济生肾气丸
主治肾虚脾弱，出现腰部沉重、脚部肿胀，小便不通畅，腹部胀满、气喘急促，痰涎壅盛，已经发展成鼓胀之症，其疗效神奇。
药物组成为熟地黄（四两）、白茯苓（三两）、牡丹皮（一两）、泽泻（一两）、干山药（一两）、车前子（一两）、山茱萸（一两）、牛膝（一两）、肉桂（一两）、附子（五钱） 。
以上十味药，用蜂蜜调和制成丸剂，每次服用八十丸，空腹时用米汤送服。
【集注】李中梓说：经典中说：各种湿邪导致的肿胀、满闷，都与脾相关。又说：水肿的根本在肾，标末在肺，都是水液积聚所致。还说：肾主水液，是胃的关门，关门开合不利，所以水液积聚并泛滥。肿胀之病，虽然各条经脉都可能出现，但无不与脾、肺、肾三脏有关。因为脾主运化，肺主气化，肾主五液。凡是五气所化生的津液，都归属于肾；五液运行所依赖的气，都归属于肺；转输于肺肾两脏，以制水、助金的功能，都归属于脾。所以肿胀之病离不开这三条经脉。然而其治法有内外、上下、虚实的区别，不可不分辨清楚。病在体表则表现为肿，越婢汤、小青龙汤可治疗此类病症。病在体内则表现为胀，十枣丸、神佑丸可治疗此类病症。病在上焦则表现为喘，葶苈大枣汤、防己椒目葶苈大黄丸可治疗此类病症。病在下焦则表现为小便闭阻，沉香琥珀丸、疏凿饮子可治疗此类病症。这些都是治疗实证的方法，至于虚证，实脾饮和本方可以治疗。
张介宾说：地黄、山药、丹皮，用来滋养阴分中的真水。山萸、桂、附，用来化生阴分中的真气。茯苓、泽泻、车前子、牛膝，用来通利阴分中的滞塞。能够使精化为气，这就是在治疗肺；补火生土，这就是在治疗脾；强壮肾水、通利窍道，这就是在治疗肾。补养而不滞塞，通利而不攻伐，治疗虚证水肿的方剂，没有能超过它的。然而应当在此基础上进行扩充，根据症状进行加减。如果患者在大病之后，脾气大虚而出现水胀，服用本方虽然没有妨碍，但终究不见效。反复思考，脾气严重受损，确实不是补肾药物所能治疗的。可单独使用理中汤一两，加茯苓一两。命门火衰的，加附子；两足发冷的，加肉桂；腹胀严重的，加厚朴。服用三大剂后，小腿肿胀逐渐消退，服用十余剂后，腹胀减轻。凡是治疗中年之后脾肾虚寒的患者，都可以使用这个方法。因为气虚的人，不能再行气；肾虚的人，不能只通利小便。温补就是在化气，塞因塞用的精妙之处，就看使用者如何运用了。古代治疗水肿，不用补剂，而是使用利水等药物，症状轻的就分利，症状严重的就峻下逐水。比如五苓散、五淋散、五皮散、导水茯苓汤之类，都是用来利水的。比如舟车神佑丸、浚川散、禹功散、十枣汤之类，都是用来逐水的。但如果观察到确实是实邪导致的，那么这些治法仍然不可废弃。
大补阴丸
主治阴液亏虚、虚火亢旺，出现肺痿、咯血，骨蒸潮热、盗汗等虚劳病症。
药物组成:黄柏（用盐酒炒制）、知母（各四两，用盐水炒制）、熟地（用酒蒸制）、败龟板（各六两，用酥油炙烤） 。
将上述药物与猪脊髓混合，再加入炼蜜制成小丸，晒干。每次服用三钱，用淡盐汤送服。
