哭着离去。拓跋烈是拓跋仪的弟弟。（胡三省注：北魏攻克燕国，拓跋仪有功劳；这年八月被赐死。）于是朝廷内外骚动不安，人人怀有二心。肥如侯贺护在安阳城北（今河北阳原东南，汉代郡东安阳县城）燃起烽火，贺兰部的人都赶去，其余各部也各自聚集。拓跋绍听说人心不安，拿出大量布帛赏赐王公以下官员，只有崔宏不接受。（胡三省注：史书说崔宏有见识。）
齐王拓跋嗣听说变故，于是从外面返回，白天躲藏在山中，夜里住在王洛儿家。王洛儿的邻居李道暗中供给拓跋嗣，民间渐渐知道了，都高兴地互相转告；拓跋绍听说后，逮捕李道，斩杀了他。拓跋绍招募人寻找拓跋嗣，想杀死他。猎郎（北魏掌管狩猎的官员，由豪门子弟有才能勇敢的人担任）叔孙俊（胡三省注：拓跋氏兴起于代北，习俗崇尚狩猎，所以设置猎郎，类似汉代的期门郎、羽林郎。《魏书·官氏志》：天赐元年设置散骑郎、猎郎、诸省令史、省事、典签等。后魏孝文帝把献帝叔父的后代乙旃氏改为叔孙氏。）与宗室远亲拓跋磨浑（胡三省注：拓跋磨浑是元城侯拓跋屈的儿子。）自称知道拓跋嗣在哪里，拓跋绍派帐下两人和他们一起去；叔孙俊、拓跋磨浑出来后，立即抓住帐下两人去见拓跋嗣，斩杀了他们。叔孙俊是叔孙建的儿子。王洛儿为拓跋嗣往来平城，与大臣们联系，夜里，告诉安远将军安同等人。众人听说后，纷纷响应，争着出来迎接。拓跋嗣到达城西，卫士抓住拓跋绍送给他。拓跋嗣杀死拓跋绍和他的母亲贺氏，并处死拓跋绍的帐下及宦官宫女中作为内应的十多人；其中先侵犯皇帝的人，大臣们把他们分食了。
壬申日（十七日），拓跋嗣即位为皇帝，（胡三省注：拓跋嗣是道武皇帝的长子。萧子显说：拓跋嗣，字木末。）大赦境内，改年号为永兴。追尊刘贵人为宣穆皇后；公卿中先前被罢官回家不参与朝政的，全部召回任用。下诏让长孙嵩与北新侯安同、山阳侯奚斤、（胡三省注：后魏孝文帝把献帝第三兄的后代改为达奚氏，不久又改为奚氏。）白马侯崔宏、元城侯拓跋屈等八人坐在止车门（臣子到宫门都下车进入，所以叫止车门）右边，共同处理朝政，当时人称他们为八公。拓跋屈是拓跋磨浑的父亲。拓跋嗣因为尚书燕凤曾侍奉拓跋什翼犍，（胡三省注：拓跋什翼犍为代王时，以燕凤为左长史。）让他与都坐大官（北魏尚书省的长官）封懿等人（胡三省注：北魏称尚书都省为尚书都坐。）入宫侍奉讲论，出宫商议政事。任命王洛儿、车路头为散骑常侍，叔孙俊为卫将军。拓跋磨浑为尚书，都赐给郡公、县公的爵位。拓跋嗣询问旧臣中被先帝所亲信的人是谁。王洛儿说是李先。李先是慕容永的主要谋士，慕容永灭亡后，迁徙到中山，北魏讨伐燕国，李先归附北魏，道武帝拓跋珪亲信他。拓跋嗣召见李先问：“你凭借什么才能什么功劳被先帝所知？”李先回答说：“我没有才能没有功劳，只是因为忠诚正直被先帝所知罢了。”下诏任命李先为安东将军，常常住在宫内，以备咨询。
朱提王拓跋悦是拓跋虔的儿子，（胡三省注：拓跋虔见一百八卷孝武帝太元二十一年。）有罪，自己怀疑恐惧。闰十一月，丁亥日（初三），拓跋悦怀揣匕首入宫侍奉，将要作乱。叔孙俊察觉他的举止异常，伸手拉住他，搜查他的怀中，找到匕首，于是杀死了他。
23十二月，乙巳日（二十一日），太白星侵犯虚宿、危宿（虚宿二星，危宿三星，对应齐地分野，属青州）。南燕灵台令张光劝南燕主慕容超出降，慕容超亲手杀死他。
24柔然侵犯北魏。
义熙六年（庚戌年，公元410年）
1春季，正月，甲寅朔日（初一），南燕主慕容超登上天门（广固内城的南门），在城上朝见群臣。乙卯日（初二），慕容超与宠姬魏夫人登上城墙，看到晋军的强盛，握手相对哭泣。韩劝谏说：“陛下遭遇困境，正应当努力自强来鼓舞士民的斗志，却反而像小儿女一样哭泣吗！”慕容超擦去眼泪向他道歉。尚书令董诜劝慕容超出降，慕容超发怒，把他囚禁起来。
2北魏长孙嵩领兵讨伐柔然。
