接到圣旨：“朝廷信任楚军，因曾国藩忠诚勇敢出于至诚，故推心置腹，倚重其挽救东南大局。自各路军进逼金陵以来，逆匪老巢已成困兽之势。然值此艰难时刻，确实不易速胜，多次降旨告诫，总以不求速效为要，当先立于不败之地，静待可乘之机。”
如今军中疫病盛行，各军将士在病痛缠身之际，岂忍心再加苛责！曾大臣更应坚定忠诚，加倍体恤将士，使军心更加稳固，疫气自然消退！对各营染病将士，要逐一传达圣旨，予以优抚慰问！本应公开下旨慰劳，但因事关军务机密，恐引起人心惶惶，反使奸人有机可乘，助长贼寇嚣张气焰。
我朝施行仁政、广布恩泽已二百余年，值此艰难危急之时，又遭遇疫病肆虐。将士接连折损，深恐军心涣散而助长敌寇气焰！此乃无可奈何之事，并非曾大臣一人之过！想来是朝廷政事多有缺失，以致触怒天意。
我们唯有诚心祈祷，以求消除灾祸！君臣应当深刻反省，尽心竭力寻求消灾解难之法，为百姓请命，以期感动上苍，使局势转危为安。天灾流行，必不会只降于一方，我军将士既遭此厄运，贼寇军中岂能独免于疫病？
曾大人心中郁愤，却未及细问详情。眼下在京城，确实没有合适的人选可以派遣，纵观朝野内外，像曾国藩这样才德兼备、气度恢宏的大臣，一时也难以找到替代之人。曾大人向来学识渊博，值此时局艰难之际，更应当以坚毅之心担起重任，时刻保持谨慎，一刻也不能松懈。钦此。曾公接到这道圣旨，读罢不禁潸然泪下！
十七日，派遣专人上奏三份折子：一是关于增加皖南地区科举录取名额的奏章，二是为徽州捐纳功名的士子请命的奏章，三是淮北盐税收支的报销奏章。
二十日，苏州太平军派出大批部队增援金陵，围攻官军营地。敌军构筑二百多座营垒，日夜轮番进攻。曾公之弟曾国荃率军奋力抵抗。
鲍超的军队在新河庄遭遇挫败。太平军进犯宁国府，鲍超率部退入城中坚守。二十三日，李续宜启程返回原籍，唐训方到任接替其职。
二十四日，呈递恭贺皇帝万寿圣节的奏折。
二十七日，紧急上奏陈述皖北一带楚军兵力薄弱，无法分兵支援。李续宜部下五位将领才能地位相当，难以统一指挥。同时奏明苗沛霖狡诈多变，难以轻易招抚，唯有赦免其罪过而不给予兵权，尚可算作中策。另附奏片报告金陵、宁国两处军营正遭太平军大举进犯，将士深受疾病困扰，防守形势难以预料。此皆因臣德行浅薄而位居高位，无力扭转厄运所致，内心忧惧不已。又附片奏报此前调遣的黑龙江马队二百余人随军征战屡立战功，但因水土不服多染疾病，应遣返原籍休养。
本月，蒋益澧率军抵达浙江，收复寿昌县城。
九月初一，安徽布政使马新贻奉旨暂时统领临淮地区的官军。
初六，宁国县城被太平军攻陷。
十二日，曾国藩紧急上奏汇报各路军情：雨花台营垒遭太平军大举围攻，此乃金陵战局之隐患；宁国敌军企图从小路进犯江西，此乃宁国方面之忧患；小丹阳敌军从东坝拖运战船，意图进入长江切断粮道，此乃长江水师之威胁；河南捻军窜扰湖北，传闻欲取道皖北回援金陵，而皖北各城防守空虚，恐敌军乘虚而入，此乃皖北之危机。现正调遣各军，从次要战场抽调兵力驰援危急之处，竭力挽救战局。
只是皖北地域广阔而兵力薄弱，现已调派提督成大吉率军从三河尖急赴英山、霍山一带，视情况布防围剿。仍恳请皇上降旨命多隆阿迅速东返，驻军舒城、桐城，兼顾安徽、湖北两省防务，如此方能保全大局！另附奏片报告宁国县城失守后，徽州、旌德两城首当其冲。现由唐义训防守徽州，朱品隆防守旌德，两地兵力均显单薄，不知能否坚守。