【注释】朱震亨说：人体阴液常常不足，阳气常常有余，应当经常滋养阴液，使阴与阳平衡协调，那么水就能克制火，这样就不会生病。如今的人，过度纵欲的居多，精血已经亏虚，相火必然亢旺，真阴愈发枯竭，孤阳肆意妄行，进而痨瘵、潮热、盗汗、骨蒸、咳嗽、咯血、吐血等症状都会出现。所以世人因火旺导致这些病症的，十有八九，因火衰引发这类疾病的，百中无一二。朱震亨阐发了先圣千年未曾揭示的要旨，功劳巨大啊！这个方剂能够迅速滋补真阴，抑制相火，比起六味地黄丸功效更为迅速。这是因为在这种情况下，用六味地黄丸滋补肾水，水不能立刻生成；用生脉散保护肺金，肺金仍不免干燥。只有先用黄柏的苦味来坚肾，就能克制肾中的相火；接着用知母的清热作用来凉润肺脏，就能保全受损的肺金。如果不注重根本的调养，即便病症暂时消除，恐怕还会复发，所以又用熟地、龟板大力滋补阴液，这就是所谓的培补根本，清理源头。即便有上述病症，但如果出现食欲减退、大便溏薄的情况，那就是胃虚，不可轻易使用本方。
封髓丹
主治梦遗、滑精，以及在梦中与鬼魅交合的病症。
药物组成:黄柏、砂仁、甘草 。
以上药物用蜂蜜制成丸剂，每次服用三钱。
【集注】赵羽皇说：经典中说：肾主水液，接受五脏六腑的精气并贮藏起来。又说：肾主蛰藏，是封藏的根本，是精气所在之处。肾为坚实之脏，多虚证而少实证，因肝木为肾水之子，偏偏喜欢疏泄肾水之气，厥阴肝木之火一旦发动，精气随即就会向外溢出。况且肝又藏魂，神魂不能内摄，难怪会出现夜间睡眠时梦与鬼交、遗精泄精的病症。封髓丹是固精的重要方剂，方中以黄柏为君药，因为它味苦性寒，又能坚肾。肾的功能得以坚固，那么肾中阴水就不用担心泛滥外溢；寒性能够清肃虚火，那么肾中龙火就不至于升腾亢盛。水火相互制约，精气哪有不安于其位的呢？佐以甘草，因为甘味能缓和急迫，清泻各种火邪与肝木内扰之火，并且能使水土融合为一体，从而巧妙地巩固封藏功能。至于砂仁，因其味辛性温，善于入肾经，肾厌恶干燥，而能滋润肾的唯有辛味，砂仁能通利三焦、畅达津液，能够收纳五脏六腑的精气并使之归于肾，肾中气机收纳，肾中的精髓自然就能潜藏。这就是取封髓丹“封藏精髓”之意。
汪昂说：这个方剂加天冬、地黄、人参，名为三才封髓丹。用天冬补肺以滋生肾水，地黄补肾以增益肾精，用人参补脾，使饮食化生为水精。因为方中药物有天、地、人之名，而且补益作用也有上、下、中之分，使天、地、人各安其位，参赞协调处于适中状态，所以称为三才。
喻昌说：加入黄柏以入肾滋阴，砂仁以入脾行滞，甘草稍微改变天冬、黄柏的苦味，使它们与人参一起建立中气，以增强人参的功效，这绝非随意增加药物以成新方可比。
滋肾丸
（又名通关丸）
主治热邪在下焦，导致小便癃闭（排尿困难甚至尿闭），且口不渴的病症。
药物组成:黄柏（二两，用酒炒制）、知母（二两，用酒浸泡后炒制）、肉桂（一钱）。
将以上药物研成细末，用开水制成如梧桐子大小的药丸，每次服用五十丸，空腹时服用。