3北魏主拓跋嗣因为郡县的豪强大多成为百姓的祸患，都用优厚的诏书征召他们。百姓留恋乡土，不愿意迁到内地，地方长官强迫遣送，于是无赖少年逃亡聚集，各地盗贼纷纷兴起。拓跋嗣召来八公商议说：“我想为百姓铲除祸害，但地方长官不能安抚，使他们混乱。现在犯法的人已经很多，不能全部诛杀，我想大赦来安抚他们，怎么样？”元城侯拓跋屈说：“百姓逃亡做盗贼，不惩罚却赦免他们，这是在上位的人反而求着在下位的人，不如诛杀首恶，赦免其余的党羽。”崔宏说：“圣明的君主治理百姓，致力于安抚他们罢了，不和他们较量胜负。大赦虽然不是正道，但可以变通施行。拓跋屈想先诛杀后赦免，总之是两者都不能去掉，（胡三省注：两不能去，说先不能去掉诛杀，后又不能去掉赦免。）不如一次大赦而安定局面呢！大赦后还不服从，再诛杀也不晚。”拓跋嗣听从了他的建议。二月，癸未朔日（初一），派遣将军于栗磾率领一万骑兵讨伐不服从命令的人，所到之处都平定了。（胡三省注：史书说北魏有谋臣，所以能平定叛乱。）
4南燕贺赖卢、公孙五楼挖地道攻击晋军，不能击退晋军。城池长期关闭，城中男女一半以上手脚软弱无力，出城投降的人接连不断。慕容超乘车登上城墙，尚书悦寿劝慕容超说：“现在上天帮助寇贼作恶，战士疲惫，独自坚守孤城，断绝外援，天时人事也可以知道了。如果天命已尽，尧、舜都会退位，陛下难道不能考虑变通的办法吗！”慕容超感叹说：“国家兴亡，是天命。我宁愿持剑战死，不能投降求生！”
丁亥日（初五），刘裕出动全部兵力攻城。有人说：“今天是往亡日（历法中认为不吉利的日子，二月以惊蛰后十四日为往亡日），不利于出兵。”刘裕说：“我去他亡，有什么不利！”四面猛攻。悦寿打开城门接纳晋军，慕容超与身边几十名骑兵翻墙突围逃走，被追上抓获。刘裕列举他不投降的罪状，慕容超神色自若，一言不发，只把母亲托付给刘敬宣而已。（胡三省注：刘敬宣之前曾经投奔燕国，所以慕容超把母亲托付给他。孝道没有比使父母安宁更重要的，慕容超因为母亲的缘故，屈节侍奉后秦，竭尽歌舞艺人来奉养她，之后又抢掠晋人来补充歌舞艺人，因此招致敌寇，以至于母子都成为俘虏，却还想托付给刘敬宣，多么浅陋啊！）
刘裕愤恨广固久攻不下，想把全城人活埋，把妇女赏赐给将士。韩范劝谏说：“晋朝南迁后，中原混乱，士民没有援助，强大的就依附谁，既然成为君臣，就必须为他们尽力。他们都是世家大族，先帝的遗民；现在朝廷军队讨伐有罪之人，却把他们全部活埋，让他们归向哪里呢！我担心西北的人不会再有盼望得救的希望了。”（胡三省注：商汤征伐诸侯，向东征伐西夷怨恨，向南征伐北狄怨恨，说：“为什么把我们放在后面？”被征伐的百姓，家家户户互相庆贺，说：“等待我们的君主，君主来了我们就会复苏。”）刘裕改变脸色道歉，但还是斩杀了王公以下三千人，没收一万多家人为奴婢，铲平广固的城墙，把慕容超送到建康，斩首。（胡三省注：隆安二年，慕容德建国，称南燕，历经二主，十三年而灭亡。）
史臣司马光说：晋朝自从渡江以来，声威不振，戎狄横行，像老虎一样吞噬中原。刘裕开始率领朝廷军队平定东方，不在这时表彰礼遇贤才俊杰，安抚疲惫的百姓，宣扬和乐平易的风气，清除残暴污秽的政令，使士人像归向风一样归附，遗民踮脚盼望，却反而肆意屠杀来发泄愤怒；看他的所作所为，连苻氏、姚氏都不如，难怪他不能统一四海，成就伟大的功业，难道不是虽然有智勇却没有仁义导致的吗！
5当初，徐道覆听说刘裕北伐，劝卢循乘虚袭击建康，卢循不听。徐道覆亲自到番禺（今广东广州），（胡三省注：说，输芮翻。）劝卢循说：“我们本来住在岭南，（胡三省注：交、广地区在五岭之外。）难道能满足于此，传给子孙吗？正是因为刘裕难以对抗的缘故。现在刘裕把军队停留在坚固的城池下，没有返回的日期，我们用这些想回家的敢死士兵（胡三省注：孙泰的党徒本来是三吴人，孙恩所抢掠的也是三吴人；长期在海上，所以都怀念乡土想回家。）袭击何无忌、刘毅等人，易如反掌。不趁这个机会而苟求一时的安定，朝廷常把您当作心腹大患；如果刘裕平定齐地之后，休整军队一年多，用诏书征召您，刘裕亲自率军驻扎在豫章，派遣各位将领率领精锐部队越过南岭，即使凭借将军的神威勇武，恐怕也一定不能抵挡。今天的机会，千万不能失去。如果先攻克建康，摧毁他们的根基，刘裕即使南返，也无能为力了。您如果不同意，我就率领始兴的军队直指寻阳。”（胡三省注：元兴三年，卢循派徐道覆攻陷始兴，于是让他镇守那里。）卢循很不乐意这样做，但无法改变他的计划，于是听从了他。
