正所谓一山不能容二虎，除非一公和一母，但亚当与莉莉丝虽然名字上看起来是一男一女，但实际上却并没有性别这一概念，因为它们本身就是一种接近永生的类神生命体，完全依赖生命之树与智慧之树播撒遗传因子让自己达成永生，根本不需要通过两性生殖来繁衍后代。
不只因为如此，由于亚当的白之月已经悬浮于地球卫星轨道上，莉莉丝对引力的计算发生误差，导致黑之月登录失败，就这么直接撞进了地球里。
这直接导致地球受到了剧烈的冲击，造成了当时几乎立于生物链顶点的恐龙因此灭族，从而导致了亚当的第十五颗生命之果回收失败。而这次撞击，就是史称第一次撞击的物种大灭绝事件。
不过莉莉丝并没有任何的犹豫，在登陆后就立刻开启了“转生计划”，通过黑之月上的智慧之树，将自己的智慧因子洒向大地，催生了不以肉体力量取胜，而是靠着智慧立于食物链顶端的生命——人类，从某种意义上说，莉莉丝确实是这个世界所有人类的母亲没错了。
【说起来亚当和莉莉丝的行为模式与最终幻想中的杰诺瓦细胞非常类似，只不过杰诺瓦细胞进行宇宙旅行是为了汲取星球的生命能量，亚当是为了获取更强的身体，而莉莉丝则是为了更强的智慧。】
亚当恼怒莉莉丝打乱了自己的计划，与莉莉丝进行了一场惊世大战，那场战斗可以说是天昏地暗，日月无光，战斗中，智慧树被毁灭，黑之月被打入地壳，生命之树重伤，树根化作后来的“朗基努斯枪”。亚当能量殆尽，失去行动能力的他只好等待使徒从生命之果中觉醒，完成补全从而乘坐月球离开，再次开始循环，而莉莉丝则同样重伤频死，落了个下半身被蒸发的下场。
由于智慧之树被毁，莉莉丝无力回收智慧之果，在无奈之下将自己的生命因子和已经结成的生命之果进行置换（也就是想要将这些使徒体内的亚当细胞转化成自己的细胞，同时也将生命之果中的一部分生命因子同化，这样才能够让自己和生命之果拥有联系，从而在将来获得这份肉*体【这也是后来为什么使徒会把莉莉丝当成亚当的原因】，这个过程要持续千百万年，直到同化结束生命之果才能孵化），并存放于世界各地，自身则进入冰层沉睡，一边养伤一边等待生命之果孵化，企图东山再起。
但是莉莉丝降临地球时扩散出去的智慧因子已经开始发挥作用，慢慢进化出了人类，六千五百万年后，人类在南极发现了假死状态的亚当，因为地球上所有生物都拥有亚当的生命因子（亚当的生命因子加强的是整个星球的进化速度，但只有进化的最强的生物在灭绝后才能变成生命之果），引发了亚当的苏醒，造成了第二次冲击，但区区一支科考队的人类的生命因子并不足以完全复活亚当，亚当只能尴尬的处于“灵魂守卫放了一波大，结果发现目标血量还没自己多”的尴尬场面。
然后，人类找到了能量用尽的亚当，并持续抽取它的能量，最终迫使其退化到胚胎状态以维持生命，最后甚至被人类封印在树脂之中。
而在这个过程中，亚当也强行催化出了第十五颗生命之果——也就是后来的渚薰，因为这颗生命之果先天不足（没有集合一个种族，仅仅吸收了科考队那几个人），因此孵化出的个体能够保持自我。
后来，人类发现了莉莉丝的残躯，并获知了莉莉丝的计划【死海文书，个人认为死海文书是一道精神意念而非真正的文字】，企图通过人类补完让全人类逆袭莉莉丝，获得永久生命的同时，也不再有任何隔阂，具体方法是通过类似妊辰的作用，让全人类的人类意识汇于一体，以莉莉丝为母体，诞生而出，取代莉莉丝掌握生命之树和黑之月，进行宇宙旅行。
而这个计划的重点，就是人类补完计划的主导权。
因此，人类效仿第十五颗生命之果的事件，从莉莉丝体内提炼出了智慧因子（因为没有智慧树，所以只是因子，肉*体需要人工培育），并孕育出了绫波丽，同样也用生命之果和智慧之果的技术培育出了eva，而作为祭品的就是碇真嗣的母亲碇唯，碇唯的身体成为了智慧因子的载体，最终产生了无数绫波丽，而碇唯的灵魂则进入了eva，代替了本来需要牺牲一整个种族才能凝聚的种族意识（零号机直接就是莉莉丝的灵魂，二号机有明日香母亲的一部分灵魂，东治的三号机和设定本里有提到里面有东治他妈的灵魂）。
随后，所有生命之果的置换完成，并逐渐开始孵化，按照生命之树的规则，进行如同养蛊般的战斗，并寻找亚当（当然了，此时因为体内因子的关系，找的实际上是莉莉丝）。
人类按照计划，成功战胜了所有使徒，并获得了与莉莉丝融合的权利。
不过这时候，人类的劣根性便爆发了出来，魂之座（SEELE）每一个都想要成为人类补完计划的主体，于是培育搭载s2机关的量产机，袭击了NERV，不过碇原堂终究技高一筹，早在这之前就已经将亚当的胚胎植入了自己的右手（漫画里是吃下去然后出现在左手），借由亚当胚胎和自己与绫波丽的关系，理所当然会成为最后的主体，只有这样，才能够达成碇源堂内心深处的那个愿望——与碇唯重新见面。
但就如亚当被莉莉丝的到来而打扰一样，任何事情都不会严丝合缝的按照你的想法行动，初号机通过吞噬力天使，十分凑巧的拥有了亚当和莉莉丝的因子（当然还有s2机关），使得碇真嗣同样具备这个资格，于是在最后时刻，选择了碇真嗣的绫波丽，最终打断了人类补完计划，这也就是《真心为你》的剧情了。（至于新剧场版，除了画风感人和燃烧经费之外，我只当那是骗钱的再创作）
而整个故事中，最值钱的一部分，应该就是最后的人类补完了，不过巴别塔世界禁止更换血统，所以这部分对冯雪来说没啥用，反倒是莉莉丝最后那一发直接将全人类橙汁化的反AT力场很有意思，冯雪觉得如果学会了这一招，就可以在不进行杀戮的前提下，直接将整个位面的人类精神化，然后收进自己的心象世界了。