另附奏片陈述江西省厘金税收事务：数月以来，上缴数额寥寥。布政使李桓总办粮台兼管厘局，因管理不善，现已增派甘肃按察使刘于浔访查商情，并委任署理盐法道孙长绂专责月度奏报，以整顿积弊。臣统领军队过多，拖欠军饷日久，空负把持江西财权之名，却无实际接济苏皖缺饷军队之实，不得不竭力寻求弥补之策。
另附奏片请求查明巢湖水师营官黄国尧于咸丰八年在庐州府阵亡的详细情况，建议从优抚恤。
当时太平军战船突破东坝后，分散在固城湖、南漪湖等水域，企图冲出长江。杨岳斌（杨载福）虽身患疾病仍竭力扼守金柱关。曾国藩调派数营陆军前往增援防守。
金陵的太平军包围雨花台官军营垒，日夜猛烈进攻，使用西洋开花炮从空中轰击，喊杀声震动天地。曾国藩的弟弟曾国荃督率军队顽强坚守不退，面部被子弹击中，血流满面，仍包扎伤口巡视军营以稳定军心。其弟曾贞干驻军江岸，奋力作战保障粮道畅通。大营军火物资得以接济，与敌军相持二十余日。初五日击退敌军进攻，十二日再次击退，敌军攻势稍减。都兴阿派兵一千八百人渡江增援防守。曾国藩忧虑湘军在瘟疫之后又遭大股敌军进逼，恐战局崩溃，日夜焦虑，连续多日寝食难安。而江西协饷屡遭拖延，更令他深感忧患。
十四日，曾国藩撰写《三字箴》。其中“清”字箴言写道：“淡泊名利，清心寡欲。一丝不苟，鬼神钦服。”“慎”字箴言写道：“如履薄冰，死而后已。行事不顺，反求诸己。”“勤”字箴言写道：“亲力亲为，殚精竭虑。知难而进，昼夜不息。”曾国藩表示这十二句话应当终身恪守，遭遇重大忧患挫折之时，或可借此避免过失与悔恨。
十八日，水陆两军联合在金桂关攻击太平军，大获全胜。二十一日再次击败敌军，几乎全歼其战船。金陵的太平军挖掘地道，企图用火药炸毁官军营垒。曾国藩的弟弟曾国荃率军奋力抵抗，成功挫败敌军攻势，并命令士兵在营内挖掘隧道进行反制，使敌军计谋未能得逞。李世忠在九洑洲进攻太平军时，曾请求分兵增援金陵，曾国藩批复予以制止。
二十七日，曾国藩紧急上奏军情折子，汇报金陵、宁国、芜湖、金柱关等地战况概况，并说明对各路军队的调度安排与先前奏报有所出入，是根据各战场形势缓急而调整。同时上奏第十批忠义事迹采访结果。另附奏片称：宿州二郎山团练首领马维敏、乔元功等人据守山寨抵御太平军，寨破后两千余人殉难，请求按阵亡条例予以抚恤并建立祠堂表彰忠节。又上奏请求旌表绩溪县孝烈妇女胡程氏。
这个月，李鸿章率军攻克嘉定县城。太平军再次进犯青浦，李鸿章在四江口大败敌军，上海周边防务彻底肃清。太平军进攻镇江，被冯子材在汤岗击溃。
多隆阿率军进入陕西督战。
十月初五日，曾国藩的弟弟曾国荃率军击败太平军，取得大胜，俘虏斩杀敌军数万人。自闰八月二十日以来，三十余万太平军围攻官军营垒，用尽各种方法猛烈进攻。曾国荃率军苦守四十六天，终于在此战中大获全胜，太平军被迫解围逃往江北。
十一日，唐训方启程前往临淮关驻防，袁甲三则卸任返回原籍。