当初，徐道覆派人在南康山（今江西大庾岭一带，属南康县，大庾岭是其一部分）砍伐造船的木材，到始兴（今广东韶关东南），低价卖掉，（胡三省注：从南康西到始兴四百里。）当地人争相购买，造船的木材大量堆积而人们没有怀疑，到这时，全部取出用来装配船舰，十天就办好了。卢循从始兴侵犯长沙，徐道覆侵犯南康（今江西赣州）、庐陵（今江西吉安）、豫章（今江西南昌），各郡守相都弃职逃跑。徐道覆顺流而下，（胡三省注：顺赣江的水流而下。）船舰武器非常强盛。当时攻克燕国的消息还没传到，朝廷紧急征召刘裕。刘裕正商议留在下邳镇守，经营司州、雍州，恰逢得到诏书，于是任命韩范为都督八郡军事、燕郡太守，（胡三省注：青州过去督齐、济南、乐安、城阳、东莱、长广、平昌、高密八郡；所谓燕郡，大概是南燕在广固设置燕都尹而现在改为燕郡太守。）封融为勃海太守，檀韶为琅邪太守；戊申日（二十六日），领兵返回。檀韶是檀祗的哥哥。过了很久，刘穆之称韩范、封融谋反，把他们都杀死了。（胡三省注：两人是燕国的旧臣，刘穆之担心他们作乱，所以杀死他们。）
6安成忠肃公何无忌从寻阳领兵抵御卢循。（胡三省注：《谥法》：危身奉上曰忠；刚德克就曰肃。）长史邓潜之劝谏说：“国家安危，在此一举。听说卢循的船舰强盛，处于上游，应该决开南塘（今江西南昌西南，赣江岸边的堤坝），坚守豫章、寻阳二城来等待他们，（胡三省注：赣江发源于汉豫章南壄县聂都山；汉南壄是晋南康之地。赣江到南昌县，流经南塘；南塘在徐孺子宅西。《水经注》说：豫章城东有大湖，十里二百二十六步，北与城齐，南缘曲折到南塘，本来通赣江，水位涨落与江水相同。汉永元中，太守张躬筑塘以通南路，同时遏制这股水。如果决开南塘，那么卢循的水军就没用了，可以坚守而等待他们疲惫。）他们一定不敢舍弃我们远下建康。积蓄力量，养精蓄锐，等他们疲惫衰老，然后攻击他们，这是万全之策。现在在一战中决定胜负，万一失利，后悔就来不及了。”参军殷阐说：“卢循率领的部众都是三吴的旧贼，身经百战，勇猛有余，始兴的溪子（指徐道覆统领的始兴士兵），强健敏捷，善于战斗，不容易轻视。（胡三省注：《诗经》说：无拳无勇。毛传：拳，力量。）将军应该留在豫章，向所属城池征兵，军队到后再交战，还不晚；如果用这些部众轻进，恐怕一定会后悔。”何无忌不听。三月，壬申日（二十日），与徐道覆在豫章相遇，贼军命令几百名强弩手登上西岸的小山拦射他们。恰逢西风猛烈，把何无忌乘坐的小船吹向东岸。贼军乘风用大舰逼近，部众于是溃散。何无忌厉声说：“拿我的苏武节来！”节送到后，他手持节督战。贼军云集，何无忌言辞神色没有屈服，握节而死。于是朝廷内外震惊恐惧，朝廷商议想侍奉皇帝向北逃跑，投靠刘裕；不久知道贼军还没到，才停止。
7西秦王乞伏乾归进攻后秦的金城郡（今甘肃兰州西北），攻克了它。
8夏王刘勃勃派遣尚书胡金纂进攻平凉，后秦王姚兴救援平凉，攻击胡金纂，杀死了他。刘勃勃又派遣侄子左将军罗提攻克定阳（今陕西富县西北，属敷城郡），活埋将士四千多人。后秦将领曹炽、曹云、王肆佛等人各自率领几千户迁徙到内地，姚兴把他们安置在湟山（沼泽名）和陈仓（今陕西宝鸡东）。刘勃勃侵犯陇右，攻破白崖堡（今甘肃清水西北），于是进逼清水（今甘肃清水），略阳太守姚寿都弃城逃走，刘勃勃迁徙那里的百姓一万六千户到大城。姚兴从安定追击，到寿渠川，没追上而返回。
9当初，南凉王秃发傉檀派遣左将军枯木等人讨伐沮渠蒙逊，抢掠临松（今甘肃张掖南，张天锡分张掖设置临松郡）一千多户后返回。沮渠蒙逊讨伐南凉，到显美（今甘肃永昌东南，汉属张掖郡，晋属武威郡），迁徙几千户离去。南凉太尉俱延又讨伐蒙逊，大败而回。这个月，秃发傉檀亲自率领五万骑兵讨伐蒙逊。在穷泉（今甘肃张掖东南）交战，秃发傉檀大败，单骑逃回。蒙逊乘胜进军包围姑臧，姑臧人鉴于王钟被诛杀（胡三省注：王钟被诛杀见上卷义熙四年。），都惊慌溃散，汉族、夷族一万多户投降蒙逊。秃发傉檀害怕，派遣司隶校尉敬归及儿子秃发佗作为人质向蒙逊求和，（胡三省注：何承天《姓苑》：敬姓是黄帝孙敬康的后代；《风俗通》：是陈敬仲的后代。）