【集注】李杲说：小便的生成与排泄，由足太阳膀胱经所主，而膀胱的功能依赖于肺金。如果肺中潜藏热邪，水液就无法正常生成，这就断绝了小便的源头；口渴但小便不通畅，是因为肺气不能宣降。所以此时要用清泻肺中燥热、气味淡薄且能渗利的药物，来泻火清肺，滋养水液生成的源头。如果热邪在下焦且口不渴，这就如同河流被阻断，尿液无法排泄，必须使用气味醇厚，属阴中之阴的药物来治疗。《素问》说：没有阳气，阴气就无法生成；没有阴气，阳气就无法化生。又说：膀胱是州都之官，贮藏津液，经过气化作用才能排出尿液。没有津液导致的癃闭，就是没有阴气，阳气无法化生。必须使用知母、黄柏这类大苦大寒的药剂，以一钱肉桂作为药引，服药不久，前阴会有如同刀刺火烧般的感觉，之后尿液就会像泉水一样涌出，病症也就痊愈了。这种病症，一种是热在上焦气分，会口渴；一种是热在下焦血分，不会口渴。两者的区别，是很容易辨别的。
柯琴说：水是肾的本体，火是肾的功用。人们知道肾中有水，才能克制火，却不知道肾中有火，才能生成水。天一生水，这个“一”就是阳气，也就是火，气是水的根源，阳是阴的根基，必须让火有所归藏，水才能有所主宰。所以反佐以味甘性温的肉桂，引导知母、黄柏进入肾经而发挥药效。这既是药物相互配合的紧密体现，也是相互制约的道理所在。
琼玉膏
主治虚劳引起的干咳。
药物组成:生地黄（四斤）、白茯苓（十三两）、白蜜（二斤）、人参（六两）。
制作方法为：将地黄榨汁，与白蜜一同煮沸，用绢布过滤。把人参、茯苓研成细末，加入前面的汁液中搅拌均匀。用瓷瓶盛装，瓶口用十几层绵纸加上箬叶密封。将瓷瓶放入砂锅内，用长流水淹没瓶颈，用桑柴火煮三昼夜。取出后，更换纸张扎住瓶口，用蜡密封牢固，悬挂在井中，一天后取出，再煮半天，服用时用开水调服。
【集注】李中梓说：干咳，是只有咳嗽声音而无痰液，这是火邪侵犯肺金，肺金受灼而鸣响。这是元气亏损的病症，不经过长时间调理难以奏效；如果误用苦寒药物，只会损伤脾土，使肺金失去母气滋养。所以朱丹溪以地黄为君药，使肾水充足则火邪自然平息。又因为肺脏受损需要补益肺气，所以用人参来振奋生发元气。虚证需补其母脏，所以用茯苓来培补万物生长的根本。白蜜是百花之精华，味甘能归脾经，性质滋润可悦养肺脏，并且能缓和燥急之火。这四味药都是温和醇厚之品，确实值得珍视。
郭机说：它能治愈我的重病，珍贵程度赛过美玉。所以才有“琼玉膏”这个名称。
龟鹿二仙胶
具有大补精髓，益气养神的功效。
药物组成:鹿角（带血的，十斤）、龟板（自然败死的，五斤）、枸杞子（甘州产的，三十两）、人参（十五两）。
以上药物用铅坛，按照特定方法熬炼成胶。刚开始服用时，用酒化开一钱五分，逐渐增加到三钱，空腹服用。
【集注】李中梓说：人体有三种奇妙的物质，即精、气、神，它们是生命延续的根本。精受到损伤就无法化生元气，气受到损伤就无法化生神明。精不足的情况，需用厚味的药物来补养。鹿禀受天地间最完整的阳气，善于通调督脉，因其精充足，所以能够频繁交配且寿命长久；龟禀受天地间最完备的阴气，善于通调任脉，因其气充足，所以能够潜伏气息且寿命长久。这两种药物属于气血之类，味道最为纯厚，又蕴含着自然造化的微妙，以不同种类却具灵性之物相互补益，就如同竹器破损用竹子修补的方法一样。人参能益气，枸杞能生精，辅助龟板、鹿角，既能补阴又能补阳，没有阴阳偏盛的担忧；能入气分也能入血分，具有平和的优点。由此精得以生成，气因而旺盛，气旺盛则神明昌盛，差不多能像龟、鹿那样长寿了。所以称其为“二仙（胶）”。