十二日，曾国藩紧急上奏：水陆官军连续获胜，成功守住芜湖、金柱关等战略要地，敌军战船所剩无几，江西境内已肃清。请求对阵亡副将郭明骜按提督规格给予抚恤，并请抚恤阵亡将弁洪得胜、王明元。另奏报毛有铭部在颍州西路连续攻破捻军据点，摧毁其老巢后仍回防皖豫边境。附片奏称围攻金陵的敌军已撤退，芜湖等地防务稳固。此前奏折中提到的四大隐患，如今三处已缓解，目前主要担忧宁国战线。若能坚守一个月，待新募兵勇陆续集结，或许能有效遏制敌军攻势。
同日，曾国藩又上奏折，为鲍超部连续攻克青阳、石埭等四座城池请功，并附上立功将士名单请求嘉奖。同时为曾国荃部接连攻克太平、芜湖等地城隘的将士请功，也附上名单请求嘉赏。附片奏称，请功名单中有将士在事后病故，未能及时核查剔除，既让逝者获得荣誉以慰其一生，也能激励生者感恩图报。鲍超部驻守宁国府时，因太平军袭扰湾沚导致粮道被断，曾国藩遂派陆军从繁昌、南陵改走陆路运送粮饷接济。
太平军进攻旌德县，曾国藩发函与左宗棠商议，调派左部王文瑞军增援旌德。
十七日，太平军大举进攻九洑洲李世忠军营，随后渡江向北逃窜。
十八日，张运兰离开军营到安庆面见曾国藩。曾国藩命他乘船回乡养病，其统领的老湘营改由总兵易开俊、刘松山分别接管。
朱品隆等部在旌德击败太平军。十九日，太平军撤围退走。
驻守寿州正阳的湘军士兵屡遭苗沛霖部练勇杀害。僧格林沁在河南督军时，曾上奏建议招抚苗沛霖以协助剿灭捻军。苗沛霖致信僧王，极力诋毁湘军过失。曾国藩察觉苗沛霖蓄意挑衅，担心其破坏大局。加之皖北兵力薄弱，而太平军正向北流窜，便调蒋凝学部移营南下，同时令毛有铭、萧庆衍等部移驻庐州一带，既避开苗练势力，又兼顾皖北防务。
二十七日，曾国藩紧急上奏，详细陈述金陵守军苦战四十六天、最终击退敌军解围的经过，并附上道员刘连捷等七十三人立功名单请求嘉奖，同时呈报阵亡副将倪桂等二百零七名将士名单请求抚恤。另附奏片说明：虽然金陵援敌已退，但官兵伤亡惨重；宁国、旌德两城形势危急；从金陵到徽州战线过长，敌军兵力庞大；皖北十余座城池毫无防备，恐战局崩溃导致前功尽弃。因此仍恳请朝廷另派大臣协助军务，分担职责压力。
同日，曾国藩另附奏片称：湘军驻防寿州正阳关，与苗沛霖部练勇驻地过近，双方摩擦不断，冲突难止。目前皖北正苦于无兵可调，计划撤出蒋凝学部，并抽调霍邱守军，改驻庐州、巢县一带，既满足苗练私愿，也配合僧格林沁急于剿灭捻军的战略。
同日，曾国藩又上奏折，为张运兰、朱品隆、唐义训等部在徽州攻防战中立功的将士请功，并附名单请求嘉奖。另附奏片称：张运兰因病返乡，请朝廷正式任命易开俊、刘松山为总兵，以便统辖部队。同时上奏请求暂缓对三省军队的例行检阅。
流窜至江北的太平军攻占和州后，又攻陷含山县。二十八日，巢县失守。曾国藩随即下令暂缓调遣新招募的张树声、吴长庆等淮军赴上海，改派其分守无为州与庐江县，同时调驻霍邱的湘军移防舒城。曾国荃则派军回防西梁山，不久又派兵驻守东梁山。
广德州的太平军攻陷绩溪县。
同月，浙江东部清军联合外国军队收复上虞、嵊县、新昌三座城池。
江忠浚被任命为安徽布政使。
十一月初一日，太平军攻占和州。
初二日，唐义训、王文瑞率军收复绩溪县。
初三日，旌德的太平军流窜侵扰太平县、黟县一带，直逼祁门。
初四日，太平军围攻泾县，易开俊率军入城防守，成功击退敌军。