蒙逊答应了；敬归到胡坑，逃回，秃发佗被追兵抓获，蒙逊迁徙他的部众八千多户离去。右卫将军折掘奇镇占据石驴山（今甘肃武威西南长宁川西北，属晋昌郡）反叛。秃发傉檀害怕蒙逊的逼迫，又担心岭南被奇镇占据，于是迁都到乐都，留下大司农成公绪镇守姑臧。秃发傉檀刚出城，魏安人侯谌等人（胡三省注：《晋书·载记》作“焦谌、王侯等”。）关闭城门作乱，收编三千多家，占据南城，推举焦朗为大都督、龙骧大将军，侯谌自称凉州刺史，投降蒙逊。（胡三省注：秃发傉檀自从占据姑臧之后，与四邻交战，每次都失败，不仅失去姑臧，也不能保住乐都了。《诗经》说：“不要耕种大田，野草长得很高。不要思念远方的人，忧劳心切。”正说的是这种情况。）
10刘裕到下邳，用船运载辎重，亲自率领精锐部队步行返回。到山阳（今江苏淮安），听说何无忌败死，担心京城失守，轻装急进，与几十人到淮河岸边，（胡三省注：李延寿《南史》作“江上”，应当依从，因为刘裕到山阳就已经渡过淮河了。）向行人询问朝廷的消息。行人说：“贼军还没到，刘公如果回来，就没什么可担忧的了。”刘裕大喜。将要渡江，风很大，众人都认为难渡。刘裕说：“如果天命帮助国家，风会自己停止；如果不是这样，淹死了又有什么害处！”立即命令登船，船一移动风就停了。过江后，到京口，众人才安定下来。夏季，四月，癸未日（初二），刘裕到建康。因为江州沦陷，上表请求交回印章绶带，朝廷下诏不允许。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜各自领兵入卫建康。（胡三省注：青州、兖州、并州当时都侨置在江淮之间。）刘藩是豫州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循入侵，将要抵御却生病；病愈后，将要出发。刘裕给他写信说：“我过去熟悉攻击妖贼（指孙恩、卢循等，胡三省注：孙泰用左道惑众，孙恩、卢循都是他的党羽，所以称为妖贼。），了解他们的战术变化。贼军刚刚获得胜利，锋芒不可轻视。现在修船即将完毕，将与弟弟一同出兵。平定贼军后，上游的重任，都交给你。”又派遣刘藩前去，劝止他。刘毅发怒，对刘藩说：“过去因为一时的功劳互相推举罢了，你就认为我真的比不上刘裕吗！”把信扔在地上，率领二万水军从姑孰（今安徽当涂，刘毅当时以豫州刺史镇守姑孰）出发。
卢循当初入侵时，派徐道覆攻向寻阳，自己率领军队进攻湘中各郡（今湖南地区，汉长沙、零陵、桂阳等地）。荆州刺史刘道规派遣军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵（今湖南岳阳），将要攻向江陵。徐道覆听说刘毅将要到来，派使者快马报告卢循说：“刘毅兵力强盛，成败在此一举，应该合力打败他；如果这次胜利，江陵就不值得担忧了。”卢循当天从巴陵出发，与徐道覆合兵东下。五月，戊午日（初七），刘毅与卢循在桑落洲（今江西九江东北长江中）交战，刘毅军队大败，弃船，率几百人步行逃走，其余部众都被卢循俘虏，丢弃的辎重堆积如山。
当初，卢循到寻阳，听说刘裕已经返回，还不信；攻克刘毅后，才得到确切消息，（胡三省注：审者，知道实情；问，消息。）与他的党羽相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据荆、江二州来对抗朝廷。徐道覆认为应该乘胜直进，坚决争辩。卢循犹豫了几天，才听从他的意见。己未日（初八），朝廷大赦天下。刘裕招募人当兵，赏赐和京口起义时相同。（胡三省注：刘裕在京口起兵讨伐桓玄，起义的人报酬比当时丰厚。）征发百姓修建石头城。议论的人认为应该分兵防守各渡口要道，刘裕说：“贼众我寡，如果分兵驻守，就会让敌人知道我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。现在在石头城聚集军队，根据情况应付，既让他们无法估计我们的兵力多少，又使兵力集中。如果军队逐渐聚集，再慢慢商议。”
