抵达暗影星域外围时，舰队遭遇了暗影文明的前锋舰队。暗影战舰的舰体呈纯黑色，表面覆盖着能吸收光线的黑暗能量涂层，舰首的暗影能量炮散发着不祥的黑色光芒。前锋舰队的五十艘战舰率先发起攻击，暗影能量炮的光束击中光明舰队的护盾，护盾的能量被瞬间吞噬，几艘战舰的护盾瞬间归零。
“释放炎变异体！”林凡下令，上万只炎变异体如同红色的洪流，朝着暗影前锋舰队冲去。炎变异体吸收了太阳能量，身体散发着高温，接触到暗影战舰的瞬间，黑暗能量涂层被瞬间融化，舰体被高温烧毁。暗影能量炮击中炎变异体时，能量被炎变异体直接吸收，转化为更强大的火焰攻击。
前锋舰队很快被全歼，光明舰队驶入暗影星域。暗影星域内部一片漆黑，没有任何星光，只有暗影核心散发着微弱的黑色光芒，位于星域中心的一座黑色城堡中。暗影文明的主力舰队一百艘战舰围绕着黑色城堡，形成一道严密的防御圈，防御圈外围，无数被暗影能量操控的噬星族变异体在盘旋，数量多达数十万。
“这是一场硬仗。”源初之主握紧宇宙核心，“暗影核心能不断制造黑暗能量，为舰队和噬星族补充能量，我们必须速战速决，直接摧毁暗影核心！”林凡制定了三路进攻的战术：“第一路，由艾拉带领折纸文明和星澜族舰队，从左侧吸引敌方火力；第二路，由卡伦长老带领星航文明和机械族舰队，从右侧发起攻击；第三路，我带领源初文明和光翼文明舰队，以及炎变异体主力，直接冲击黑色城堡，摧毁暗影核心！”
战斗打响的瞬间，整个暗影星域都被战火照亮。艾拉的第一路舰队释放出无数折叠穿梭器，穿梭器搭载着太极能炸弹，朝着暗影舰队的左侧阵型冲去，炸弹爆炸产生的金紫光芒驱散了部分黑暗能量。卡伦长老的第二路舰队则利用时空技术，瞬间移动到暗影舰队的右侧，时空炮发射的时空扭曲能量击中暗影战舰，舰体被扭曲成不规则的形状。
林凡的第三路舰队则在炎变异体的掩护下，朝着黑色城堡直冲而去。炎变异体如同红色的利剑，撕开噬星族的防御圈，为舰队开辟出一条通道。暗影文明的首领亲自驾驶旗舰拦截，旗舰的暗影能量炮发射出一道巨型能量束，朝着寻迹号袭来。林凡将宇宙核心的光明能量全部释放，形成一道巨大的金色屏障，挡住了能量束的攻击。
“光明与黑暗，终究是光明更胜一筹！”林凡操控寻迹号冲向黑色城堡，太极能主炮与光明能量融合，发射出一道巨型金紫金色光束，击中城堡的大门。大门瞬间被摧毁，露出内部的暗影核心——一颗黑色的晶体，悬浮在城堡的中央。暗影首领见状，立刻调动所有黑暗能量，注入暗影核心，核心爆发出强烈的黑色光芒，无数黑暗触手从核心中伸出，朝着寻迹号袭来。
炎变异体纷纷冲上前，用身体挡住黑暗触手，将黑暗能量吸收。林凡抓住机会，将宇宙核心掷向暗影核心，两颗核心碰撞的瞬间，爆发出强烈的光芒，光明能量与黑暗能量相互交织、吞噬，形成一道巨大的能量漩涡。漩涡中，暗影核心的黑暗能量逐渐被光明能量净化，暗影首领发出一声绝望的咆哮，身体被能量漩涡吞噬。
当能量漩涡消散时，暗影核心已被光明能量彻底净化，转化为一颗淡金色的晶体，融入宇宙核心中。暗影星域的黑暗能量逐渐消散，露出了原本的星空，被操控的噬星族变异体失去了暗影核心的控制，恢复了理智，在炎变异体的带领下，朝着宇宙集群的各个星域飞去，开始清理残留的黑暗能量。
暗影文明的危机终于解除，宇宙集群的各个文明开始重建家园。林凡将净化后的暗影核心与光明核心、源初之核、时空之心融合，形成了一颗全新的“宇宙平衡核心”，将其安放在平衡枢纽的中央，为整个宇宙集群提供稳定的能量，同时构建起一道覆盖整个宇宙集群的能量屏障，抵御外来文明的入侵。
半年后，宇宙集群召开了第二次跨宇宙文明大会，这一次，不仅有宇宙集群的文明代表，还有来自界外甲壳族的代表。大会上，林凡被推选为“宇宙平衡守护者”，负责统筹整个宇宙集群的防御和探索事业。星骸文明的遗迹被列为宇宙级保护区域，其技术被各文明共享，推动了宇宙文明的整体发展。
大会结束后，林凡站在平衡枢纽的观测甲板上，艾拉、海澜、源初之主等人陪伴在他身边。舷窗外，宇宙平衡核心的光芒照亮了整个星空，炎变异体与其他噬星族变异体在星空中巡逻，守护着宇宙的和平。远处，界外甲壳族的舰队与宇宙集群的舰队并肩航行，朝着更遥远的宇宙深处驶去，开启了跨宇宙探索的新篇章。
“你说，宇宙的尽头到底有什么？”艾拉望着无尽的星空，眼中充满了憧憬。林凡握紧手中的宇宙平衡核心，脸上露出坚定的笑容：“无论有什么，只要我们坚守平衡与共生的信念，就能携手面对一切挑战。宇宙的故事，才刚刚开始。”