初七日，祁门县被太平军攻陷。
初八日，接到圣旨：“江苏布政使曾国荃特赏江绸黄马褂料一件、小卷江绸袍料一件、白玉喜字翎管一枝、白玉柄小刀一把。曾贞干加恩以知府任用。钦此。”
初十日，唐义训、王文瑞率军收复祁门县城。太平军败退后流窜回石埭方向。
十二日，曾国藩紧急上奏军情折，汇报江北含山、巢县、和州相继失守后的防剿部署，并陈述宁国各军战况及绩溪、旌德、太平、黟县等地敌军动向。奏折称：入秋以来，贼寇四起，南北夹击，先前曾奏请调多隆阿部东进剿匪，如今陕西百姓正陷水深火热，岂敢再行请调？唯恳请朝廷敕令贵州提督江忠义率部赴皖协防剿匪，实乃大局之幸！另附奏片禀报祁门失守一事。
同日又附片奏请撤回蒋凝学所部军队，分别驻防颍州和霍邱两地。调派毛有铭、萧庆衍两军移驻舒城，以防敌军北上窜扰。当日还上奏保举水师在攻克沿江城池关隘中表现突出的官兵，并附名单请求嘉奖。另上奏折对浙江省城失守时溃逃的副将陈步高等人审讯定罪一事提出处理意见。
十八日，曾国藩的弟弟靖毅公曾贞干在军中去世。当天接到朝廷批准其以知府衔任用的谕旨。
曾国藩出城巡视盐河防务，派遣官兵修筑壕墙一百八十六丈，并亲自验收工程。
十九日，水师在三汊河击败敌军。
二十日，鲍超接到父亲去世的讣告请求回乡守制。曾国藩因宁国军情紧急，批示准许其在军营戴孝。
二十一日，曾国藩再次出城巡视护城壕沟。
二十二日，得知靖毅公去世的消息，曾国藩悲痛大哭，立即派官兵前往金陵迎护灵柩。
二十七日，曾国藩紧急上奏回复圣谕，逐条陈述：第一，毛有铭、萧庆衍所部已从舒城拔营，经巢湖南面进军，准备攻打运漕镇。第二，李世忠驻军九洑洲，此次敌军窜犯北岸，该提督虽多次接战并有所斩获，但因贼势浩大未能有效拦截。第三，曾贞干已于十八日病逝，实因臣德行浅薄，以致祸及手足。芜湖要地仍留驻重兵防守。第四，洋将白齐文奉调增援金陵却拖延不进，且军纪涣散，应由李鸿章从严惩处。第五，追查贼首李秀成的行踪。第六，催促李续宜结束休假返回军营。共陈述六条事项。同时上奏旌德、泾县解围及绩溪、祁门收复的奏折。奏请嘉奖王文瑞、王开琳等五名将领，并为阵亡的总兵胡太旗、参将刘永胜、游击张仁兴请求抚恤。附片奏报：宁国一带军情逐渐稳定，鲍超因母丧请求离职，建议暂不开缺，改为代理职务。另上奏结案金安清、汪耀奎被参劾一事。又奏请表彰第十一批忠义之士。附片奏报：定远县练总陈鼎霈等人殉难，请求抚恤。
太平军从金陵撤退后，其中一部又从东坝拖出战船，企图进入长江。曾国藩派出的水陆防军在护驾墩将其击败，焚毁敌船二百余艘。
鲍超率军在马头镇柳铺迎击敌军，取得大胜。
本月，左宗棠收复严州府城，李鸿章收复常熟县城。多隆阿奉旨授任钦差大臣，正式接管关防。胜保被革职查办。
十二月初五日，石埭的太平军流窜攻陷青阳县，朱品隆放弃旌德县防务，率军转攻青阳。
初九日，靖毅公（曾贞干）的灵柩经过安庆。曾国藩出城迎接，抚棺痛哭，入城后接受吊唁。
初十日，水师进攻三汊河的太平军营垒，将其攻破。萧庆衍等部会同水师攻克运漕镇。曾国藩调派蒋凝学所部移驻舒城。