朝廷听说刘毅战败，人心恐慌。当时北伐的军队刚回来，将士大多受伤生病，建康的战士不到几千人。卢循攻克江、豫二州后，（胡三省注：二镇，指江州、豫州。）有十多万战士，舟车绵延百里，楼船高达十二丈，败逃回来的人争相说贼军强盛。孟昶、诸葛长民想侍奉皇帝渡江，刘裕不听。（胡三省注：当时江西、江北都没有城池可依靠。孟昶、长民想奉天子渡江，不过是向东逃到广陵，向西占据历阳罢了。）当初，何无忌、刘毅南讨时，孟昶预料他们一定会失败，后来果然如此。到这时，又认为刘裕一定不能抵抗卢循，众人很相信他，只有龙骧将军东海人虞丘进在朝廷驳斥孟昶等人，认为不是这样。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公是当代的辅臣，新建大功，威震天下，（胡三省注：新建大功，指消灭南燕。）妖贼乘虚入侵，听说您凯旋，自然会溃散。如果先自己逃跑，就会像平民一样。平民发号施令，凭什么威慑众人！这个计谋如果施行，我请求从此告辞。”刘裕很高兴。孟昶坚持请求不止，刘裕说：“现在重镇外倾，强寇内逼，人心惶惶，没有坚定的意志；如果一旦迁徙，就会土崩瓦解，江北又怎么能到达！即使能到达，也不过是拖延时间罢了。现在士兵虽然少，（胡三省注：少，诗沼翻；下同。）足够一战。如果能成功，君臣同享福运；如果厄运一定到来，我会战死在宗庙门前，实现向来以身报国的志向，不能逃窜到草野中苟且求生。我的计划已定，你不要再说了！”孟昶怨恨自己的意见不被采纳，并且认为一定会失败，于是请求死。刘裕发怒说：“你暂且再打一战，死又何必着急！”孟昶知道刘裕最终不会采用他的意见，于是上表自责说：“臣刘裕北伐，众人都不同意，虽然我赞成刘裕出兵，（胡三省注：事见上年。）导致强贼乘虚而入，国家危急，是我的罪过。谨引咎向天下谢罪。”封好表章后，服毒而死。
乙丑日（十四日），卢循到淮口（秦淮河入长江的口），朝廷内外戒严。琅邪王司马德文都督宫城诸军事，驻守中堂皇（没有四壁的堂屋）。刘裕驻守石头城，各将领分别驻守。刘裕的儿子刘义隆刚四岁，刘裕派谘议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹是刘毅的族弟。
刘裕见百姓在水边观望贼军，感到奇怪，问参军张劭，张劭说：“如果您没有返回，百姓逃窜都来不及，又怎么能观望！现在应该是不再恐惧了。”刘裕对将佐说：“贼军如果从新亭（今江苏南京西南）直进，锋芒不可阻挡，应该暂且回避，胜负难以预料；如果返回停泊在西岸（指蔡洲，今江苏南京西南长江中），就会被我们擒获。”
徐道覆请求从新亭到白石（今江苏南京西北）烧毁船舰上岸，分几路进攻刘裕。卢循想求万全之策，对徐道覆说：“大军未到，孟昶就望风自杀；从大势来看，自然会在几天内溃败。现在在一天内决胜负，侥幸求利，既不是一定能攻克的办法，而且会杀伤士兵，不如按兵不动等待他们。”徐道覆因为卢循多疑少决，于是感叹说：“我最终会被卢公所误，事情一定不能成功；如果我能为英雄效力，平定天下不在话下。”
刘裕登上石头城眺望卢循的军队，起初见他们驶向新亭，回头看身边的人，脸色大变；不久他们返回停泊在蔡洲，才高兴起来。于是各路军队转而聚集。刘裕担心卢循侵袭，采用虞丘进的计策，砍伐树木，在石头城的淮口设置栅栏，整修越城（今江苏南京中华门外），修筑查浦（今江苏南京西南，近秦淮口）、药园（种植芍药的地方）、廷尉（廷尉寺所在地）三个营垒，（胡三省注：据《晋书·帝纪》，三垒都在淮口。）都派兵防守。
刘毅历经蛮、晋地区（胡三省注：西阳上下各蛮居住的地方叫蛮；是编户百姓，应承担租税徭役的叫晋。），仅能自救，随从的人饥饿疲惫，死亡的有十分之七八。丙寅日（十五日），到建康，等待治罪。刘裕安慰勉励他，让他掌管朝廷内外留守事务。刘毅请求自降官职，下诏降为后将军。
11北魏长孙嵩到漠北后返回，柔然追击，把他包围在牛川（今内蒙古锡拉木林河）。壬申日（二十一日），北魏主拓跋嗣向北攻击柔然。柔然可汗社仑听说后，逃走，途中死去；他的儿子度拔还年幼，部众立社仑的弟弟斛律，号蔼豆盖可汗。拓跋嗣领兵返回参合陂（今内蒙古凉城东北）。
