自1288年至1294年的最后七年，步入暮年的忽必烈在延续既有国策的同时，针对积弊展开系列调整。
面对至元钞因过量发行导致的贬值危机，1290年他采纳桑哥建议推行“至元钞法”，规定每贯至元钞折合中统钞五贯，同时设立金银平准库增强纸币信用。
为整顿财政，他于1289年在户部之外另设尚书省专理财赋，命桑哥主持经济改革。
这些措施虽短期内稳定了金融秩序，但因桑哥专权纳贿，终在1291年引发朝野反弹，忽必烈不得不诛杀桑哥，复归旧制。
在行政体系方面，他进一步完善行省制度，将全国划分为中书省直辖区和十个行中书省，明确各行省辖境与职权，其中辽阳、甘肃、云南等边远行省的设立，强化了对边疆地区的控制。
针对官僚系统，他于1291年颁布《至元新格》，这是元朝首部系统成文法典，融合蒙古习惯法与汉地律令，虽未全面实施，却为后世《大元通制》奠定基础。
军事部署在晚期呈现守势。
1289年乃颜余党哈丹秃鲁干再度叛乱，忽必烈命皇孙铁穆耳统兵征讨，历经两年方平定辽东。
为防御西北藩王海都的持续威胁，他在天山南北路设置宣慰司，命万户府分兵驻守，构建起绵延数千里的军事防线。
水军建设仍受重视，1292年为筹备第三次征日，命阿塔海在扬州督造战船九百艘，后因群臣谏阻而罢征。
水军万户府在1289年扩编至二十翼，战舰配备新型火铳，维持着东亚海域的军事优势。
对东南亚的经略取得进展，1292年派史弼率水师二万征爪哇，虽因水土不服退兵，却迫使麻喏巴歇王朝称臣纳贡。这些军事行动虽未大规模开疆拓土，却有效维护了元朝在东亚的主导地位。
民生治理呈现务实转向。
针对江南地区沉重的赋税负担，1290年忽必烈下诏减免当年夏税三分，并命行省官员“务要田畴开辟，户口增繁”。
为平抑物价，他在全国增设常平仓三十六所，储粮达二百八十万石。水利建设持续推进，1291年都水监郭守敬主持修浚通惠河，使漕船可直抵大都积水潭，年运粮量突破四百万石。
面对频繁的自然灾害，他完善了灾荒奏报与赈济制度，1292年河北大旱时，及时调运江南粮米五十万石赈济灾民。
但统治中的民族歧视政策依然存在，蒙古、色目官员占据要津，汉人商税负担尤重，这些结构性矛盾始终未能彻底解决。
文化政策在晚期更显包容。
1291年忽必烈下诏各地修复孔庙，赐予翰林院学士“可与佛老鼎足而立”的崇高地位。
他对各种宗教保持支持，1290年敕建大都白云观安置全真道士，次年又为也里可温教重建教堂。
在语言文字方面，他坚持八思巴文为官方文字，同时允准汉文、回回文并行使用，这种多语制体现在元钞铭文与官方文书之中。
科技领域成就显着，1291年郭守敬制成七宝灯漏、大明殿灯漏等精密仪器，王恂主编的《授时历》在全国推行。
医学家忽思慧编纂的《饮膳正要》，融合蒙古饮食传统与汉医养生理念，成为多元文化交融的典范。
对外关系呈现新的格局。
随着窝阔台汗海都势力的扩张，忽必烈与西方三大汗国的联系逐渐削弱，但与伊利汗国的往来依然密切。
1291年派遣孛罗丞相出使波斯，带去了中国式的天文仪器与医学典籍。
对南海诸国的招抚取得成效，1293年暹罗、真腊等国遣使入贡，元朝在泉州设立滨海宣慰司管理海上贸易。
当马可·波罗等欧洲商人东来之时，大都已成为名副其实的世界性都市，城内聚集着来自印度、阿拉伯、欧洲等地的商旅，各种语言、宗教与文化在此和谐共存。
至1294年正月，八十岁的忽必烈在大都紫檀殿与世长辞。
这位在位三十五年的君主，以其非凡的政治智慧构建起跨越农耕与游牧文明的统治体系。
他晚年的政策调整虽未能彻底解决帝国面临的所有问题，但行省制度、纸币体系、漕运网络等制度创新，深刻影响了后世的国家治理。
当他逝世时，元朝疆域东起日本海，西抵天山，北至贝加尔湖，南达南海，堪称当时世界上最庞大的帝国。
尽管民族矛盾与财政危机已然显现，但这座多元文化熔铸的帝国大厦，依然在其身后延续了近一个世纪的辉煌。
万朝时空的观者们目睹这段历史，不禁沉思这位蒙古君主留下的复杂遗产：他既以雄才大略开创了前所未有的多民族国家模式，也因制度设计的缺陷埋下了王朝衰落的伏笔。