【平叛之后，秦良玉又率领白杆兵攻占了二郎关、佛图关等重要据点，收复了重庆。
此役之后，朝廷授予她都督佥事、充都督同知总兵的官职，并多次赏赐金币银两。但秦良玉却将这些赏赐全部用于犒赏有功将士。
授官后，秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等贼军重要据点，奢崇明兵败自杀，秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。
天启四年（1624年），秦民屏随巡抚王三善率军在陆广作战失败，王三善率先逃走。秦民屏在大方大破贼兵，屡战屡胜。
退兵时，遭到贼兵袭击，奋战而死，秦民屏两个儿子秦佐明、秦祚明突围而出但也重伤。
这年，秦良玉手足尽失。
1630年，努尔哈赤的继任者皇太极决定改变思路，绕开山海关，借道蒙古，攻下永平、迁安、滦州、遵化四城，直逼北京城下，史称己巳之变。
崇祯皇帝下诏勤王。
当时天下大旱，饥荒四起，流寇横行，各地方势力大都按兵不动，坚守自保。
秦良玉积极勤王，朝廷发不出来钱来，她就变卖家财，自掏腰包解决粮饷，带领子弟兵赶往北京千里救援。
皇帝朱由检特意下诏表扬，并于平台召见秦良玉，赏赐秦良玉钱币牲畜酒水等，并赋诗四首表彰秦良玉的功劳。
皇太极退兵后，秦良玉奉旨回到四川驻守当地，但他将儿子、儿媳妇、侄子和部分白杆兵留在北京，供朝廷调用。
外患暂时退去，但是明朝末年，社会矛盾激化，天下大乱，流寇四起。
崇祯七年（1634年），张献忠攻陷川东重镇夔州，秦良玉率军赶到，张献忠不战而走。
秦良玉率军追击，与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，打败张献忠，使之退走湖广。而后张献忠受朝廷招安。
崇祯十三年（1640年），张献忠联合罗汝才再次造反，罗汝才率兵攻打夔州。
秦良玉率军前往，罗汝才不战而走，秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级，秦良玉又率军追击，先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵，将其首领东山虎斩杀，活捉副塌天，惠登相、王光恩投降，并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才军逐渐走向衰落。
然而，督师杨嗣昌为了推卸责任，竟然将贼寇全部驱赶入川。调离四川精锐入楚，四川巡抚邵捷春领二万老弱残兵守重庆，他所能指望的，唯有秦良玉和张令两支军队。
秦良玉设宴款待被邵捷春派去视察军营的陆逊之，“邵公不知兵。吾一妇人，受国恩，谊应死，独恨与邵公同死耳。”
秦良玉的担忧并非多余。果然，在那年的十月，张献忠在观音岩、三黄岭接连击败官军，随后从上马渡渡过长江。
秦良玉与张令急忙在竹箘坪设伏，试图挫败贼军的锐气。
然而，不幸的是，张令在战斗中英勇牺牲。秦
良玉虽然奋力救援，但未能成功。在后续的战斗中，秦良玉再次失利，她所率领的三万大军几乎全军覆没。
面对这样的败局，秦良玉没有选择逃避或放弃。她单独求见邵捷春，“事急矣，尽发吾溪峒卒，可得二万。我自廪其半，半饩之官，犹足办贼。”
但邵捷春与杨嗣昌不合，且仓库中没有现成的粮食，所以拒绝了。
秦良玉就只好叹息而归。
崇祯十六年（1643年），张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川，秦良玉上呈全四川形势给巡抚陈士奇，建议派兵守十三个关隘，但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。
崇祯十七年（1644），此时的大明王朝已经风雨飘摇。
张献忠领大军长驱直入，再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。
张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说：“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！”
张献忠攻陷四川，于成都称帝后派人招降四川各土司，秦良玉军事力量弱小，有建议投降的，有建议转移的，但秦良玉不肯投降反王张献忠，作《固守石砫檄文》，誓与石砫共存亡。
于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠然势力庞大，却不敢靠近秦良玉守卫的石砫。
因此在秦良玉去世之前，这里始终都是明王朝的领地。
此时，北方，李自成的军队步步紧逼，对京师渐成关门之势。关外，皇太极的清军不断入寇，明军损兵折将。
农历三月十九日，李自成的大顺军攻入北京，崇祯皇帝见大势已去，在煤山自缢，明朝灭亡。
不久之后，李自成在一片石大败，清军在吴三桂的带路下，入关进京，定鼎中原。
此时的秦良玉身在川渝，听闻此消息，不啻为霹雳。她面向北方，痛哭流涕，下定决心，要为君父报仇，恢复山河。
然而，此时的秦良玉已年近70。
隆武二年（清顺治三年，1646年），远在福建的隆武帝朱聿键派使节专程赴石柱，加封秦良玉太保兼太子太保衔，封忠贞侯。
同时近在西南的永历帝朱由榔加封秦良玉太子太傅，任以四川招讨使，仍以镇东将军督兵平定川中诸贼。
清顺治五年（1648年），秦良玉去世。】
《“石柱擎天一女豪,提兵绝域亊征辽,同名忌沙当时左。只解屠民意气高。”》
《这才是真正的大明战神，还是女战神，秦将军威武！》
朱祁镇：我怀疑你在点我，但我没有证据。
《素衣银枪白杆军，勇赴疆场守家国。大明女将秦良玉，凛然冲锋震八荒！》
《伟大的民族，在危难之时总有不畏生死的英雄挺身而出。》
《她以女子之身，却怀男子之志，披甲执戈，驰骋沙场，立下赫赫战功，成为名垂青史的女将军。不愧是我大华夏历史上唯一一个作为王朝名将单独列传的女军侯。》
《一代女战神秦良玉，名垂千古！》
《真正的巾帼英雄！》