12卢循在南岸（秦淮河口南岸）埋伏军队，派老弱士兵乘船向白石，声称全部军队从白石步行上岸。刘裕留下参军沈林子、徐赤特戍守南岸，阻断查浦，命令他们坚守不动；刘裕及刘毅、诸葛长民向北出兵抵御。沈林之说：“妖贼这话，未必属实，应该严密防备。”刘裕说：“石头城险要，而且淮河栅栏很坚固，留下你在后面，足以防守。”沈林子是沈穆夫的儿子。（胡三省注：沈穆夫是吴兴武康人。隆安三年，孙恩侵犯会稽，三吴响应。沈穆夫在会稽，孙恩任命他为余姚令，孙恩被刘牢之打败，同时杀死沈穆夫。）
庚辰日（二十九日），卢循焚烧查浦，进军到张侯桥。徐赤特将要攻击，沈林之说：“贼军声称去白石却多次来挑战，他们的意图可知。我们寡不敌众，不如坚守险要等待大军。”徐赤特不听，于是出战；伏兵出动，徐赤特大败，单船逃到淮北（秦淮河的北岸）。沈林子及将军刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石救援，贼军才退走。卢循率领精兵大量上岸，到丹阳郡（治今江苏南京）。刘裕率领各路军队驰回石头，斩杀徐赤特，解甲休息很久，才出兵在南塘（秦淮南岸）列阵。
13六月，任命刘裕为太尉、中书监，加授黄钺；刘裕接受黄钺，其余的坚决辞让。任命车骑中军司马庾悦为江州刺史。庾悦是庾准的儿子。（胡三省注：刘裕为车骑将军，因刘敬宣征蜀失利，请求降号为中军将军，所以车骑、中军二府共有一个司马。庾准是庾亮的孙子。）
14司马国璠及弟弟司马叔璠、司马叔道投奔后秦。后秦王姚兴说：“刘裕正在诛杀桓玄，辅佐晋朝，你们为什么来？”他们回答说：“刘裕削弱王室，我们宗族中有自我振作的人，刘裕就除掉他们；他正要成为国家的祸患，比桓玄更严重。”姚兴任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为兖州刺史。
15卢循抢掠各县没有收获，对徐道覆说：“军队疲惫了，不如返回寻阳，合力夺取荆州，占据天下的三分之二，再慢慢与建康争夺。”秋季，七月，庚申日（初十），卢循从蔡洲向南返回寻阳，留下他的党羽范崇民率领五千人据守南陵（今安徽池州贵池，梁设置南陵郡及南陵县，在今繁昌附近）。（胡三省注：卢循担心战事有胜负，想南归番禺，所以让范崇民镇守来巩固彭蠡湖口。）甲子日（十四日），刘裕派遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军谘议参军孟怀玉等人率领部众追击卢循。
16乙丑日（十五日），北魏主拓跋嗣返回平城。
17西秦王乞伏乾归讨伐越质屈机等十多个部落，（胡三省注：越质是鲜卑种族；他们的首领叫叱黎。叱黎的儿子叫诘归，孝武帝太元十六年投降乞伏乾归，太元二十一年反叛投降后秦。屈机就是诘归，语音稍有错误。）降服他们的部众二万五千人，迁徙到苑川。八月，乞伏乾归重新定都苑川。（胡三省注：乞伏氏本来定都度坚山，乞伏乾归强盛，开始定都苑川。被后秦打败后投降后秦，后秦让他镇守苑川，又反叛，担心被后秦袭击，返回保卫度坚山。现在部众逐渐强盛，不畏惧后秦，重新定都苑川。）
18沮渠蒙逊讨伐西凉，在马庙（祭祀马祖的地方）打败西凉世子李歆，擒获他的将领朱元虎后返回。西凉公李暠用二千斤银、二千两金赎回朱元虎；蒙逊归还他，于是与李暠结盟后返回。
19刘裕返回东府（胡三省注：卢循退走，刘裕才返回东府。），大规模整治水军，派遣建威将军会稽人孙处、振武将军沈田子率领三千人从海路袭击番禺。沈田子是沈林子的哥哥。众人都认为“海路艰难遥远，一定难以到达，而且分散现有兵力，不是眼前的急事。”刘裕不听，命令孙处说：“大军在十二月之交一定打败妖虏，你到那时，先摧毁他们的巢穴，使他们逃跑没有归宿。”
20谯纵派遣侍中谯良等人到后秦朝见，请求出兵讨伐晋朝。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领二万人侵犯荆州；后秦王姚兴派遣前将军苟林率领骑兵与他们会合。