十二日，曾国藩上奏折陈述遵照圣旨筹派水师官兵演练轮船火器事宜。奏请保举总兵蔡国祥可胜任统领之职，参将盛永清等七人可胜任分领之责。同时重申楚军水勇难以适应海上作战，若在轮船上配备楚勇，须坚持先前决议，仅用于江面作战。另上奏折汇报敌军从九洑洲分兵进犯，李世忠部阻击获胜的情况。请求朝廷敕令山西巡抚迅速拨付该部应得月饷以维持军需。为阵亡副将程自有、汪德喜及知县胡学诗等人请恤。附片奏报各路军情。又附片奏请调回道员隋藏珠回营任职。
同日，曾国藩又上奏折保举李续宜所部成大吉、萧庆衍等军在颍州、霍邱剿匪作战中表现突出的官兵，并附名单请求嘉奖。另上奏折陈述夏秋以来军中疫病流行，染病身亡的将士官吏近万人，其中功绩显着的九十六人，汇总名单请求抚恤。特别指出张运桂、黄庆、伍华瀚、沈宝成、周成南五人战功尤为卓着，请求将其入祀湖南昭忠祠。附片奏报伍华瀚之父、文生伍宏铿于咸丰四年在宁乡阵亡，请求予以抚恤。
十三日，接到圣旨：“曾国藩一门忠义，不避艰险，兄弟均在军中为国效力，深堪嘉许！不料曾贞干突然病故，览奏不胜痛惜。”又奉圣旨：“曾贞干自赴江南军营以来，屡立战功，朝廷早有擢用之意，因曾国藩再三恳辞，本拟待江宁克复后从优奖励。今因带病督战，积劳病故，殊深痛惜！虽未经曾国藩奏请抚恤，但曾贞干系效力疆场、战功卓着之员，着即追赠按察使衔，并按照按察使军营立功后病故之例议恤，以示优恤。”
十六日，曾国藩为亡弟（曾贞干）撰写墓志铭一篇。
二十日，靖毅公（曾贞干）灵柩登船运回湖南，曾国藩亲临举行祭奠仪式。毛有铭部近日在巢县芙蓉岭一带剿匪，遭遇小挫。
宣城县金宝圩被太平军攻陷，百姓惨遭屠戮劫掠。曾国藩对逃出的团练兵勇及难民发放银米赈济，将其整编为营伍，安置于芜湖县，共计数千人。
二十一日，曾国藩的弟弟曾国荃在谷里村六郎桥击败敌军。
二十二日，萧庆衍在铜城闸连续击溃敌军。
二十三日，青阳的敌军逃回石埭。
二十四日，曾国藩上奏折代弟弟曾国荃、曾贞干谢恩。
二十五日，朱品隆率军收复青阳县城。
二十七日，曾国藩再次上奏，就钦奉谕旨一事并案陈述五条意见：第一，寿州撤回湘军后，苗练暂未出现据城反叛迹象，应当以诚相待，不必派兵驻守，以免使心怀不安者更加疑虑。第二，李世忠骄纵任性，目前虽无大碍，但将来可能需要加以约束。第三，杨岳斌军驻守金柱关以防东坝敌军船只，彭玉麟驻守裕溪口以防巢湖敌军，战事正紧，不宜移防下游江面。第四，洋人用兵长处在于器械精良、军纪严整，短处在于军费开支过大。若让官军效仿其法，恐未得其长，反先增加军饷负担。第五，金陵敌军势力正盛，不宜轻言招抚。但对主动投诚者，应约束军士不得滥杀，以引导归顺之路。
附片奏报水师攻占三汊河、陆军攻克运漕镇及金陵官军捷报、皖南各路军情。另上奏保举湖南东征筹饷局出力官绅，并附名单请奖。附片特别保举江西补用道黄冕、湖南署按察使恽世临主持东征粮饷事务功绩显着，请旨从优嘉奖。
本月，太平军又从东坝拖运战船，企图进犯芜湖。前后共有三批敌船通过东坝。
这一年，太平军与捻军联合大举进犯湖北西北边境，湖广总督官文调集湖北驻军将其击退，使湖北全境恢复安定。
骆秉章、刘蓉调派湘军，在叙州境内大败太平军首领石达开部。
江忠义在湖南、广西边境剿匪。毛鸿宾奉命调回湖南，招募湖南兵勇万人支援安徽战场。
都统富明阿协助办理江北军务，吴棠代理漕运总督职务。