江陵自从卢循东下后，得不到建康的消息，盗贼四起。荆州刺史刘道规派遣司马王镇之率领天门太守檀道济、（胡三省注：吴孙休永安六年分武陵设置天门郡。充县有松梁山，山上有石头，石头张开几十丈，很高，用弩向上射不到，上面叫天门，因此命名为郡。《舆地志》：澧州石门县，是古代的天门郡。）广武将军彭城人到彦之入援建康。檀道济是檀祗的弟弟。
王镇之到寻阳，被苟林打败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分兵给他，让他乘胜讨伐江陵，声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在路上招募旧部，（胡三省注：桓氏世代居住在荆楚，旧恩所结，情义不忘，称为义旧。）投奔他的百姓有二万人。桓谦驻守枝江（今湖北枝江，汉属南郡，春秋时的罗国，江水在这里向西分出为沱江，向东又汇入长江，所以叫枝江），苟林驻守江津（今湖北江陵南），二寇交相逼近，江陵士民大多怀有二心。刘道规于是召集将士告诉他们说：“桓谦现在就在附近，听说各位长者有离开或留下的打算，我从东边带来的文武官员足够成事；（胡三省注：东来文武，指刘道规随行的将佐士兵。）如果想离开，我不禁止。”于是夜里打开城门，到天亮都不关闭。众人都敬畏服从，没有离开的。
雍州刺史鲁宗之率领几千人从襄阳奔赴江陵。有人说鲁宗之的心意不可猜测，刘道规单骑迎接他，鲁宗之感动喜悦。刘道规让鲁宗之留守，把他当作心腹，自己率领各路军队进攻桓谦。各将佐都说：“现在远出讨伐桓谦，胜负难定。苟林近在江津，窥伺动静，如果来攻城，鲁宗之未必能坚守；万一有失误，大事就完了。”刘道规说：“苟林愚蠢懦弱，没有奇计，因为我离得不远，一定不敢攻城。我现在进攻桓谦，到了就能攻克；犹豫之间，已经返回。桓谦失败，苟林就会吓破胆，哪里有时间来！而且鲁宗之独自坚守，怎么会支撑不了几天！”于是驰往进攻桓谦，水陆并进。桓谦等人大规模陈列水军，加上步兵骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋陷阵，桓谦等人大败。桓谦单船投奔苟林，刘道规追击斩杀了他。返回，到涌口（今湖北江陵东，涌水入汉江处，《左传》中阎敖游涌而逸的地方），讨伐苟林，苟林逃走，刘道规派遣谘议参军临淮人刘遵率领部众追击。当初，桓谦到枝江，江陵士民都给桓谦写信，说明城内虚实，想作为内应；到这时查获这些信，刘道规全部烧毁不看，众人于是安定下来。
21江州刺史庾悦以鄱阳太守虞丘进为前锋，多次打败卢循的军队，进据豫章，断绝卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵斩杀苟林。
桓石绥趁着卢循入侵，在洛口（今陕西洋县西，洛谷水入汉江处）起兵，自称荆州刺史，微阳令王天恩自称梁州刺史，（胡三省注：“徵阳”应当作“微阳”。《晋·地理志》：微阳县属上庸郡。沈约说：魏设立建始县，晋武帝改为微阳。周武王讨伐纣王，庸、蜀、羌、髳、微、卢、彭、濮八国随从。我猜想微阳县大概因古微国而得名，但史书没有依据。）袭击占据西城（今陕西安康西北）。梁州刺史傅韶派遣他的儿子魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，都斩杀了他们，桓氏于是灭亡。傅韶是傅畅的孙子。
22西秦王乞伏乾归进攻后秦的略阳、南安、陇西各郡，都攻克了，迁徙二万五千户到苑川及枹罕。
23甲寅日（初五），把北魏主拓跋珪安葬在盛乐金陵（今内蒙古和林格尔西北），谥号宣武，庙号烈祖。（胡三省注：宋高祖永初元年，北魏改谥拓跋珪为道武皇帝。）
24刘毅坚决请求追击卢循，长史王诞秘密对刘裕说：“刘毅已经战败，不应该再让他立功。”刘裕听从了他的建议。冬季，十月，刘裕率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等向南攻击卢循，任命刘毅为监太尉留府，后事都委托给他。癸巳日（十四日），刘裕从建康出发。
25徐道覆率领三万部众进逼江陵，突然到达破冢（今湖北江陵东南，在江津以东）。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及召回，人心大震。有人传言卢循已经平定京城，派遣徐道覆来担任刺史，长江、汉水一带的士民因感激刘道规焚毁信件的恩德，没有二心。刘道规派刘遵另外组成游击部队，自己在豫章口抵御徐道覆，前锋失利；刘遵从外围横向攻击，大败敌军，斩杀一万多人，投水死的几乎殆尽，徐道覆单船逃回湓口（今江西九江，湓水入长江处）。当初，刘道规派刘遵担任游击部队，众人都认为强敌在前，只担心兵少，不应分割现有兵力，放在无用的地方到打败徐道覆时，最终靠游击部队的力量，众人才心服。
26鲜卑仆浑、羌句岂、输报、邓若等率领二万户投降西秦。（胡三省注：鲜卑有仆浑部；句岂、输报、邓若都是羌族部落。句，古侯翻。）
27王仲德等人听说刘裕大军将至，在南陵进攻范崇民；范崇民的战舰在两岸夹屯。十一月，刘钟亲自去侦察贼军，天降大雾，贼军钩住他的船。刘钟于是率领左右攻击舰门，贼军急忙关门抵抗，刘钟才慢慢退回，与王仲德一起进攻范崇民，范崇民逃走。（胡三省注：范崇民逃走，刘裕就可以直接进军，卢循失去湖口的险要。）
28癸丑日（初五），益州刺史鲍陋去世。谯道福攻陷巴东，杀死守将温祚、时延祖。（胡三省注：温祚本是巴东太守。时延祖自从刘敬宣从黄虎退军后都驻守巴东。）
29卢循镇守广州的军队不防备海路。庚戌日（初二），孙处从海路突然到达，恰逢大雾，四面进攻，当天攻克城池。孙处安抚当地旧民，诛杀卢循的亲信党羽，整兵严密防守，分遣沈田子等人进攻岭南各郡。
30刘裕驻军雷池（今安徽望江东南，古雷水入江处）。卢循扬言不攻雷池，要顺流直下；刘裕知道他想决战，十二月，己卯日（初一），进军大雷（今安徽望江，晋时大雷戍）。庚辰日（初二），卢循、徐道覆率领几万部众堵塞长江东下，前后看不到船尾。刘裕出动全部轻舰，率领各路军队合力攻击；又分派步兵骑兵驻守西岸，预先准备好火攻器具。刘裕用强弩射击卢循的军队，借助风势水流逼迫他们。卢循的舰只都停泊在西岸，岸上军队投火焚烧，烟火冲天；卢循军队大败，逃回寻阳。将要进逼豫章，于是全力设置栅栏阻断左里（今江西都昌西北，彭蠡湖口）；丙申日（十八日），刘裕军队到达左里，不能前进。刘裕指挥军队将要作战，所拿的指挥旗旗杆折断，旗帜沉入水中，众人都感到奇怪恐惧。刘裕笑着说：“往年覆舟之战，（胡三省注：指讨伐桓玄与桓谦等交战时。）旗杆也折断，现在又这样，贼军一定被打败。”立即攻栅栏前进，卢循的军队虽然拼死作战，不能阻挡。卢循单船逃走，被杀死及投水死的共一万多人。接纳投降归附的人，宽恕被逼迫裹挟的人，派遣刘藩、孟怀玉率轻装军队追击。卢循收编散兵，还有几千人，直接返回番禺；徐道覆逃到始兴固守。刘裕任命建威将军褚裕之为广州刺史。褚裕之是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅厌恶刘穆之，常常私下对刘裕说刘穆之权力太重，刘裕却更加亲近信任他。
31北燕广川公冯万泥、上谷公冯乳陈，自认为是宗室，有大功，（胡三省注：慕容熙死后，冯万泥、冯乳陈都有功劳。）认为应当入朝担任三公辅臣。北燕王冯跋因二地镇守重任，很久不征召他们，（胡三省注：冯跋任命冯万泥为幽、平二州牧，镇守肥如；冯乳陈为并、青二州牧，镇守白狼。）二人都有怨恨。这一年，冯乳陈秘密派人告诉冯万泥说：“我有极好的计谋，希望与叔父图谋。”冯万泥于是逃到白狼，与冯乳陈一起反叛，冯跋派遣汲郡公冯弘与张兴率领二万步兵骑兵讨伐。冯弘先派使者晓谕祸福；冯万泥想投降，冯乳陈不同意。张兴对冯弘说：“贼军明天出战，今夜一定会来劫营，应当防备。”冯弘于是秘密让人准备十束草，蓄火埋伏士兵等待。当夜，冯乳陈果然派遣一千多壮士来劫营，各处火起，伏兵截击，俘虏斩杀殆尽。冯万泥、冯乳陈恐惧而出降，冯弘都斩杀了他们。冯跋任命范阳公冯素弗为大司马，改封辽西公；冯弘为骠骑大将军，改封中山公。